More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2738 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  100 
 
 		 399 aa  806    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  80.38 
 
 		 403 aa  621  1e-177  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  70.93 
 
 		 388 aa  519  1e-146  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1470  membrane-fusion protein  62.34 
 
 		 394 aa  460  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2737  membrane-fusion protein  23.68 
 
 		 420 aa  110  3e-23  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1902  membrane-fusion protein  24.74 
 
 		 419 aa  104  3e-21  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0558652  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 416 aa  100  3e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1471  membrane-fusion protein  22.96 
 
 		 400 aa  89  1e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1840  membrane-fusion protein  20.97 
 
 		 429 aa  86.7  6e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0341971  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1838  multidrug resistance efflux pump-like protein  28.57 
 
 		 363 aa  85.1  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000704068  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  25.9 
 
 		 607 aa  85.1  0.000000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2739  multidrug resistance efflux pump-like protein  26.45 
 
 		 343 aa  73.6  0.000000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  29.58 
 
 		 420 aa  71.6  0.00000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1469  multidrug resistance efflux pump-like protein  25.76 
 
 		 326 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.18 
 
 		 598 aa  70.5  0.00000000005  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.807091  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1900  multidrug resistance efflux pump-like protein  26.1 
 
 		 331 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 		 420 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008578  Acel_1450  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 		 622 aa  69.3  0.0000000001  Acidothermus cellulolyticus 11B  Bacteria  normal  0.125039  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  25.08 
 
 		 431 aa  68.6  0.0000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.79 
 
 		 432 aa  68.9  0.0000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  29.62 
 
 		 420 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3253  secretion protein HlyD family protein  29.27 
 
 		 373 aa  67.8  0.0000000003  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.42 
 
 		 415 aa  68.2  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.82 
 
 		 377 aa  67.4  0.0000000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.84 
 
 		 448 aa  67  0.0000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1759  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 		 457 aa  66.6  0.0000000007  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2149  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.9 
 
 		 409 aa  66.2  0.0000000009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.111795  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.39 
 
 		 435 aa  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  28.8 
 
 		 364 aa  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.75 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  27.02 
 
 		 335 aa  65.5  0.000000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  23.26 
 
 		 411 aa  65.5  0.000000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  23.6 
 
 		 461 aa  64.3  0.000000003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  23.4 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.1 
 
 		 363 aa  63.5  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  29.87 
 
 		 344 aa  63.5  0.000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.1 
 
 		 363 aa  63.5  0.000000006  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  22.44 
 
 		 417 aa  63.5  0.000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0809  secretion protein HlyD family protein  27.48 
 
 		 351 aa  63.2  0.000000007  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  24.16 
 
 		 431 aa  62.4  0.00000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  28.32 
 
 		 329 aa  61.6  0.00000002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.34 
 
 		 430 aa  61.6  0.00000002  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  24.4 
 
 		 366 aa  61.6  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0336  secretion protein HlyD  28.77 
 
 		 324 aa  61.6  0.00000003  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.0816826  n/a   
 
 
-
 
NC_007604  Synpcc7942_1870  secretion protein HlyD  28.21 
 
 		 427 aa  61.2  0.00000003  Synechococcus elongatus PCC 7942  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  23.29 
 
 		 390 aa  60.8  0.00000004  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  28.08 
 
 		 366 aa  60.8  0.00000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.45 
 
 		 420 aa  60.1  0.00000006  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  22.84 
 
 		 390 aa  60.1  0.00000007  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  23.29 
 
 		 390 aa  60.1  0.00000007  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  28.44 
 
 		 418 aa  59.7  0.00000008  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  24.57 
 
 		 471 aa  59.7  0.00000008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  22.12 
 
 		 424 aa  59.7  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.07 
 
 		 430 aa  59.3  0.0000001  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  27.9 
 
 		 420 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0466  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.808341  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_1596  secretion protein HlyD family protein  24.16 
 
 		 420 aa  59.3  0.0000001  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.0836964  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0856  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.74 
 
 		 370 aa  58.5  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2846  putative RND efflux membrane fusion protein precursor  28.28 
 
 		 396 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  33.33 
 
 		 418 aa  58.9  0.0000002  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3361  secretion protein HlyD family protein  28.66 
 
 		 373 aa  58.5  0.0000002  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3495  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 		 365 aa  58.5  0.0000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_3605  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.3 
 
 		 429 aa  58.2  0.0000002  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  24.62 
 
 		 335 aa  58.2  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3268  HlyD family secretion protein  23.36 
 
 		 372 aa  57.8  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  23.1 
 
 		 400 aa  58.2  0.0000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 		 384 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  23.17 
 
 		 403 aa  57.8  0.0000004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  22.74 
 
 		 407 aa  57.4  0.0000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2557  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.6 
 
 		 356 aa  57.4  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000000027885  normal  0.211023 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_3060  secretion protein HlyD family protein  25.61 
 
 		 353 aa  57.4  0.0000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 		 384 aa  57.4  0.0000004  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0767  RND family efflux transporter MFP subunit  25.25 
 
 		 372 aa  57.4  0.0000004  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  hitchhiker  0.00075698  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3085  secretion protein HlyD family protein  25.89 
 
 		 353 aa  57.4  0.0000005  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.22636  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  24.74 
 
 		 418 aa  57.4  0.0000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  22.43 
 
 		 394 aa  57  0.0000006  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.87 
 
 		 374 aa  56.6  0.0000007  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1765  secretion protein HlyD family protein  29.77 
 
 		 541 aa  56.6  0.0000007  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.186436  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  24.68 
 
 		 443 aa  56.6  0.0000008  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  23.03 
 
 		 399 aa  56.2  0.0000009  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1580  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 		 365 aa  56.2  0.0000009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.186167  normal  0.460313 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0091  RND family efflux transporter MFP subunit  25.15 
 
 		 394 aa  56.2  0.0000009  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.666427  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.97 
 
 		 500 aa  56.2  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 504 aa  55.5  0.000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_1260  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.15 
 
 		 497 aa  55.8  0.000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.74 
 
 		 367 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  28.74 
 
 		 367 aa  55.8  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.36 
 
 		 353 aa  55.1  0.000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  25.99 
 
 		 417 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  23.58 
 
 		 421 aa  55.1  0.000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.71 
 
 		 384 aa  55.5  0.000002  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  26.37 
 
 		 629 aa  54.7  0.000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  22.01 
 
 		 376 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  32.43 
 
 		 449 aa  55.1  0.000002  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  24.3 
 
 		 456 aa  55.1  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  25.37 
 
 		 435 aa  55.1  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 420 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1177  secretion protein HlyD  28.38 
 
 		 397 aa  54.7  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  25.6 
 
 		 380 aa  54.7  0.000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  23.9 
 
 		 399 aa  54.7  0.000003  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>