More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swoo_4074 on replicon NC_010506
Organism: Shewanella woodyi ATCC 51908



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  80 
 
 		 420 aa  682    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  78.81 
 
 		 420 aa  650    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 420 aa  843    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  88.1 
 
 		 420 aa  741    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  72.18 
 
 		 420 aa  608  1e-173  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  71.19 
 
 		 435 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  71.94 
 
 		 420 aa  606  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  72.18 
 
 		 420 aa  605  9.999999999999999e-173  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  70.48 
 
 		 435 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  70.24 
 
 		 435 aa  598  1e-170  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  70.48 
 
 		 420 aa  600  1e-170  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  70.02 
 
 		 435 aa  598  1e-170  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  71.22 
 
 		 419 aa  595  1e-169  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  68.17 
 
 		 419 aa  558  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  68.35 
 
 		 419 aa  554  1e-157  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  59.9 
 
 		 418 aa  472  1e-132  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  43.26 
 
 		 443 aa  348  7e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  41.95 
 
 		 421 aa  311  2e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  38.95 
 
 		 423 aa  294  2e-78  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.81 
 
 		 425 aa  285  9e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  39.07 
 
 		 392 aa  268  1e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.75 
 
 		 415 aa  99.4  1e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  24.59 
 
 		 416 aa  97.4  4e-19  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  21.74 
 
 		 417 aa  94.4  3e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 		 415 aa  94.7  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.13 
 
 		 415 aa  84.3  0.000000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  19.32 
 
 		 414 aa  84  0.000000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.87 
 
 		 432 aa  84  0.000000000000005  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  23.21 
 
 		 418 aa  83.2  0.000000000000007  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  19.62 
 
 		 419 aa  83.2  0.000000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  24.27 
 
 		 418 aa  82  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  21.77 
 
 		 412 aa  81.3  0.00000000000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  21.65 
 
 		 417 aa  79.7  0.00000000000009  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.34 
 
 		 448 aa  76.6  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  24.32 
 
 		 423 aa  75.9  0.000000000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2744  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.1 
 
 		 475 aa  74.3  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  22.64 
 
 		 416 aa  72.8  0.00000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.19 
 
 		 397 aa  72  0.00000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  24.4 
 
 		 400 aa  71.2  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  26.02 
 
 		 403 aa  70.1  0.00000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.3 
 
 		 496 aa  68.9  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.53 
 
 		 496 aa  68.2  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  27.71 
 
 		 378 aa  68.9  0.0000000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  23.08 
 
 		 411 aa  67.8  0.0000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  21.33 
 
 		 431 aa  67.8  0.0000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1067  secretion protein HlyD  28.49 
 
 		 364 aa  67.4  0.0000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.133207 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  23.3 
 
 		 434 aa  67  0.0000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  22.77 
 
 		 607 aa  66.6  0.0000000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  28.67 
 
 		 399 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.8 
 
 		 462 aa  65.5  0.000000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.72 
 
 		 397 aa  64.7  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  27.32 
 
 		 351 aa  64.7  0.000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.65 
 
 		 407 aa  64.3  0.000000004  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.42 
 
 		 422 aa  64.3  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  27.32 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  20.84 
 
 		 412 aa  63.2  0.000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  24.2 
 
 		 406 aa  63.2  0.000000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  24.6 
 
 		 369 aa  63.2  0.000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  24.6 
 
 		 369 aa  63.2  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.91 
 
 		 377 aa  62  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.48 
 
 		 467 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3158  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.06 
 
 		 463 aa  62  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1759  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 457 aa  62.4  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  23.88 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2960  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.18 
 
 		 463 aa  61.2  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.401825 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  24.27 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.27 
 
 		 369 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 		 360 aa  61.2  0.00000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  29.35 
 
 		 354 aa  60.8  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  23.53 
 
 		 411 aa  60.8  0.00000004  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  27.98 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2477  RND family efflux transporter MFP subunit  20.78 
 
 		 420 aa  60.1  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.67 
 
 		 388 aa  59.7  0.00000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  26.97 
 
 		 350 aa  59.3  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2575  RND family efflux transporter MFP subunit  20.52 
 
 		 420 aa  59.3  0.0000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  27 
 
 		 382 aa  58.5  0.0000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3005  RND family efflux transporter MFP subunit  20.83 
 
 		 420 aa  58.5  0.0000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000258393  hitchhiker  0.0000478824 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  27.04 
 
 		 323 aa  58.9  0.0000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  22.55 
 
 		 356 aa  58.5  0.0000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  24.48 
 
 		 404 aa  58.2  0.0000003  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  27.75 
 
 		 370 aa  58.2  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.52 
 
 		 368 aa  58.2  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  29.65 
 
 		 372 aa  58.2  0.0000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0815  RND family efflux transporter MFP subunit  27.14 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.60919  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0616  RND family efflux transporter MFP subunit  27.66 
 
 		 329 aa  57.8  0.0000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3429  secretion protein HlyD  22.87 
 
 		 362 aa  57.8  0.0000004  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  29.71 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 408 aa  57  0.0000005  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  27.04 
 
 		 323 aa  57  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.23 
 
 		 457 aa  57  0.0000006  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  24.02 
 
 		 424 aa  56.6  0.0000007  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  26.64 
 
 		 352 aa  56.6  0.0000008  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  24.67 
 
 		 353 aa  56.6  0.0000008  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  27.88 
 
 		 385 aa  56.6  0.0000008  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  23.71 
 
 		 421 aa  56.2  0.0000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0396  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 		 413 aa  56.6  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  25.23 
 
 		 388 aa  56.2  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>