More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0328 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  100 
 
 		 434 aa  876    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  67.55 
 
 		 431 aa  591  1e-167  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  41.73 
 
 		 421 aa  333  3e-90  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.83 
 
 		 415 aa  294  2e-78  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  36.43 
 
 		 417 aa  292  9e-78  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  36.71 
 
 		 415 aa  286  7e-76  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.45 
 
 		 415 aa  264  2e-69  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  31.57 
 
 		 412 aa  241  2e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.33 
 
 		 440 aa  239  5.999999999999999e-62  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2477  RND family efflux transporter MFP subunit  23.66 
 
 		 420 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2575  RND family efflux transporter MFP subunit  23.9 
 
 		 420 aa  138  2e-31  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3005  RND family efflux transporter MFP subunit  23.85 
 
 		 420 aa  137  3.0000000000000003e-31  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000258393  hitchhiker  0.0000478824 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  25.06 
 
 		 418 aa  103  7e-21  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1693  RND family efflux transporter MFP subunit  24.57 
 
 		 421 aa  100  7e-20  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000207824  decreased coverage  0.00534917 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  24.06 
 
 		 421 aa  95.9  1e-18  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  25.28 
 
 		 417 aa  93.2  9e-18  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  22.02 
 
 		 420 aa  92.8  1e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  23.04 
 
 		 437 aa  90.9  4e-17  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  21.79 
 
 		 420 aa  90.9  4e-17  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  21.79 
 
 		 420 aa  90.1  6e-17  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  23.72 
 
 		 392 aa  89.7  9e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.44 
 
 		 419 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_3412  secretion protein HlyD  24.78 
 
 		 443 aa  87  5e-16  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.0866166  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  24.33 
 
 		 412 aa  86.3  0.000000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_3561  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.2 
 
 		 420 aa  82.4  0.00000000000001  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  0.306068  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  27.36 
 
 		 416 aa  81.6  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  25.19 
 
 		 400 aa  82  0.00000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  21.93 
 
 		 435 aa  81.3  0.00000000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.08 
 
 		 397 aa  81.3  0.00000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.48 
 
 		 414 aa  81.3  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  21.9 
 
 		 435 aa  80.5  0.00000000000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  24.65 
 
 		 392 aa  80.1  0.00000000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  20.42 
 
 		 418 aa  79.3  0.0000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.7 
 
 		 420 aa  78.6  0.0000000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  22.17 
 
 		 416 aa  79  0.0000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  23.77 
 
 		 420 aa  77.8  0.0000000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  21.7 
 
 		 435 aa  77.4  0.0000000000004  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  22.95 
 
 		 423 aa  77.4  0.0000000000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  22.76 
 
 		 443 aa  77  0.0000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  23.19 
 
 		 420 aa  76.6  0.0000000000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.51 
 
 		 425 aa  74.7  0.000000000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_2938  RND family efflux transporter MFP subunit  23.77 
 
 		 444 aa  74.3  0.000000000004  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.23 
 
 		 549 aa  73.2  0.000000000008  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  24.39 
 
 		 405 aa  72.8  0.00000000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.13 
 
 		 476 aa  72.8  0.00000000001  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.45 
 
 		 462 aa  72.8  0.00000000001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.12 
 
 		 419 aa  72.8  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  21.35 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  21.31 
 
 		 435 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  26.49 
 
 		 426 aa  71.6  0.00000000002  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_008687  Pden_3445  RND family efflux transporter MFP subunit  23 
 
 		 401 aa  71.2  0.00000000003  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.655677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  23.85 
 
 		 423 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.2 
 
 		 407 aa  70.9  0.00000000005  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.65 
 
 		 420 aa  70.5  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  21.5 
 
 		 418 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  22.22 
 
 		 406 aa  69.3  0.0000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  24.45 
 
 		 417 aa  69.3  0.0000000001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010483  TRQ2_0582  RND family efflux transporter MFP subunit  26.63 
 
 		 335 aa  69.3  0.0000000001  Thermotoga sp. RQ2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 		 353 aa  69.7  0.0000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  21.58 
 
 		 421 aa  69.7  0.0000000001  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0930  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 		 366 aa  68.6  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.51 
 
 		 350 aa  67.8  0.0000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.78 
 
 		 435 aa  67.4  0.0000000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  21.97 
 
 		 406 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_2452  RND family efflux transporter MFP subunit  22.96 
 
 		 428 aa  67.4  0.0000000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  0.591296 
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.13 
 
 		 335 aa  67  0.0000000006  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  19.67 
 
 		 419 aa  66.2  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  22.72 
 
 		 420 aa  65.9  0.000000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.74 
 
 		 371 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  24.74 
 
 		 371 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  24.74 
 
 		 371 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  24.74 
 
 		 371 aa  65.5  0.000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  24.74 
 
 		 371 aa  65.5  0.000000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  22.4 
 
 		 360 aa  65.5  0.000000002  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1036  RND family efflux transporter MFP subunit  26.01 
 
 		 354 aa  65.1  0.000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  21.76 
 
 		 371 aa  65.5  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  21.71 
 
 		 377 aa  64.7  0.000000003  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  18.8 
 
 		 397 aa  65.1  0.000000003  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  22.74 
 
 		 399 aa  64.3  0.000000004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_6201  putative accessory protein to ABC-type macrolide transport protein MacB  23.15 
 
 		 430 aa  64.3  0.000000004  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.655632  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  24.74 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.02 
 
 		 413 aa  63.9  0.000000005  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  24.39 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000006  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  24.39 
 
 		 371 aa  63.9  0.000000006  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0319  RND family efflux transporter MFP subunit  20.99 
 
 		 417 aa  63.9  0.000000006  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1569  RND family efflux transporter MFP subunit  25.21 
 
 		 415 aa  63.5  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.78 
 
 		 355 aa  63.2  0.000000008  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  22.25 
 
 		 419 aa  63.5  0.000000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  25 
 
 		 372 aa  63.2  0.000000009  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2479  secretion protein HlyD  26.17 
 
 		 504 aa  63.2  0.00000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.518843  normal  1 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1039  macrolide transporter subunit MacA  22.54 
 
 		 372 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.303516  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  23.51 
 
 		 424 aa  62.4  0.00000001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  22.33 
 
 		 419 aa  62.8  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0942  macrolide transporter subunit MacA  22.54 
 
 		 372 aa  62.8  0.00000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.13 
 
 		 432 aa  62.8  0.00000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008599  CFF8240_0758  macrolide-specific efflux protein MacA  22.77 
 
 		 394 aa  63.2  0.00000001  Campylobacter fetus subsp. fetus 82-40  Bacteria  normal  0.0225012  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_1039  macrolide transporter subunit MacA  24.39 
 
 		 371 aa  62.4  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.184306  normal  1 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.6 
 
 		 388 aa  62  0.00000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1008  macrolide transporter subunit MacA  22.54 
 
 		 372 aa  62  0.00000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.622007  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.55 
 
 		 481 aa  61.2  0.00000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>