More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_5609 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 414 aa  841    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  67.95 
 
 		 419 aa  591  1e-168  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  29.28 
 
 		 416 aa  211  2e-53  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  23.19 
 
 		 412 aa  111  2.0000000000000002e-23  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  22.66 
 
 		 420 aa  108  2e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  22.41 
 
 		 420 aa  107  3e-22  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  22.22 
 
 		 420 aa  106  8e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  22.14 
 
 		 443 aa  105  2e-21  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.68 
 
 		 425 aa  104  3e-21  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  21.59 
 
 		 435 aa  101  3e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  20.75 
 
 		 420 aa  100  6e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.98 
 
 		 415 aa  99.8  8e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  21.43 
 
 		 435 aa  95.9  1e-18  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.18 
 
 		 420 aa  95.1  2e-18  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  20.94 
 
 		 435 aa  92.8  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  21.67 
 
 		 419 aa  92  2e-17  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  20.77 
 
 		 421 aa  92  2e-17  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  20.94 
 
 		 419 aa  90.5  5e-17  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  20.94 
 
 		 435 aa  90.5  5e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  22.61 
 
 		 417 aa  88.2  2e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  19.9 
 
 		 420 aa  88.6  2e-16  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  27.76 
 
 		 431 aa  88.2  3e-16  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.25 
 
 		 420 aa  87.4  5e-16  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  21.64 
 
 		 392 aa  86.7  7e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.27 
 
 		 415 aa  85.9  0.000000000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  19.32 
 
 		 420 aa  84  0.000000000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_1339  RND family efflux transporter MFP subunit  23.04 
 
 		 384 aa  83.6  0.000000000000007  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.611384  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  23.41 
 
 		 412 aa  82  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2586  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.81 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000002  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  hitchhiker  0.000121955  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  23.33 
 
 		 437 aa  81.3  0.00000000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.82 
 
 		 413 aa  79.7  0.00000000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.3 
 
 		 415 aa  78.6  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  18.75 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  19.76 
 
 		 419 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  23.19 
 
 		 418 aa  77.4  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  19.01 
 
 		 418 aa  77  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  21.79 
 
 		 418 aa  75.9  0.000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1830  secretion protein HlyD  26.05 
 
 		 449 aa  75.5  0.000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223746  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  24.6 
 
 		 431 aa  75.1  0.000000000002  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  23.02 
 
 		 423 aa  74.7  0.000000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004310  BR1671  HlyD family secretion protein  23.93 
 
 		 408 aa  73.6  0.000000000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  21.01 
 
 		 417 aa  73.6  0.000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  25.07 
 
 		 399 aa  72.8  0.000000000009  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1617  secretion protein HlyD  24.12 
 
 		 408 aa  73.2  0.000000000009  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.0160623  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  24.94 
 
 		 421 aa  72  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.4 
 
 		 481 aa  71.6  0.00000000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.53 
 
 		 448 aa  71.2  0.00000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  20.75 
 
 		 431 aa  70.5  0.00000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.91 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  22.74 
 
 		 376 aa  69.7  0.00000000009  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  21.71 
 
 		 421 aa  69.7  0.0000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  20.15 
 
 		 416 aa  68.9  0.0000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  23.81 
 
 		 424 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  22.48 
 
 		 434 aa  67.4  0.0000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  24.86 
 
 		 421 aa  67  0.0000000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  23.28 
 
 		 411 aa  66.6  0.0000000008  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3430  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.81 
 
 		 376 aa  66.2  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.516107  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_2455  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.93 
 
 		 391 aa  66.2  0.0000000009  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.035635  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.52 
 
 		 377 aa  65.9  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  23.95 
 
 		 417 aa  65.5  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009667  Oant_1259  RND family efflux transporter MFP subunit  23.75 
 
 		 415 aa  65.1  0.000000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013515  Smon_0695  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.89 
 
 		 353 aa  64.3  0.000000004  Streptobacillus moniliformis DSM 12112  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 		 350 aa  63.2  0.000000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  22.36 
 
 		 423 aa  63.2  0.000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.28 
 
 		 440 aa  62  0.00000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1985  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.88 
 
 		 429 aa  62  0.00000002  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  24.15 
 
 		 421 aa  60.8  0.00000004  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_008789  Hhal_1916  RND family efflux transporter MFP subunit  23.32 
 
 		 401 aa  60.1  0.00000006  Halorhodospira halophila SL1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  22.55 
 
 		 407 aa  59.7  0.00000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3939  RND family efflux transporter MFP subunit  23.23 
 
 		 367 aa  59.3  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.407918  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 435 aa  58.5  0.0000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  21.07 
 
 		 403 aa  58.9  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  21.23 
 
 		 455 aa  58.2  0.0000003  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_010003  Pmob_0815  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 359 aa  58.2  0.0000003  Petrotoga mobilis SJ95  Bacteria  normal  0.60919  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0319  RND family efflux transporter MFP subunit  24.78 
 
 		 417 aa  57.8  0.0000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_05040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.25 
 
 		 509 aa  57.8  0.0000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  hitchhiker  0.00959096  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2617  secretion protein HlyD  24.22 
 
 		 385 aa  57.4  0.0000004  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  decreased coverage  0.000106145  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2477  RND family efflux transporter MFP subunit  19.85 
 
 		 420 aa  57.8  0.0000004  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.65 
 
 		 471 aa  57.4  0.0000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.02 
 
 		 416 aa  57.4  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  30.59 
 
 		 350 aa  57.4  0.0000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009674  Bcer98_3787  RND family efflux transporter MFP subunit  20.19 
 
 		 395 aa  57.4  0.0000005  Bacillus cytotoxicus NVH 391-98  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  21.46 
 
 		 456 aa  57.4  0.0000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  21.62 
 
 		 400 aa  57.4  0.0000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_0175  hypothetical protein  26.49 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000005  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.109936  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.61 
 
 		 349 aa  56.2  0.0000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  23.08 
 
 		 378 aa  55.8  0.000001  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 		 375 aa  56.2  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.37122  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0067  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.84 
 
 		 453 aa  55.8  0.000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1936  transporter, putative  21.99 
 
 		 349 aa  55.5  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_2082  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.38 
 
 		 416 aa  55.1  0.000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.59 
 
 		 432 aa  55.5  0.000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_1186  RND family efflux transporter MFP subunit  22.38 
 
 		 374 aa  55.5  0.000002  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.425099  normal  0.0297054 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0166  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.24 
 
 		 379 aa  54.3  0.000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 369 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.32 
 
 		 369 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  22.26 
 
 		 354 aa  54.7  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  27.62 
 
 		 373 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  28.1 
 
 		 370 aa  54.7  0.000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_3548  RND family efflux transporter MFP subunit  23.78 
 
 		 442 aa  54.3  0.000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.489121  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>