More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dfer_4837 on replicon NC_013037
Organism: Dyadobacter fermentans DSM 18053



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 		 415 aa  838    Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  74.94 
 
 		 415 aa  643    Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  62.41 
 
 		 415 aa  550  1e-155  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  37.62 
 
 		 417 aa  310  2e-83  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  36.43 
 
 		 431 aa  265  2e-69  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  35.45 
 
 		 434 aa  244  1.9999999999999999e-63  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  35.11 
 
 		 421 aa  243  3.9999999999999997e-63  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  34.78 
 
 		 412 aa  240  2.9999999999999997e-62  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.95 
 
 		 440 aa  189  9e-47  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2477  RND family efflux transporter MFP subunit  25.25 
 
 		 420 aa  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2575  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 420 aa  125  1e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3005  RND family efflux transporter MFP subunit  24.75 
 
 		 420 aa  125  1e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000258393  hitchhiker  0.0000478824 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  26.6 
 
 		 420 aa  119  9.999999999999999e-26  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 420 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 420 aa  116  7.999999999999999e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  26.27 
 
 		 435 aa  113  7.000000000000001e-24  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  26.02 
 
 		 435 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  25.78 
 
 		 435 aa  110  5e-23  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.78 
 
 		 420 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  25.37 
 
 		 419 aa  105  2e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  24.58 
 
 		 435 aa  100  5e-20  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  24.11 
 
 		 421 aa  97.4  5e-19  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  24.19 
 
 		 420 aa  97.1  6e-19  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.46 
 
 		 425 aa  95.9  1e-18  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  24.38 
 
 		 420 aa  94.7  3e-18  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 418 aa  94  4e-18  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  23.61 
 
 		 423 aa  91.7  2e-17  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  23.08 
 
 		 420 aa  92  2e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  24.33 
 
 		 420 aa  91.3  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  23.18 
 
 		 392 aa  90.5  4e-17  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.46 
 
 		 407 aa  90.5  6e-17  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  24.07 
 
 		 416 aa  89.7  8e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  23.1 
 
 		 418 aa  88.2  2e-16  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  23.47 
 
 		 443 aa  87.8  3e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  21.14 
 
 		 417 aa  87.8  4e-16  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  23.18 
 
 		 607 aa  86.3  9e-16  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.68 
 
 		 432 aa  85.5  0.000000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.36 
 
 		 397 aa  85.1  0.000000000000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  23.27 
 
 		 426 aa  84.7  0.000000000000003  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.46 
 
 		 409 aa  84.3  0.000000000000004  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1515  RND family efflux transporter MFP subunit  22.77 
 
 		 405 aa  83.6  0.000000000000006  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  23.54 
 
 		 419 aa  83.6  0.000000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1693  RND family efflux transporter MFP subunit  22.28 
 
 		 421 aa  81.6  0.00000000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000207824  decreased coverage  0.00534917 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.88 
 
 		 350 aa  80.9  0.00000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.000250075  normal  0.807389 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  22.53 
 
 		 399 aa  80.5  0.00000000000005  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  23.17 
 
 		 419 aa  80.5  0.00000000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  21.96 
 
 		 379 aa  80.1  0.00000000000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.49 
 
 		 419 aa  79.7  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.21 
 
 		 421 aa  79.3  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.21 
 
 		 421 aa  79.7  0.0000000000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.3 
 
 		 414 aa  78.6  0.0000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.59 
 
 		 419 aa  77.8  0.0000000000003  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  0.0208015  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0663  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.78 
 
 		 453 aa  78.2  0.0000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009379  Pnuc_0869  RND family efflux transporter MFP subunit  23.12 
 
 		 352 aa  76.6  0.0000000000008  Polynucleobacter necessarius subsp. asymbioticus QLW-P1DMWA-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  26.37 
 
 		 329 aa  75.9  0.000000000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  22.02 
 
 		 400 aa  75.5  0.000000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4697  RND family efflux transporter MFP subunit  24.2 
 
 		 319 aa  75.1  0.000000000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.715091  normal  0.20048 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 481 aa  74.3  0.000000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.6 
 
 		 360 aa  74.7  0.000000000003  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  21.01 
 
 		 423 aa  74.3  0.000000000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  23.56 
 
 		 350 aa  73.6  0.000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  21.49 
 
 		 424 aa  73.6  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2514  acriflavin resistance protein B  21.74 
 
 		 371 aa  73.6  0.000000000007  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.825279  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  24.66 
 
 		 405 aa  73.2  0.000000000009  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.72 
 
 		 476 aa  73.2  0.000000000009  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0463  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.09 
 
 		 414 aa  72.8  0.00000000001  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.69 
 
 		 420 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.5 
 
 		 471 aa  72.8  0.00000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  21.02 
 
 		 421 aa  72.4  0.00000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2865  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.3 
 
 		 478 aa  72.8  0.00000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.0716848 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.7 
 
 		 504 aa  71.6  0.00000000002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0659  secretion protein HlyD  23.08 
 
 		 335 aa  71.6  0.00000000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.0195539 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  24.49 
 
 		 352 aa  71.6  0.00000000003  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1672  RND family efflux transporter MFP subunit  25.44 
 
 		 429 aa  70.9  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.62 
 
 		 397 aa  70.5  0.00000000006  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.99 
 
 		 407 aa  70.5  0.00000000006  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.4 
 
 		 377 aa  70.5  0.00000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.25 
 
 		 368 aa  70.1  0.00000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000422764  normal  0.160912 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.48 
 
 		 467 aa  70.1  0.00000000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  22.85 
 
 		 392 aa  69.3  0.0000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  20.05 
 
 		 418 aa  68.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  20.79 
 
 		 421 aa  68.6  0.0000000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  24.29 
 
 		 416 aa  68.2  0.0000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.91 
 
 		 376 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  24.24 
 
 		 353 aa  67.8  0.0000000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_60760  hypothetical protein  23.32 
 
 		 425 aa  67.8  0.0000000003  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 370 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  27.49 
 
 		 373 aa  67.8  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.2 
 
 		 355 aa  67.8  0.0000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_3718  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.58 
 
 		 353 aa  67.4  0.0000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.30257  normal  0.0568343 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  20.57 
 
 		 437 aa  66.6  0.0000000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_004310  BR1089  hypothetical protein  28.43 
 
 		 382 aa  66.6  0.0000000008  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2316  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.4 
 
 		 379 aa  66.6  0.0000000008  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.144925 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.81 
 
 		 354 aa  66.2  0.0000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  25.45 
 
 		 456 aa  66.2  0.0000000009  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1695  secretion protein HlyD  22.91 
 
 		 360 aa  65.9  0.000000001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0121  RND family efflux transporter MFP subunit  27.68 
 
 		 295 aa  65.9  0.000000001  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000605752  hitchhiker  0.000000000000341036 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.14 
 
 		 390 aa  65.5  0.000000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5203  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 		 455 aa  65.1  0.000000002  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.755082  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_2808  membrane fusion protein; cation efflux system protein  20.53 
 
 		 353 aa  65.5  0.000000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>