More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RS03081 on replicon NC_003296
Organism: Ralstonia solanacearum GMI1000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003296  RS03081  ABC transporter ATP-binding protein  100 
 
 		 417 aa  818    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  0.955285 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  29.33 
 
 		 607 aa  162  7e-39  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  29.6 
 
 		 411 aa  141  1.9999999999999998e-32  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3732  secretion protein HlyD family protein  26.48 
 
 		 419 aa  119  9.999999999999999e-26  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60760  hypothetical protein  26.46 
 
 		 425 aa  108  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5231  HlyD family secretion protein  26.36 
 
 		 426 aa  106  6e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  24.87 
 
 		 400 aa  106  9e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4096  secretion protein HlyD family protein  26.19 
 
 		 431 aa  103  5e-21  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1759  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.61 
 
 		 457 aa  99.8  8e-20  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0895  secretion protein HlyD family protein  25.13 
 
 		 405 aa  94.7  2e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4025  secretion protein HlyD family protein  24.66 
 
 		 418 aa  90.5  5e-17  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2777  RND family efflux transporter MFP subunit  26.69 
 
 		 489 aa  86.7  7e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  unclonable  0.000000975793  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3980  secretion protein HlyD family protein  22.87 
 
 		 420 aa  84  0.000000000000005  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2009  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  24.08 
 
 		 391 aa  83.2  0.000000000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.89 
 
 		 448 aa  82.4  0.00000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2470  secretion protein HlyD family protein  28.12 
 
 		 421 aa  82.4  0.00000000000001  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  24.56 
 
 		 385 aa  82  0.00000000000002  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0039  macrolide-specific efflux protein  24.35 
 
 		 391 aa  82  0.00000000000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.461256  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  26.68 
 
 		 417 aa  77.4  0.0000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.7 
 
 		 504 aa  76.6  0.0000000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2904  secretion protein HlyD family protein  28.57 
 
 		 329 aa  75.1  0.000000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  0.839486  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2858  secretion protein HlyD  25.11 
 
 		 517 aa  74.7  0.000000000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.21 
 
 		 435 aa  72.4  0.00000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  24.09 
 
 		 389 aa  71.2  0.00000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  26.96 
 
 		 424 aa  70.9  0.00000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4021  secretion protein HlyD  26.56 
 
 		 345 aa  70.9  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127081  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.52 
 
 		 500 aa  70.5  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.35 
 
 		 432 aa  70.1  0.00000000007  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1863  RND family efflux transporter MFP subunit  21.74 
 
 		 393 aa  69.3  0.0000000001  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  25.27 
 
 		 421 aa  68.9  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.29 
 
 		 421 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl2851  hypothetical protein  24.35 
 
 		 381 aa  68.9  0.0000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  23.85 
 
 		 509 aa  68.6  0.0000000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.29 
 
 		 421 aa  68.6  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  25.49 
 
 		 389 aa  68.2  0.0000000003  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  27.82 
 
 		 329 aa  67  0.0000000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0927  macrolide efflux protein MacA  23.17 
 
 		 399 aa  67  0.0000000006  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp2991  hypothetical protein  23.56 
 
 		 381 aa  67  0.0000000006  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1992  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.92 
 
 		 580 aa  66.6  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.491967  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  27.57 
 
 		 335 aa  66.6  0.0000000008  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1791  macrolide efflux protein MacA  23.99 
 
 		 420 aa  66.6  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  25.77 
 
 		 390 aa  65.9  0.000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2831  syringolide efflux protein SyfC  23.18 
 
 		 383 aa  65.9  0.000000001  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.580145  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2900  hypothetical protein  24.7 
 
 		 328 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.441654  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  23.83 
 
 		 431 aa  65.5  0.000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2812  hypothetical protein  24.7 
 
 		 328 aa  65.1  0.000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.659594  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0225  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.51 
 
 		 347 aa  65.1  0.000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.175978  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.99 
 
 		 505 aa  64.7  0.000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  26.5 
 
 		 335 aa  64.7  0.000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.55 
 
 		 426 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2186  macrolide efflux protein MacA  23.81 
 
 		 428 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.84 
 
 		 416 aa  63.9  0.000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0836  macrolide efflux protein MacA  23.81 
 
 		 435 aa  64.3  0.000000004  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.0404665  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.81 
 
 		 453 aa  63.9  0.000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.71 
 
 		 390 aa  63.9  0.000000005  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0971  secretion protein HlyD family protein  26.49 
 
 		 333 aa  63.5  0.000000007  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  0.70003 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 411 aa  63.2  0.000000009  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  26.89 
 
 		 471 aa  62.4  0.00000001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  20.63 
 
 		 390 aa  62.4  0.00000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0913  hypothetical protein  25.99 
 
 		 331 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.16155  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  26.1 
 
 		 449 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2446  secretion protein HlyD  24.6 
 
 		 331 aa  62.8  0.00000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.0391443  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0853  hypothetical protein  25.99 
 
 		 331 aa  62.4  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.52 
 
 		 476 aa  62.4  0.00000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 		 353 aa  62.4  0.00000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.67 
 
 		 448 aa  62  0.00000002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  26.28 
 
 		 461 aa  62  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_1868  secretion protein HlyD  26.17 
 
 		 405 aa  62.4  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7064  hypothetical protein  28.4 
 
 		 340 aa  61.6  0.00000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.333673  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2861  secretion protein HlyD  25.4 
 
 		 489 aa  61.2  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1329  hypothetical protein  22.94 
 
 		 328 aa  60.8  0.00000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  24.37 
 
 		 431 aa  61.2  0.00000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1719  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.28 
 
 		 517 aa  60.8  0.00000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0477  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0725  HlyD family secretion protein  24.61 
 
 		 397 aa  60.8  0.00000005  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.897812  normal  0.118835 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  25.78 
 
 		 399 aa  60.8  0.00000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0179  secretion protein HlyD  26.15 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000006  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.235811  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2420  hypothetical protein  23.99 
 
 		 334 aa  60.5  0.00000006  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0441115  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0906  secretion protein HlyD  25.18 
 
 		 449 aa  60.1  0.00000007  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.101628  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1440  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.55 
 
 		 374 aa  60.1  0.00000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.266014  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0966  hypothetical protein  25.69 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010320  Teth514_0198  RND family efflux transporter MFP subunit  20.24 
 
 		 521 aa  59.7  0.00000008  Thermoanaerobacter sp. X514  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0945  hypothetical protein  25.69 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0881  hypothetical protein  25.69 
 
 		 331 aa  60.1  0.00000008  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  0.775184  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3278  secretion protein HlyD family protein  27.61 
 
 		 333 aa  58.9  0.0000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  22.97 
 
 		 408 aa  58.9  0.0000002  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1286  hypothetical protein  23.84 
 
 		 331 aa  58.5  0.0000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3892  secretion protein HlyD family protein  29.41 
 
 		 352 aa  58.2  0.0000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_1966  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 487 aa  58.2  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.24 
 
 		 407 aa  58.5  0.0000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0916  secretion protein HlyD family protein  27.3 
 
 		 335 aa  58.5  0.0000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_3483  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.91 
 
 		 598 aa  58.5  0.0000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  0.807091  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0319  RND family efflux transporter MFP subunit  21.55 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_1993  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 487 aa  58.2  0.0000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  0.702751  normal  0.0246521 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  24.46 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0499  secretion protein HlyD family protein  28.48 
 
 		 323 aa  57.4  0.0000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  24.36 
 
 		 370 aa  57.4  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0976  macrolide transporter subunit MacA  24.61 
 
 		 372 aa  57.8  0.0000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.03 
 
 		 430 aa  57.8  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  24.36 
 
 		 370 aa  57.4  0.0000004  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_3085  secretion protein HlyD family protein  28.92 
 
 		 353 aa  57.8  0.0000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  0.22636  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>