More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic12D_2530 on replicon NC_012856
Organism: Ralstonia pickettii 12D



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010682  Rpic_1671  efflux transporter, RND family, MFP subunit  94.79 
 
 		 384 aa  713    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_2945  efflux transporter, RND family, MFP subunit  94.79 
 
 		 384 aa  713    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.905544  normal  1 
 
 
-
 
NC_010683  Rpic_4986  efflux transporter, RND family, MFP subunit  99.48 
 
 		 384 aa  776    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00839264 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 384 aa  779    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.389098 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5320  heavy metal cation tricomponent efflux protein ZniB  67.88 
 
 		 404 aa  483  1e-135  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  0.666286 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1545  HlyD family heavy metal efflux pump  57.65 
 
 		 415 aa  418  1e-116  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.453732  normal  0.148664 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3470  HlyD family heavy metal efflux pump  53.22 
 
 		 375 aa  380  1e-104  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_2753  RND family efflux transporter MFP subunit  41.85 
 
 		 416 aa  251  2e-65  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.853922  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_2010  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.69 
 
 		 412 aa  188  1e-46  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.2279  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_2988  hypothetical protein  32.33 
 
 		 416 aa  187  3e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3561  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 413 aa  187  3e-46  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.398677 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3686  RND family efflux transporter MFP subunit  31.92 
 
 		 440 aa  171  2e-41  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.98045  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3297  secretion protein HlyD  30.94 
 
 		 418 aa  165  1.0000000000000001e-39  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0448  secretion protein HlyD  30.53 
 
 		 388 aa  165  1.0000000000000001e-39  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.192124 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1182  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.81 
 
 		 421 aa  162  8.000000000000001e-39  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.272919 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1403  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.16 
 
 		 417 aa  160  3e-38  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.424837  normal  0.123182 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_1241  RND family efflux transporter MFP subunit  29.16 
 
 		 417 aa  160  3e-38  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.975545 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3803  secretion protein HlyD  30.84 
 
 		 386 aa  158  2e-37  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.545346  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2912  secretion protein HlyD  30.03 
 
 		 418 aa  157  3e-37  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  1  normal  0.62912 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0829  CzcB family heavy metal efflux protein  31.53 
 
 		 423 aa  145  2e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.402667  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  30.68 
 
 		 504 aa  141  9.999999999999999e-33  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3508  secretion protein HlyD  30.61 
 
 		 424 aa  142  9.999999999999999e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0537  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.07 
 
 		 400 aa  139  6e-32  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0295  secretion protein HlyD  29.22 
 
 		 379 aa  139  7e-32  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.438063  normal  0.535582 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0503  secretion protein HlyD  30.55 
 
 		 390 aa  139  1e-31  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00408  putative cation efflux protein  31 
 
 		 344 aa  136  7.000000000000001e-31  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  decreased coverage  0.000967818  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.89 
 
 		 427 aa  132  6.999999999999999e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.178981 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1297  RND family efflux transporter MFP subunit  28.2 
 
 		 403 aa  132  7.999999999999999e-30  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_3837  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmvB  31.31 
 
 		 405 aa  132  7.999999999999999e-30  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.613806  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2136  CzcB family heavy metal efflux protein  29.88 
 
 		 418 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.57 
 
 		 428 aa  132  1.0000000000000001e-29  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1112  secretion protein HlyD  28.32 
 
 		 383 aa  130  5.0000000000000004e-29  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  0.941  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0088  RND family efflux transporter MFP subunit  28.82 
 
 		 468 aa  129  7.000000000000001e-29  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0152  secretion protein HlyD  27.78 
 
 		 382 aa  129  9.000000000000001e-29  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4121  heavy metal cation tricomponent efflux membrane fusion protein HmyB  29.39 
 
 		 384 aa  129  9.000000000000001e-29  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3361  RND family efflux transporter MFP subunit  30.4 
 
 		 410 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1876  secretion protein HlyD  30.77 
 
 		 375 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.748539  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  30.55 
 
 		 398 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B3502  secretion protein HlyD  31.19 
 
 		 402 aa  127  4.0000000000000003e-28  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0531156  n/a   
 
 
-
 
NC_007614  Nmul_A1640  secretion protein HlyD  27.44 
 
 		 384 aa  125  1e-27  Nitrosospira multiformis ATCC 25196  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1331  RND family efflux transporter MFP subunit  27.57 
 
 		 451 aa  125  2e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_3606  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.61 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.335838  normal  0.676056 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  28.3 
 
 		 399 aa  124  3e-27  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3649  RND family efflux transporter MFP subunit  28.12 
 
 		 472 aa  124  3e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4683  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.61 
 
 		 406 aa  124  3e-27  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.0376338  normal  0.281701 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0412  secretion protein HlyD  29.38 
 
 		 537 aa  122  8e-27  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1548  secretion protein HlyD  28.08 
 
 		 466 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0420429  normal  0.648627 
 
 
-
 
NC_011887  Mnod_7982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.5 
 
 		 486 aa  120  3e-26  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.318672  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2264  secretion protein HlyD  29.32 
 
 		 546 aa  120  3.9999999999999996e-26  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 		 460 aa  118  1.9999999999999998e-25  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_4764  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 		 405 aa  118  1.9999999999999998e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  0.0953346  normal  0.423915 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5386  CzcB family heavy metal RND efflux membrane fusion protein  28.37 
 
 		 490 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.91149 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1177  secretion protein HlyD  26.61 
 
 		 397 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_1549  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 		 402 aa  116  6.9999999999999995e-25  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1501  component of copper transport system  23.51 
 
 		 404 aa  116  7.999999999999999e-25  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  hitchhiker  0.000252405  normal  0.0292911 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  28.77 
 
 		 455 aa  115  2.0000000000000002e-24  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_4263  RND family efflux transporter MFP subunit  27.37 
 
 		 504 aa  114  2.0000000000000002e-24  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  0.0959435 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2564  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.24 
 
 		 509 aa  114  2.0000000000000002e-24  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  0.430144 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3977  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.46 
 
 		 512 aa  114  3e-24  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  27.54 
 
 		 417 aa  114  4.0000000000000004e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2394  secretion protein HlyD  26.54 
 
 		 410 aa  113  5e-24  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  0.372512  normal  0.032408 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1305  secretion protein HlyD  25.14 
 
 		 365 aa  112  7.000000000000001e-24  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.0973239 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3936  H+-transporting two-sector ATPase, delta (OSCP) subunit  26.19 
 
 		 491 aa  112  8.000000000000001e-24  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_1078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 		 459 aa  112  9e-24  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.465461  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_1020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.35 
 
 		 508 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  0.590428 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1554  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.0484603  hitchhiker  0.00000015248 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1879  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.39 
 
 		 363 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1342  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.25 
 
 		 365 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.754197  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 538 aa  111  2.0000000000000002e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2057  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 		 465 aa  110  3e-23  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00000000000291349 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4394  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 		 382 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.321467  normal  0.9163 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4284  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 		 382 aa  110  3e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0979  transporter, putative  27.76 
 
 		 253 aa  110  4.0000000000000004e-23  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_1930  membrane-fusion protein-like  24.71 
 
 		 629 aa  110  4.0000000000000004e-23  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.3695  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0039  RND family efflux transporter MFP subunit  27.97 
 
 		 403 aa  110  5e-23  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2362  chemiosmotic efflux system B protein B  23.1 
 
 		 377 aa  109  6e-23  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_4105  secretion protein HlyD  28.57 
 
 		 527 aa  110  6e-23  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.27 
 
 		 537 aa  109  7.000000000000001e-23  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_3973  RND family efflux transporter MFP subunit  30.38 
 
 		 473 aa  109  7.000000000000001e-23  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.181102 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2165  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.47 
 
 		 456 aa  109  8.000000000000001e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_1482  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 537 aa  108  1e-22  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0952522  normal  1 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_3130  secretion protein HlyD  28.7 
 
 		 473 aa  108  2e-22  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.308652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_4050  Cd(II)/Pb(II)-responsive transcriptional regulator  27.98 
 
 		 517 aa  108  2e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 488 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.249144  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0023  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 488 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0021  RND family efflux transporter MFP subunit  27.22 
 
 		 488 aa  107  4e-22  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.561063  hitchhiker  0.00444957 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.01 
 
 		 376 aa  107  5e-22  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  26.86 
 
 		 376 aa  107  5e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_1019  secretion protein HlyD  27.53 
 
 		 456 aa  106  6e-22  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.194662  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2049  RND family efflux transporter MFP subunit  25.72 
 
 		 523 aa  106  9e-22  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00264035 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_1328  secretion protein HlyD  27.04 
 
 		 503 aa  105  1e-21  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.918511  normal  1 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2440  secretion protein HlyD  25.67 
 
 		 408 aa  105  1e-21  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_1301  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 		 419 aa  104  2e-21  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  0.837432  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2311  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.55 
 
 		 705 aa  105  2e-21  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_2505  RND family efflux transporter MFP subunit  28.53 
 
 		 416 aa  105  2e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0949204  normal  0.0148068 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5330  heavy metal cation tricomponent efflux protein HmxB  28.76 
 
 		 385 aa  105  2e-21  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0257182  normal  0.961677 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0211  membrane-fusion protein-like protein  26.13 
 
 		 650 aa  104  3e-21  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2325  RND family efflux transporter MFP subunit  25.84 
 
 		 513 aa  103  4e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.757874  normal  1 
 
 
-
 
NC_007960  Nham_4405  secretion protein HlyD  28.4 
 
 		 550 aa  103  4e-21  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.164815  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_4233  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.59 
 
 		 568 aa  103  6e-21  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>