More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPD_3406 on replicon NC_007958
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB5



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007958  RPD_3406  secretion protein HlyD  100 
 
 		 419 aa  823    Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.0814588  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4061  secretion protein HlyD family protein  82.97 
 
 		 422 aa  602  1.0000000000000001e-171  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1980  secretion protein HlyD  81.49 
 
 		 411 aa  598  1e-170  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.539609  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2180  secretion protein HlyD  70.41 
 
 		 408 aa  536  1e-151  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6188  putative multidrug resistance protein A  64.9 
 
 		 456 aa  497  1e-139  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.650101  normal  0.753316 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6769  secretion protein HlyD family protein  54.27 
 
 		 393 aa  335  9e-91  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4584  secretion protein HlyD family protein  53.31 
 
 		 402 aa  313  3.9999999999999997e-84  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6561  secretion protein HlyD family protein  53.61 
 
 		 397 aa  310  2e-83  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0560581  normal  0.0514365 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3442  secretion protein HlyD family protein  50.57 
 
 		 421 aa  306  6e-82  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.711294 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4102  secretion protein HlyD family protein  48.72 
 
 		 401 aa  302  6.000000000000001e-81  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4470  secretion protein HlyD family protein  53.31 
 
 		 401 aa  302  9e-81  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2795  secretion protein HlyD family protein  46.94 
 
 		 402 aa  295  1e-78  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.758551 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  44.26 
 
 		 411 aa  294  2e-78  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3713  secretion protein HlyD family protein  45.7 
 
 		 404 aa  293  3e-78  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  0.598746 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3837  multidrug resistance efflux pump  44.88 
 
 		 391 aa  291  2e-77  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3415  secretion protein HlyD family protein  44.81 
 
 		 406 aa  288  2e-76  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.297812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1512  secretion protein HlyD family protein  51.9 
 
 		 405 aa  286  5.999999999999999e-76  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  45.43 
 
 		 413 aa  283  5.000000000000001e-75  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1088  MFP family transporter  39.36 
 
 		 368 aa  264  3e-69  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.802038  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0954  secretion protein HlyD family protein  42.46 
 
 		 413 aa  257  2e-67  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.702567  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2980  secretion protein HlyD family protein  41.16 
 
 		 383 aa  253  7e-66  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5998  secretion protein HlyD family protein  41.67 
 
 		 394 aa  248  1e-64  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4682  secretion protein HlyD family protein  43.86 
 
 		 372 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.384444  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0156  secretion protein HlyD  41.88 
 
 		 390 aa  239  6.999999999999999e-62  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  41.59 
 
 		 350 aa  238  1e-61  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0834  secretion protein HlyD family protein  42.41 
 
 		 396 aa  237  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.541495 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6488  secretion protein HlyD family protein  40.5 
 
 		 394 aa  238  2e-61  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3795  secretion protein HlyD family protein  42.41 
 
 		 373 aa  234  1.0000000000000001e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7473  secretion protein HlyD family protein  43.61 
 
 		 390 aa  229  5e-59  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4651  HlyD family multidrug resistance protein  40.74 
 
 		 380 aa  228  1e-58  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.731563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2114  multidrug resistance protein A  38.27 
 
 		 393 aa  228  2e-58  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3276  secretion protein HlyD family protein  41.76 
 
 		 372 aa  226  8e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2191  HlyD family secretion protein  41.35 
 
 		 373 aa  219  5e-56  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201005  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3279  secretion protein HlyD  39.25 
 
 		 385 aa  218  2e-55  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.119493  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2360  secretion protein HlyD family protein  40.42 
 
 		 344 aa  217  2.9999999999999998e-55  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0238  secretion protein HlyD  39.38 
 
 		 375 aa  216  4e-55  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3454  secretion protein HlyD family protein  38.48 
 
 		 380 aa  217  4e-55  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3991  secretion protein HlyD family protein  40.65 
 
 		 371 aa  217  4e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  35.67 
 
 		 387 aa  214  1.9999999999999998e-54  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5592  HlyD family multidrug resistance protein  39.06 
 
 		 381 aa  214  2.9999999999999995e-54  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.306614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  35.19 
 
 		 344 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  35.69 
 
 		 387 aa  213  3.9999999999999995e-54  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  34.9 
 
 		 355 aa  213  4.9999999999999996e-54  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4465  secretion protein HlyD  42.45 
 
 		 374 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3901  secretion protein HlyD family protein  42.45 
 
 		 374 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3626  secretion protein HlyD family protein  42.45 
 
 		 374 aa  211  2e-53  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.382081  normal  0.990317 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3793  secretion protein HlyD  40.3 
 
 		 373 aa  210  3e-53  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167137  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1715  secretion protein HlyD  39.12 
 
 		 383 aa  211  3e-53  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118181  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4283  secretion protein HlyD family protein  44.01 
 
 		 365 aa  209  6e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.638187  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3675  secretion protein HlyD family protein  39.52 
 
 		 381 aa  207  2e-52  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2528  secretion protein HlyD family protein  39.34 
 
 		 349 aa  206  7e-52  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5486  secretion protein HlyD family protein  38.32 
 
 		 363 aa  206  7e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.707329  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1183  secretion protein HlyD family protein  35.36 
 
 		 354 aa  206  9e-52  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1608  secretion protein HlyD family protein  38.08 
 
 		 414 aa  205  1e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000243495 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3632  secretion protein HlyD family protein  38.32 
 
 		 363 aa  205  1e-51  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  34.81 
 
 		 351 aa  204  2e-51  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal  1 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3990  secretion protein HlyD family protein  35.11 
 
 		 383 aa  204  2e-51  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.302523  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2735  secretion protein HlyD family protein  36.08 
 
 		 349 aa  203  4e-51  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  0.479552 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  36.41 
 
 		 372 aa  203  6e-51  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2319  putative secretion protein  39.17 
 
 		 352 aa  203  6e-51  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0810841  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27420  putative secretion protein  39.35 
 
 		 354 aa  202  6e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204375  normal  0.853032 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  36.48 
 
 		 368 aa  202  9e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2344  HlyD family secretion protein  38.32 
 
 		 364 aa  202  9e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1877  secretion protein HlyD  36.25 
 
 		 349 aa  202  9.999999999999999e-51  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2928  HlyD family secretion protein  41.97 
 
 		 372 aa  201  9.999999999999999e-51  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS00899  putative multidrug resistance transmembrane protein  38.35 
 
 		 363 aa  201  1.9999999999999998e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.359729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4521  secretion protein HlyD family protein  35.19 
 
 		 351 aa  201  1.9999999999999998e-50  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  0.170966 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4416  secretion protein HlyD family protein  36.08 
 
 		 366 aa  201  1.9999999999999998e-50  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.401076  normal  0.621386 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3969  secretion protein HlyD family protein  35.31 
 
 		 352 aa  200  3e-50  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0736  major facilitator superfamily multidrug efflux pump membrane fusion protein  37.68 
 
 		 375 aa  199  6e-50  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4608  secretion protein HlyD  37.85 
 
 		 364 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3755  secretion protein HlyD family protein  37.85 
 
 		 364 aa  199  6e-50  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.178549  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4975  secretion protein HlyD family protein  40.43 
 
 		 363 aa  199  7e-50  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.710374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1624  HlyD family secretion protein  40.46 
 
 		 377 aa  199  7.999999999999999e-50  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3768  secretion protein HlyD family protein  37.38 
 
 		 364 aa  199  9e-50  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20986 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0452  secretion protein HlyD family protein  36.8 
 
 		 352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3843  secretion protein HlyD family protein  35.01 
 
 		 352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3787  secretion protein HlyD family protein  35.01 
 
 		 352 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0522  secretion protein HlyD family protein  35.61 
 
 		 351 aa  198  1.0000000000000001e-49  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.889598  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_2068  multidrug efflux MFS membrane fusion protein, putative  40.21 
 
 		 425 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  0.851411 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4494  secretion protein HlyD family protein  37.95 
 
 		 374 aa  197  2.0000000000000003e-49  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.001486  normal  0.244602 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3509  secretion protein HlyD family protein  35.31 
 
 		 351 aa  197  2.0000000000000003e-49  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0482  secretion protein HlyD family protein  35.01 
 
 		 352 aa  197  4.0000000000000005e-49  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0207  secretion protein HlyD  38.95 
 
 		 371 aa  196  5.000000000000001e-49  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.387162 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0744  secretion protein HlyD  36.96 
 
 		 363 aa  196  8.000000000000001e-49  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0523  secretion protein HlyD family protein  35.01 
 
 		 351 aa  196  8.000000000000001e-49  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6591  secretion protein HlyD family protein  36.97 
 
 		 378 aa  194  2e-48  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.216636 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3613  secretion protein HlyD family protein  36.63 
 
 		 422 aa  193  4e-48  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.281428  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3362  secretion protein HlyD family protein  39 
 
 		 382 aa  193  5e-48  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.347896  hitchhiker  0.0000000000000309797 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2373  secretion protein HlyD family protein  38.87 
 
 		 395 aa  192  6e-48  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4287  secretion protein HlyD family protein  41.85 
 
 		 374 aa  192  8e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0584309  normal  0.408904 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3549  secretion protein HlyD family protein  38.07 
 
 		 397 aa  192  9e-48  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4968  secretion protein HlyD  41.85 
 
 		 374 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2225  secretion protein HlyD family protein  38.07 
 
 		 397 aa  192  1e-47  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.818643  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3192  secretion protein HlyD family protein  41.85 
 
 		 374 aa  192  1e-47  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  35.47 
 
 		 374 aa  191  2e-47  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1327  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  35.71 
 
 		 393 aa  191  2e-47  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0719402  normal  0.0222089 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1543  secretion protein HlyD family protein  35.38 
 
 		 352 aa  191  2e-47  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6436  secretion protein HlyD family protein  35.05 
 
 		 392 aa  190  2.9999999999999997e-47  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475078  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0499  secretion protein HlyD family protein  34.99 
 
 		 364 aa  190  2.9999999999999997e-47  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>