More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene DvMF_2956 on replicon NC_011769
Organism: Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
430 aa  853    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  62.35 
 
 
411 aa  512  1e-144  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  55.83 
 
 
424 aa  446  1.0000000000000001e-124  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  51.85 
 
 
417 aa  382  1e-105  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  34.9 
 
 
353 aa  193  4e-48  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  normal  0.0619651 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.9 
 
 
505 aa  141  1.9999999999999998e-32  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 
489 aa  139  7.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1101  RND family efflux transporter MFP subunit  31.46 
 
 
414 aa  135  9.999999999999999e-31  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  0.402678  normal 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  25.65 
 
 
444 aa  135  1.9999999999999998e-30  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  28.57 
 
 
370 aa  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3643  RND family efflux transporter MFP subunit  28.94 
 
 
455 aa  129  1.0000000000000001e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.384349  normal  0.340778 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.5 
 
 
448 aa  128  2.0000000000000002e-28  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  28.32 
 
 
370 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  28.73 
 
 
449 aa  127  3e-28  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  28.32 
 
 
370 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  28.12 
 
 
400 aa  127  4.0000000000000003e-28  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  30.72 
 
 
413 aa  125  1e-27  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.0899354  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  28.17 
 
 
449 aa  125  1e-27  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 
384 aa  125  2e-27  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  29.56 
 
 
509 aa  125  2e-27  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_0102  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.82 
 
 
465 aa  124  3e-27  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2220  RND family efflux transporter MFP subunit  29.15 
 
 
399 aa  122  9.999999999999999e-27  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 
390 aa  121  1.9999999999999998e-26  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.72 
 
 
428 aa  121  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00204407  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.63 
 
 
432 aa  120  3e-26  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_3523  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.09 
 
 
438 aa  120  3e-26  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.51854  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_4209  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.89 
 
 
392 aa  119  9e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.122721  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1857  secretion protein HlyD  27.85 
 
 
390 aa  119  9e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.779454 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.27 
 
 
416 aa  119  9e-26  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.17 
 
 
500 aa  119  9.999999999999999e-26  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4941  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.91 
 
 
419 aa  119  9.999999999999999e-26  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.321445  normal  0.921537 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3721  putative membrane-fusion protein  29.38 
 
 
569 aa  119  9.999999999999999e-26  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  0.45383  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_1166  secretion protein HlyD  28.13 
 
 
412 aa  117  3e-25  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.912906  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_3781  RND family efflux transporter MFP subunit  29.05 
 
 
407 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1814  RND family efflux transporter MFP subunit  27.74 
 
 
432 aa  117  3.9999999999999997e-25  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 
415 aa  116  6e-25  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_2610  RND family efflux transporter MFP subunit  29.21 
 
 
493 aa  116  7.999999999999999e-25  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.787622 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3038  secretion protein HlyD  28.6 
 
 
403 aa  116  8.999999999999998e-25  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.0000000000167095  normal 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_1892  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.13 
 
 
430 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.133123 
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  25.82 
 
 
394 aa  115  1.0000000000000001e-24  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  27.61 
 
 
429 aa  114  2.0000000000000002e-24  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_5132  RND family efflux transporter MFP subunit  30.52 
 
 
445 aa  115  2.0000000000000002e-24  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  27.85 
 
 
408 aa  114  3e-24  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  27.59 
 
 
408 aa  114  5e-24  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_3533  RND family efflux transporter MFP subunit  27.64 
 
 
409 aa  113  6e-24  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal  0.722317 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 
406 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6201  putative accessory protein to ABC-type macrolide transport protein MacB  28.14 
 
 
430 aa  113  7.000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 
406 aa  112  9e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.65 
 
 
410 aa  112  1.0000000000000001e-23  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.61066  normal  0.83964 
 
 
-
 
NC_007406  Nwi_2042  secretion protein HlyD  28.29 
 
 
414 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter winogradskyi Nb-255  Bacteria  normal  0.617858  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1685  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 
387 aa  112  1.0000000000000001e-23  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.261181  normal 
 
 
-
 
NC_009429  Rsph17025_3864  ABC transporter related  30.27 
 
 
418 aa  112  1.0000000000000001e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.606554  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.29 
 
 
419 aa  111  2.0000000000000002e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_1833  RND family efflux transporter MFP subunit  24.94 
 
 
464 aa  111  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  0.36059  unclonable  0.000000000906287 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  26.06 
 
 
456 aa  112  2.0000000000000002e-23  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_3233  RND family efflux transporter MFP subunit  28.61 
 
 
405 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  decreased coverage  0.000000196171  n/a   
 
 
-
 
NC_007494  RSP_3375  HlyD family membrane fusion protein  29.84 
 
 
425 aa  111  3e-23  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009050  Rsph17029_3021  RND family efflux transporter MFP subunit  29.84 
 
 
418 aa  110  3e-23  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.0354964  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2037  secretion protein HlyD  29.12 
 
 
446 aa  111  3e-23  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.35853  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_1706  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.4 
 
 
430 aa  110  4.0000000000000004e-23  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.353178  normal 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_0096  putative macrolide-specific efflux protein MacA  25.37 
 
 
399 aa  110  5e-23  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3595  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.71 
 
 
404 aa  110  6e-23  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.0852698  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  25.35 
 
 
455 aa  110  6e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1970  secretion protein HlyD  25.46 
 
 
390 aa  109  8.000000000000001e-23  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.0699832  normal  0.38447 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2151  RND family efflux transporter MFP subunit  27.95 
 
 
471 aa  109  8.000000000000001e-23  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.563694  normal 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  27.59 
 
 
444 aa  109  9.000000000000001e-23  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1670  macrolide transporter subunit MacA  29.58 
 
 
348 aa  109  1e-22  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2871  hypothetical protein  26.68 
 
 
391 aa  109  1e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.518674  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  25.56 
 
 
397 aa  108  2e-22  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  25.8 
 
 
517 aa  108  2e-22  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  25.12 
 
 
394 aa  108  2e-22  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1007  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.35 
 
 
398 aa  108  2e-22  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33770  hypothetical protein  26.44 
 
 
391 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.127582  hitchhiker  0.00383681 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1129  RND family efflux transporter MFP subunit  27.93 
 
 
407 aa  107  5e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  28.68 
 
 
405 aa  107  5e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 
428 aa  106  7e-22  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal  0.591296 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  27.02 
 
 
371 aa  106  8e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0365  membrane-fusion protein  29.53 
 
 
394 aa  106  8e-22  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  27.02 
 
 
371 aa  106  8e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2024  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.18 
 
 
419 aa  106  9e-22  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000000000305818 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.46 
 
 
476 aa  106  9e-22  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.02 
 
 
371 aa  105  1e-21  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0496  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 
402 aa  105  1e-21  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1084  MacA  26.43 
 
 
402 aa  105  1e-21  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  27.02 
 
 
371 aa  105  1e-21  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0770  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 
399 aa  105  1e-21  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.0433625  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  27.02 
 
 
371 aa  105  1e-21  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  27.02 
 
 
371 aa  105  1e-21  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  28.98 
 
 
372 aa  105  1e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  27.02 
 
 
371 aa  105  1e-21  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  27.27 
 
 
371 aa  104  3e-21  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_1295  efflux protein  27.92 
 
 
405 aa  104  4e-21  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  28 
 
 
371 aa  103  5e-21  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  27.02 
 
 
371 aa  103  5e-21  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2466  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.33 
 
 
396 aa  103  5e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0198  RND family efflux transporter MFP subunit  23.06 
 
 
521 aa  103  7e-21  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.11 
 
 
448 aa  103  8e-21  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3168  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.69 
 
 
430 aa  103  8e-21  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.479459  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  28.69 
 
 
372 aa  102  9e-21  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  27.56 
 
 
401 aa  102  9e-21  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>