89 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1469 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1469  multidrug resistance efflux pump-like protein  100 
 
 		 326 aa  649    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1900  multidrug resistance efflux pump-like protein  53.48 
 
 		 331 aa  342  5.999999999999999e-93  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2739  multidrug resistance efflux pump-like protein  53.4 
 
 		 343 aa  341  1e-92  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1838  multidrug resistance efflux pump-like protein  56.01 
 
 		 363 aa  329  3e-89  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000704068  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  25.76 
 
 		 388 aa  80.5  0.00000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  27.46 
 
 		 411 aa  73.6  0.000000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  26.13 
 
 		 399 aa  72  0.00000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.69 
 
 		 416 aa  70.1  0.00000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1470  membrane-fusion protein  27.7 
 
 		 394 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  27.85 
 
 		 607 aa  66.6  0.0000000005  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  24.08 
 
 		 403 aa  62  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60760  hypothetical protein  24.91 
 
 		 425 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_0861  secretion protein HlyD  26.74 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000006  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.0209949  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5231  HlyD family secretion protein  23.47 
 
 		 426 aa  54.3  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4149  hypothetical protein  27.33 
 
 		 218 aa  53.5  0.000005  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.247441  hitchhiker  0.00000117092 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0454  secretion protein HlyD  26.59 
 
 		 217 aa  52.4  0.00001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  28.06 
 
 		 421 aa  50.8  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  26.18 
 
 		 461 aa  51.2  0.00003  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.74 
 
 		 481 aa  50.4  0.00004  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.38 
 
 		 353 aa  50.4  0.00004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  25.88 
 
 		 471 aa  50.4  0.00004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2323  secretion protein HlyD  27.82 
 
 		 231 aa  50.4  0.00005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000671168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1532  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.63 
 
 		 415 aa  50.1  0.00005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  40 
 
 		 517 aa  49.3  0.00008  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_1607  secretion protein, HlyD family  23.62 
 
 		 331 aa  49.3  0.00009  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.187993  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 350 aa  48.9  0.0001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  24.19 
 
 		 335 aa  48.5  0.0001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.71 
 
 		 358 aa  48.9  0.0001  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  26.46 
 
 		 381 aa  48.5  0.0001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1445  putative membrane-fusion protein  25.71 
 
 		 434 aa  48.9  0.0001  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  hitchhiker  0.00910386  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  29.41 
 
 		 431 aa  48.1  0.0002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_6178  RND family efflux transporter MFP subunit  29.53 
 
 		 367 aa  47.8  0.0002  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.19288  normal  1 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A1914  multidrug ABC transporter membrane-binding protein  32.61 
 
 		 337 aa  47.4  0.0003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.178909  normal  0.404854 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_2104  secretion protein HlyD family protein  29.32 
 
 		 541 aa  47.4  0.0003  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.68 
 
 		 419 aa  47.8  0.0003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.377405 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_2700  secretion protein HlyD  29.9 
 
 		 403 aa  47  0.0004  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 431 aa  47  0.0005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1471  membrane-fusion protein  23.65 
 
 		 400 aa  47  0.0005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2737  membrane-fusion protein  20.55 
 
 		 420 aa  46.6  0.0006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5245  secretion protein HlyD family protein  25.52 
 
 		 333 aa  46.6  0.0006  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2016  secretion protein HlyD family protein  30 
 
 		 517 aa  46.6  0.0006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7140  HlyD family secretion protein  25.35 
 
 		 446 aa  46.2  0.0007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.706887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0558  secretion protein HlyD family protein  26.96 
 
 		 375 aa  46.2  0.0009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2026  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 401 aa  45.8  0.001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.705126  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.21 
 
 		 432 aa  44.7  0.002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_4169  secretion protein HlyD family protein  34.25 
 
 		 477 aa  44.7  0.002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  hitchhiker  0.00575947  hitchhiker  0.00428587 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  27.27 
 
 		 411 aa  44.7  0.002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  30.3 
 
 		 410 aa  44.7  0.002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4903  secretion protein HlyD family protein  25.33 
 
 		 359 aa  44.7  0.002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  24.89 
 
 		 340 aa  44.7  0.002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3732  secretion protein HlyD family protein  23.79 
 
 		 419 aa  45.1  0.002  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_1675  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.2 
 
 		 608 aa  44.3  0.003  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4314  MFS efflux pump, membrane fusion protein, EmrA subfamily  26.3 
 
 		 423 aa  43.9  0.003  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4410  secretion protein HlyD family protein  30.82 
 
 		 370 aa  44.3  0.003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  26.79 
 
 		 366 aa  44.3  0.003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012793  GWCH70_1834  multidrug resistance protein A  27.88 
 
 		 212 aa  44.3  0.003  Geobacillus sp. WCH70  Bacteria  hitchhiker  0.00170419  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  29.29 
 
 		 376 aa  44.3  0.003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3316  secretion protein HlyD family protein  27.34 
 
 		 423 aa  43.9  0.004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  0.226121 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3091  secretion protein HlyD family protein  27.86 
 
 		 334 aa  43.9  0.004  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  25.82 
 
 		 467 aa  43.9  0.004  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.75 
 
 		 549 aa  43.9  0.004  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013411  GYMC61_2447  hypothetical protein  28.42 
 
 		 212 aa  43.9  0.004  Geobacillus sp. Y412MC61  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1765  secretion protein HlyD family protein  27.42 
 
 		 541 aa  43.5  0.005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  0.186436  normal  1 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.21 
 
 		 414 aa  43.5  0.005  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5592  HlyD family multidrug resistance protein  25.93 
 
 		 381 aa  43.5  0.005  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.306614  normal  1 
 
 
-
 
NC_011773  BCAH820_4684  hypothetical protein  26.92 
 
 		 217 aa  43.1  0.006  Bacillus cereus AH820  Bacteria  n/a    hitchhiker  9.12554e-48 
 
 
-
 
NC_011725  BCB4264_A4677  hypothetical protein  26.92 
 
 		 217 aa  43.1  0.006  Bacillus cereus B4264  Bacteria  hitchhiker  0.000225895  n/a   
 
 
-
 
NC_005945  BAS4465  hypothetical protein  26.92 
 
 		 217 aa  43.1  0.006  Bacillus anthracis str. Sterne  Bacteria  normal  0.147837  n/a   
 
 
-
 
NC_011658  BCAH187_A4693  hypothetical protein  26.92 
 
 		 217 aa  43.1  0.006  Bacillus cereus AH187  Bacteria  hitchhiker  0.0000000853008  n/a   
 
 
-
 
NC_005957  BT9727_4300  multidrug resistance protein A  26.92 
 
 		 217 aa  43.1  0.006  Bacillus thuringiensis serovar konkukian str. 97-27  Bacteria  hitchhiker  0.000026909  n/a   
 
 
-
 
NC_006274  BCZK4311  multidrug resistance protein A  26.92 
 
 		 217 aa  43.1  0.006  Bacillus cereus E33L  Bacteria  normal  0.276592  n/a   
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  28.87 
 
 		 403 aa  43.5  0.006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_007530  GBAA_4813  hypothetical protein  26.92 
 
 		 217 aa  43.1  0.006  Bacillus anthracis str. 'Ames Ancestor'  Bacteria  normal  0.0590873  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3990  secretion protein HlyD family protein  26.74 
 
 		 383 aa  43.1  0.007  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.302523  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2904  secretion protein HlyD family protein  27.89 
 
 		 329 aa  43.1  0.007  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.839486  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3253  secretion protein HlyD family protein  25.77 
 
 		 373 aa  43.1  0.007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  26.79 
 
 		 366 aa  42.7  0.008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3406  secretion protein HlyD  28.85 
 
 		 419 aa  42.7  0.008  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0814588  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1283  secretion protein HlyD  24.37 
 
 		 475 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277079  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6548  secretion protein HlyD family protein  24.37 
 
 		 475 aa  42.7  0.008  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3255  multidrug resistance protein A  26.92 
 
 		 217 aa  42.7  0.008  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1291  HlyD family secretion protein  26.59 
 
 		 477 aa  42.7  0.009  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.888104  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1840  membrane-fusion protein  19.41 
 
 		 429 aa  42.7  0.009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0341971  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  24.42 
 
 		 382 aa  42.7  0.009  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6154  secretion protein HlyD family protein  24.37 
 
 		 470 aa  42.7  0.009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.18096 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.93 
 
 		 397 aa  42.7  0.009  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_011772  BCG9842_B0560  hypothetical protein  26.92 
 
 		 217 aa  42.7  0.009  Bacillus cereus G9842  Bacteria  hitchhiker  0.00000264688  hitchhiker  1.67598e-16 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  23.96 
 
 		 372 aa  42.7  0.009  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_4446  DevB family ABC exporter membrane fusion protein  27.34 
 
 		 399 aa  42.4  0.01  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>