More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sama_1471 on replicon NC_008700
Organism: Shewanella amazonensis SB2B



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008700  Sama_1471  membrane-fusion protein  100 
 
 		 400 aa  812    Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2737  membrane-fusion protein  62.85 
 
 		 420 aa  528  1e-149  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1902  membrane-fusion protein  61.9 
 
 		 419 aa  528  1e-149  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0558652  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1840  membrane-fusion protein  60.99 
 
 		 429 aa  505  9.999999999999999e-143  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0341971  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1470  membrane-fusion protein  24.35 
 
 		 394 aa  96.7  6e-19  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  24.62 
 
 		 403 aa  95.1  2e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  24.12 
 
 		 399 aa  92.4  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 416 aa  91.7  2e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  23.71 
 
 		 388 aa  91.3  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.36 
 
 		 432 aa  84.3  0.000000000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  31.34 
 
 		 417 aa  73.2  0.000000000007  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_1102  secretion protein HlyD  31.72 
 
 		 470 aa  70.5  0.00000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.680161 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  23.94 
 
 		 424 aa  67.8  0.0000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  30.34 
 
 		 400 aa  67.4  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  27.32 
 
 		 380 aa  67  0.0000000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.36 
 
 		 435 aa  66.2  0.0000000009  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  28.11 
 
 		 349 aa  65.5  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  30.32 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.46 
 
 		 355 aa  64.3  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  26.44 
 
 		 367 aa  64.3  0.000000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  30.32 
 
 		 369 aa  64.3  0.000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1982  RND family efflux transporter MFP subunit  29.24 
 
 		 360 aa  63.9  0.000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000000542821  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_2179  RND family efflux transporter MFP subunit  29.63 
 
 		 361 aa  63.5  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  decreased coverage  0.00000248395  normal  0.140593 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2320  RND family efflux transporter MFP subunit  31.55 
 
 		 399 aa  63.5  0.000000007  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  29.92 
 
 		 399 aa  63.2  0.000000008  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  25.25 
 
 		 392 aa  62.8  0.00000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 		 430 aa  62.8  0.00000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  29.86 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.86 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  28.69 
 
 		 361 aa  62  0.00000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1866  RND family efflux transporter MFP subunit  27.96 
 
 		 385 aa  62  0.00000002  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  hitchhiker  0.0000232808  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  25.71 
 
 		 382 aa  61.2  0.00000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3323  secretion protein HlyD  25.95 
 
 		 459 aa  60.8  0.00000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.665109  normal  1 
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 		 389 aa  60.5  0.00000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 504 aa  60.5  0.00000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 		 365 aa  60.5  0.00000005  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 351 aa  60.5  0.00000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  28.31 
 
 		 369 aa  60.1  0.00000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  29.52 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000007  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_2237  secretion protein HlyD  27.03 
 
 		 377 aa  60.1  0.00000007  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 361 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0527  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 376 aa  59.3  0.0000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4850  RND family efflux transporter MFP subunit  24.58 
 
 		 385 aa  58.9  0.0000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  23.21 
 
 		 421 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.22 
 
 		 397 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  26.11 
 
 		 383 aa  58.5  0.0000002  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4297  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.43 
 
 		 397 aa  58.5  0.0000002  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.430357  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  29.03 
 
 		 361 aa  58.9  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 372 aa  58.5  0.0000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.17 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.33 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.02 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2360  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000004  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.347608  normal  0.0362221 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.21 
 
 		 448 aa  57.4  0.0000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  32.06 
 
 		 364 aa  57.4  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00481  hypothetical protein  26.32 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000005  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00705  cation efflux system protein  28.46 
 
 		 371 aa  57  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.333087  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2253  secretion protein HlyD  23.53 
 
 		 398 aa  57  0.0000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.706134 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2284  secretion protein HlyD  29.27 
 
 		 403 aa  57  0.0000006  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.831641  normal  0.154042 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.04 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010070  Bmul_6171  RND family efflux transporter MFP subunit  24.28 
 
 		 491 aa  56.6  0.0000008  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.442702 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  27.07 
 
 		 431 aa  56.6  0.0000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2627  secretion protein HlyD  23.61 
 
 		 399 aa  56.2  0.0000009  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  1  normal  0.524182 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.34 
 
 		 379 aa  55.8  0.000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 370 aa  56.2  0.000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.06 
 
 		 377 aa  55.8  0.000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  26.27 
 
 		 351 aa  56.2  0.000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  28.65 
 
 		 360 aa  55.8  0.000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  27.85 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  27.85 
 
 		 373 aa  55.8  0.000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  25.89 
 
 		 375 aa  56.2  0.000001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0319  RND family efflux transporter MFP subunit  22.78 
 
 		 417 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3678  RND family efflux transporter MFP subunit  23.86 
 
 		 489 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.235354  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  27.52 
 
 		 369 aa  55.5  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4685  secretion protein HlyD  23.86 
 
 		 489 aa  55.5  0.000002  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.160978  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_0431  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.51 
 
 		 368 aa  55.5  0.000002  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014165  Tbis_3274  putative multidrug efflux system transmembrane protein  28.49 
 
 		 225 aa  55.1  0.000002  Thermobispora bispora DSM 43833  Bacteria  normal  0.668414  normal  0.104011 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  24.65 
 
 		 389 aa  54.7  0.000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_2184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.06 
 
 		 537 aa  54.7  0.000003  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.580159  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  30.94 
 
 		 517 aa  54.7  0.000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  31.18 
 
 		 417 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3650  secretion protein HlyD  30.43 
 
 		 397 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.521212 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1650  secretion protein HlyD  28.23 
 
 		 397 aa  54.7  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_2704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.57 
 
 		 538 aa  54.7  0.000003  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.534684  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.24 
 
 		 391 aa  54.7  0.000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_0883  RND family efflux transporter MFP subunit  25.91 
 
 		 363 aa  54.7  0.000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3844  RND family efflux transporter MFP subunit  23.99 
 
 		 489 aa  54.7  0.000003  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.957975 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  28.11 
 
 		 360 aa  53.9  0.000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_2041  secretion protein HlyD  24.07 
 
 		 398 aa  54.3  0.000004  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  26.22 
 
 		 360 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  26.22 
 
 		 360 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.22 
 
 		 360 aa  54.3  0.000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>