More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PputW619_0895 on replicon NC_010501
Organism: Pseudomonas putida W619



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010501  PputW619_0895  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 405 aa  770    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3732  secretion protein HlyD family protein  46.52 
 
 		 419 aa  304  2.0000000000000002e-81  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_4025  secretion protein HlyD family protein  44.2 
 
 		 418 aa  302  6.000000000000001e-81  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3980  secretion protein HlyD family protein  48.55 
 
 		 420 aa  301  2e-80  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5231  HlyD family secretion protein  38.95 
 
 		 426 aa  216  4e-55  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60760  hypothetical protein  39.05 
 
 		 425 aa  215  9.999999999999999e-55  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_2470  secretion protein HlyD family protein  31.78 
 
 		 421 aa  170  5e-41  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  32.78 
 
 		 411 aa  153  5e-36  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  28.84 
 
 		 607 aa  143  6e-33  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4096  secretion protein HlyD family protein  32.54 
 
 		 431 aa  124  4e-27  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03081  ABC transporter ATP-binding protein  25.13 
 
 		 417 aa  80.5  0.00000000000005  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  0.955285 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21240  multidrug resistance efflux pump  24.18 
 
 		 536 aa  77.8  0.0000000000004  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  25.07 
 
 		 429 aa  74.3  0.000000000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007575  Suden_0878  secretion protein HlyD  24.9 
 
 		 263 aa  70.5  0.00000000005  Sulfurimonas denitrificans DSM 1251  Bacteria  normal  0.0949246  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  28.13 
 
 		 356 aa  70.1  0.00000000007  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2009  ABC transporter, periplasmic substrate-binding protein  22.95 
 
 		 391 aa  69.7  0.00000000009  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0039  macrolide-specific efflux protein  22.95 
 
 		 391 aa  69.3  0.0000000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.461256  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 		 379 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.15 
 
 		 397 aa  68.6  0.0000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_0268  RND family efflux transporter MFP subunit  34.57 
 
 		 587 aa  67  0.0000000006  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  0.0795166 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  23.17 
 
 		 421 aa  67  0.0000000006  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4021  secretion protein HlyD  25.09 
 
 		 345 aa  66.2  0.000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127081  normal  1 
 
 
-
 
NC_006369  lpl2851  hypothetical protein  22 
 
 		 381 aa  65.1  0.000000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7064  hypothetical protein  28.47 
 
 		 340 aa  65.1  0.000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.333673  normal  0.661993 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2355  secretion protein HlyD  21.72 
 
 		 509 aa  64.7  0.000000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  normal  1  normal  0.0694634 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_1349  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.74 
 
 		 409 aa  64.7  0.000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.0580213 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.35 
 
 		 432 aa  64.3  0.000000003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  26.3 
 
 		 378 aa  63.9  0.000000005  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1039  secretion protein HlyD  25.47 
 
 		 427 aa  63.5  0.000000006  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.59 
 
 		 413 aa  63.5  0.000000006  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_1586  secretion protein HlyD family protein  23.3 
 
 		 328 aa  63.5  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  0.125031  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.13 
 
 		 663 aa  63.2  0.000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1759  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.22 
 
 		 457 aa  63.2  0.000000008  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  22.89 
 
 		 351 aa  62.8  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_0267  RND family efflux transporter MFP subunit  36.17 
 
 		 586 aa  62.4  0.00000001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00117926 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  22.89 
 
 		 351 aa  62  0.00000002  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1183  secretion protein HlyD family protein  25.94 
 
 		 354 aa  62  0.00000002  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 421 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.63 
 
 		 388 aa  61.6  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 421 aa  61.6  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2825  RND family efflux transporter subunit MFP  21.52 
 
 		 500 aa  62.4  0.00000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.708608  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2977  RND family efflux transporter MFP subunit  31.38 
 
 		 401 aa  61.2  0.00000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.540318  normal  0.494242 
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 		 380 aa  61.2  0.00000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  28.09 
 
 		 380 aa  60.8  0.00000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003046  membrane-fusion protein  22.1 
 
 		 377 aa  60.5  0.00000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  27.57 
 
 		 431 aa  60.5  0.00000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 432 aa  59.7  0.00000009  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.0659148 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2374  RND family efflux transporter MFP subunit  26.96 
 
 		 395 aa  59.7  0.00000009  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.347836 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 431 aa  59.7  0.00000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0453  secretion protein HlyD family protein  25.85 
 
 		 287 aa  59.3  0.0000001  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_56880  putative membrane fusion protein  26.41 
 
 		 376 aa  59.3  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  26.65 
 
 		 411 aa  59.7  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  26.29 
 
 		 371 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  26.29 
 
 		 371 aa  58.5  0.0000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  25.87 
 
 		 420 aa  58.5  0.0000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_4943  RND efflux membrane fusion protein precursor  26.71 
 
 		 375 aa  58.2  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  24.93 
 
 		 373 aa  58.5  0.0000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  26.4 
 
 		 349 aa  58.9  0.0000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_3518  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.8 
 
 		 379 aa  58.5  0.0000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.224234  normal  0.212959 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.6 
 
 		 509 aa  58.2  0.0000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01156  multidrug resistance efflux pump  27.78 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.461805  n/a   
 
 
-
 
NC_013203  Apar_0228  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.68 
 
 		 465 aa  58.2  0.0000002  Atopobium parvulum DSM 20469  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009976  P9211_12131  membrane fusion protein  21.43 
 
 		 356 aa  58.2  0.0000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9211  Bacteria  normal  1  normal  0.502636 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2861  secretion protein HlyD  25.46 
 
 		 489 aa  57.8  0.0000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.515359  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  25.12 
 
 		 426 aa  58.2  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  27.63 
 
 		 418 aa  58.2  0.0000003  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.148727  normal  0.199065 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.29 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000004  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_006368  lpp2352  chemiosmotic efflux system C protein B  30.91 
 
 		 322 aa  57.8  0.0000004  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000004  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2426  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.05 
 
 		 365 aa  57.8  0.0000004  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.54628  hitchhiker  0.0000000883837 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  57.8  0.0000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010644  Emin_1178  RND family efflux transporter MFP subunit  28.09 
 
 		 390 aa  57.4  0.0000005  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1608  secretion protein HlyD family protein  28.67 
 
 		 414 aa  56.6  0.0000007  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.000243495 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_0396  secretion protein HlyD family protein  27.07 
 
 		 330 aa  56.6  0.0000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  56.6  0.0000008  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.46 
 
 		 435 aa  56.6  0.0000008  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0412  secretion protein HlyD family protein  27 
 
 		 323 aa  56.6  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.604128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  26.29 
 
 		 371 aa  56.2  0.0000009  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2454  RND family efflux transporter MFP subunit  27.95 
 
 		 393 aa  56.2  0.0000009  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0815  RND family efflux transporter MFP subunit  26 
 
 		 359 aa  55.8  0.000001  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.60919  n/a   
 
 
-
 
NC_013131  Caci_0212  secretion protein HlyD family protein  27.81 
 
 		 536 aa  56.2  0.000001  Catenulispora acidiphila DSM 44928  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  26.34 
 
 		 335 aa  56.2  0.000001  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.33 
 
 		 448 aa  55.8  0.000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  23.24 
 
 		 369 aa  55.8  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  25.14 
 
 		 375 aa  55.8  0.000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1395  macrolide transporter subunit MacA  26.8 
 
 		 371 aa  55.1  0.000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.458807  normal  0.0347786 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 381 aa  55.1  0.000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  23.5 
 
 		 364 aa  55.5  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0156  secretion protein HlyD  29.12 
 
 		 390 aa  55.1  0.000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  24.79 
 
 		 399 aa  55.1  0.000002  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_014148  Plim_0471  secretion protein HlyD family protein  28.68 
 
 		 414 aa  55.5  0.000002  Planctomyces limnophilus DSM 3776  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  26.59 
 
 		 367 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1000  multidrug resistance efflux pump  26.75 
 
 		 354 aa  55.1  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0527  secretion protein HlyD family protein  25.32 
 
 		 324 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0568004  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.41 
 
 		 350 aa  54.3  0.000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 		 420 aa  54.7  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0319  RND family efflux transporter MFP subunit  21.32 
 
 		 417 aa  54.7  0.000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>