41 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_1900 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010506  Swoo_1900  multidrug resistance efflux pump-like protein  100 
 
 		 331 aa  672    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2739  multidrug resistance efflux pump-like protein  77.09 
 
 		 343 aa  490  1e-137  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1838  multidrug resistance efflux pump-like protein  62.24 
 
 		 363 aa  382  1e-105  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000704068  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1469  multidrug resistance efflux pump-like protein  53.48 
 
 		 326 aa  325  5e-88  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1470  membrane-fusion protein  26.26 
 
 		 394 aa  75.1  0.000000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  24.33 
 
 		 388 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  25.19 
 
 		 403 aa  68.2  0.0000000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.19 
 
 		 416 aa  65.1  0.000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  26.04 
 
 		 399 aa  63.9  0.000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4025  secretion protein HlyD family protein  26.78 
 
 		 418 aa  56.2  0.0000007  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2991  hypothetical protein  23.59 
 
 		 381 aa  54.3  0.000003  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5231  HlyD family secretion protein  24.14 
 
 		 426 aa  53.9  0.000003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2851  hypothetical protein  23.59 
 
 		 381 aa  53.9  0.000003  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3732  secretion protein HlyD family protein  23.15 
 
 		 419 aa  52.8  0.000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 		 431 aa  52  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7140  HlyD family secretion protein  24.88 
 
 		 446 aa  49.7  0.00006  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.706887  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 500 aa  50.1  0.00006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.82 
 
 		 448 aa  48.9  0.0001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  24.8 
 
 		 417 aa  48.5  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  29.41 
 
 		 621 aa  47.8  0.0002  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  25.85 
 
 		 424 aa  48.5  0.0002  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.87 
 
 		 549 aa  47.4  0.0003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2811  RND family efflux transporter MFP subunit  23.79 
 
 		 444 aa  46.2  0.0007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21240  multidrug resistance efflux pump  26.79 
 
 		 536 aa  45.8  0.001  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03081  ABC transporter ATP-binding protein  23.95 
 
 		 417 aa  45.4  0.001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  0.955285 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2323  secretion protein HlyD  27.61 
 
 		 231 aa  45.1  0.002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000671168  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  22.3 
 
 		 335 aa  45.1  0.002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0069  secretion protein HlyD family protein  26.56 
 
 		 331 aa  45.1  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.94 
 
 		 481 aa  44.7  0.003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0094  secretion protein HlyD family protein  31.4 
 
 		 328 aa  44.3  0.003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_0207  secretion protein HlyD  26.32 
 
 		 371 aa  44.3  0.003  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.387162 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.75 
 
 		 430 aa  44.3  0.003  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0953  secretion protein HlyD family protein  30.63 
 
 		 344 aa  43.9  0.004  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  24.2 
 
 		 377 aa  43.5  0.005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  24.77 
 
 		 419 aa  43.1  0.006  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0257  secretion protein, HlyD family  24.38 
 
 		 337 aa  43.1  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.787376  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0434  secretion protein HlyD family protein  24.38 
 
 		 337 aa  43.1  0.007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.532566  hitchhiker  0.0000000108123 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.93 
 
 		 414 aa  42.7  0.008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0064  secretion protein HlyD family protein  28.07 
 
 		 346 aa  42.7  0.009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2149  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.22 
 
 		 409 aa  42.7  0.009  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.111795  normal  1 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.99 
 
 		 419 aa  42.4  0.01  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  normal  0.377405 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>