More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2737 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1902  membrane-fusion protein  80.25 
 
 		 419 aa  684    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0558652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2737  membrane-fusion protein  100 
 
 		 420 aa  869    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1840  membrane-fusion protein  70.5 
 
 		 429 aa  586  1e-166  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0341971  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1471  membrane-fusion protein  63.71 
 
 		 400 aa  523  1e-147  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 416 aa  111  3e-23  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  23.68 
 
 		 399 aa  108  2e-22  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  23.42 
 
 		 403 aa  102  1e-20  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  24.22 
 
 		 388 aa  98.6  2e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1470  membrane-fusion protein  22.47 
 
 		 394 aa  98.6  2e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  22.73 
 
 		 392 aa  69.7  0.00000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.44 
 
 		 432 aa  67.4  0.0000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3323  secretion protein HlyD  26.73 
 
 		 459 aa  66.2  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.665109  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.11 
 
 		 368 aa  64.3  0.000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.52 
 
 		 598 aa  63.2  0.000000008  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.807091  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.72 
 
 		 390 aa  63.2  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.45 
 
 		 380 aa  62  0.00000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 360 aa  60.8  0.00000004  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.85 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2074  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  28.28 
 
 		 322 aa  60.8  0.00000005  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.75 
 
 		 367 aa  60.5  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 365 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 365 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 365 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 365 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 365 aa  60.1  0.00000007  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  29.79 
 
 		 517 aa  60.1  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 365 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  26.25 
 
 		 365 aa  59.3  0.0000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  25.61 
 
 		 374 aa  59.3  0.0000001  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2064  chemiosmotic efflux system protein B-like protein  26.21 
 
 		 322 aa  58.5  0.0000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  29.61 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000002  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  22.91 
 
 		 389 aa  58.5  0.0000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  26.09 
 
 		 424 aa  58.9  0.0000002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  29.65 
 
 		 399 aa  58.9  0.0000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  25.94 
 
 		 365 aa  58.9  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  28.51 
 
 		 397 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  29.61 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  25.85 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  29.15 
 
 		 397 aa  57.8  0.0000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.47 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000005  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.04 
 
 		 504 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  29.17 
 
 		 322 aa  57  0.0000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1379  secretion protein HlyD family protein  28.89 
 
 		 374 aa  57  0.0000006  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.4 
 
 		 353 aa  56.6  0.0000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1877  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 405 aa  56.6  0.0000009  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  27.15 
 
 		 349 aa  55.8  0.000001  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.62 
 
 		 360 aa  55.8  0.000001  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 364 aa  56.2  0.000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_2011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.66 
 
 		 361 aa  55.5  0.000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  24.79 
 
 		 368 aa  55.1  0.000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.28 
 
 		 430 aa  55.8  0.000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1637  RND family efflux transporter MFP subunit  27.85 
 
 		 465 aa  55.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  23.26 
 
 		 431 aa  55.5  0.000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1102  secretion protein HlyD  23.66 
 
 		 470 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.01 
 
 		 453 aa  54.3  0.000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.48 
 
 		 419 aa  54.3  0.000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2553  hypothetical protein  24.17 
 
 		 368 aa  54.3  0.000004  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000000355433  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.65 
 
 		 419 aa  54.3  0.000004  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.74 
 
 		 414 aa  53.9  0.000005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  25.21 
 
 		 368 aa  53.9  0.000006  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  21.51 
 
 		 390 aa  53.5  0.000007  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.53 
 
 		 448 aa  53.1  0.000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  24.88 
 
 		 351 aa  53.1  0.000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I0090  putative multidrug transporter, HlyD family  23.25 
 
 		 368 aa  52.4  0.00001  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2977  RND family efflux transporter MFP subunit  27.42 
 
 		 401 aa  52.4  0.00001  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.540318  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  23.19 
 
 		 360 aa  52.8  0.00001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  25.51 
 
 		 419 aa  52.8  0.00001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 321 aa  52.8  0.00001  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  hitchhiker  0.000342468  normal  0.524577 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  23.95 
 
 		 398 aa  52.4  0.00001  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A3700  secretion protein HlyD  26.9 
 
 		 381 aa  52.4  0.00001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  23.5 
 
 		 353 aa  52.8  0.00001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  24.18 
 
 		 361 aa  52.4  0.00001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  26.03 
 
 		 389 aa  53.1  0.00001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  23.29 
 
 		 402 aa  52  0.00002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2314  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.49 
 
 		 466 aa  52  0.00002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2149  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.39 
 
 		 409 aa  51.6  0.00002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.111795  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1666  RND family efflux transporter MFP subunit  23.93 
 
 		 418 aa  52  0.00002  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1809  secretion protein HlyD  26.75 
 
 		 397 aa  52  0.00002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  23.32 
 
 		 380 aa  52.4  0.00002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2825  Fis family transcriptional regulator  23.31 
 
 		 466 aa  52  0.00002  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.506795  normal  0.45265 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.97 
 
 		 353 aa  52.4  0.00002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  23.81 
 
 		 416 aa  51.2  0.00003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1634  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.18 
 
 		 417 aa  51.2  0.00003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  21.35 
 
 		 399 aa  51.2  0.00003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  26.9 
 
 		 442 aa  51.2  0.00003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1985  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.4 
 
 		 429 aa  51.6  0.00003  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3255  multidrug resistance protein A  26.12 
 
 		 217 aa  50.8  0.00004  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2851  hypothetical protein  26.5 
 
 		 381 aa  50.8  0.00004  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  21.79 
 
 		 398 aa  50.8  0.00004  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.22 
 
 		 481 aa  51.2  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  26.45 
 
 		 407 aa  51.2  0.00004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11703  putative cation efflux system transmembrane protein  25.15 
 
 		 578 aa  51.2  0.00004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.728459  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_0225  RND family efflux transporter MFP subunit  26.5 
 
 		 461 aa  50.8  0.00004  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.540049  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 360 aa  50.4  0.00005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  21.57 
 
 		 509 aa  50.4  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  22.95 
 
 		 361 aa  50.8  0.00005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  22.7 
 
 		 607 aa  50.4  0.00005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3812  RND family efflux transporter MFP subunit  22.03 
 
 		 498 aa  50.8  0.00005  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.999648  normal  0.340628 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 419 aa  50.4  0.00006  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.15 
 
 		 549 aa  50.4  0.00006  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>