More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_3724 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  78.57 
 
 		 420 aa  671    Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  88.1 
 
 		 420 aa  759    Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 420 aa  841    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  76.9 
 
 		 420 aa  644    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  71.12 
 
 		 435 aa  601  1.0000000000000001e-171  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  71.7 
 
 		 420 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  71.46 
 
 		 420 aa  602  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  71.94 
 
 		 420 aa  603  1.0000000000000001e-171  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  70.41 
 
 		 435 aa  599  1e-170  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  69.78 
 
 		 435 aa  595  1e-169  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  70.17 
 
 		 435 aa  595  1e-169  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  70.24 
 
 		 420 aa  597  1e-169  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  70.02 
 
 		 419 aa  584  1.0000000000000001e-165  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  68.17 
 
 		 419 aa  558  1e-158  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  68.82 
 
 		 419 aa  551  1e-156  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  58.27 
 
 		 418 aa  461  9.999999999999999e-129  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  44.19 
 
 		 443 aa  353  2.9999999999999997e-96  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  43.47 
 
 		 421 aa  324  2e-87  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  38.95 
 
 		 423 aa  289  7e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.81 
 
 		 425 aa  284  3.0000000000000004e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  39.85 
 
 		 392 aa  268  1e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.1 
 
 		 415 aa  99  2e-19  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  24.46 
 
 		 416 aa  95.5  2e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.38 
 
 		 415 aa  94.4  4e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  22.06 
 
 		 412 aa  85.9  0.000000000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  20.53 
 
 		 417 aa  84.7  0.000000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.16 
 
 		 432 aa  84.3  0.000000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  24.35 
 
 		 418 aa  83.2  0.000000000000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 418 aa  82.4  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  19.13 
 
 		 414 aa  81.3  0.00000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.4 
 
 		 415 aa  81.3  0.00000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.08 
 
 		 448 aa  78.2  0.0000000000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  18.83 
 
 		 419 aa  75.1  0.000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  25.9 
 
 		 406 aa  75.5  0.000000000002  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  23.47 
 
 		 416 aa  74.3  0.000000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  21.32 
 
 		 417 aa  72.4  0.00000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  25.99 
 
 		 423 aa  72.4  0.00000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.42 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2744  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.17 
 
 		 475 aa  70.5  0.00000000005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  24.6 
 
 		 400 aa  68.9  0.0000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  19.95 
 
 		 431 aa  67.8  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  31.52 
 
 		 354 aa  68.2  0.0000000003  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  24.81 
 
 		 365 aa  67.4  0.0000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3158  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 463 aa  66.6  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2960  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.32 
 
 		 463 aa  66.6  0.0000000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.401825 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.12 
 
 		 467 aa  65.9  0.000000001  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  24.09 
 
 		 411 aa  64.7  0.000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.18 
 
 		 496 aa  64.7  0.000000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  25.41 
 
 		 424 aa  64.3  0.000000004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  25.65 
 
 		 403 aa  64.3  0.000000004  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1161  RND family efflux transporter MFP subunit  24.41 
 
 		 404 aa  63.5  0.000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.0203325  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.44 
 
 		 496 aa  63.5  0.000000006  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  24.73 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  27.78 
 
 		 351 aa  62.4  0.00000001  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1067  secretion protein HlyD  26.65 
 
 		 364 aa  62.4  0.00000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.133207 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  24.73 
 
 		 369 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.65 
 
 		 422 aa  62.4  0.00000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.88 
 
 		 397 aa  62  0.00000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  27.43 
 
 		 399 aa  62.4  0.00000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 351 aa  61.6  0.00000003  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.51 
 
 		 407 aa  61.2  0.00000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_0795  RND family efflux transporter MFP subunit  23.88 
 
 		 411 aa  61.2  0.00000003  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.38 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2477  RND family efflux transporter MFP subunit  21.43 
 
 		 420 aa  60.8  0.00000005  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  24.38 
 
 		 369 aa  60.5  0.00000005  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  29.48 
 
 		 370 aa  60.5  0.00000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  24.8 
 
 		 344 aa  60.1  0.00000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2575  RND family efflux transporter MFP subunit  21.21 
 
 		 420 aa  60.1  0.00000008  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  26.09 
 
 		 352 aa  59.3  0.0000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  26.58 
 
 		 382 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  28.09 
 
 		 350 aa  59.3  0.0000001  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2786  RND family efflux transporter MFP subunit  27.27 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.000125206  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.74 
 
 		 351 aa  59.3  0.0000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3463  HlyD family secretion protein  24.38 
 
 		 378 aa  58.5  0.0000002  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  21.93 
 
 		 607 aa  58.5  0.0000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_0428  RND family efflux transporter MFP subunit  26 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.0182364 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.17 
 
 		 457 aa  58.2  0.0000003  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3005  RND family efflux transporter MFP subunit  21.28 
 
 		 420 aa  58.2  0.0000003  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000258393  hitchhiker  0.0000478824 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  26.44 
 
 		 369 aa  58.2  0.0000003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  22.08 
 
 		 421 aa  57.8  0.0000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_009505  BOV_1050  hypothetical protein  26.98 
 
 		 328 aa  57.4  0.0000004  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.29 
 
 		 368 aa  57.4  0.0000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.99 
 
 		 377 aa  57.4  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0139  secretion protein HlyD  23.26 
 
 		 356 aa  57.4  0.0000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  26.98 
 
 		 382 aa  57.4  0.0000005  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 365 aa  57.4  0.0000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  24.52 
 
 		 382 aa  56.6  0.0000007  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4993  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.28 
 
 		 401 aa  57  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  23.88 
 
 		 390 aa  57  0.0000007  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0535  secretion protein HlyD family protein  26.51 
 
 		 339 aa  56.6  0.0000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.482241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  28.98 
 
 		 417 aa  56.6  0.0000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1059  macrolide transporter subunit MacA  25.25 
 
 		 372 aa  56.2  0.000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.75011  normal  0.992508 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  25.78 
 
 		 397 aa  55.8  0.000001  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  22.36 
 
 		 434 aa  56.2  0.000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  24.52 
 
 		 353 aa  55.8  0.000001  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  23.45 
 
 		 388 aa  55.1  0.000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_3826  RND family efflux transporter MFP subunit  27.4 
 
 		 385 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  23.21 
 
 		 456 aa  55.8  0.000002  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3712  RND family efflux transporter MFP subunit  24.04 
 
 		 450 aa  55.1  0.000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.40893 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.86 
 
 		 357 aa  55.5  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>