More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pden_4697 on replicon NC_008688
Organism: Paracoccus denitrificans PD1222



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_008688  Pden_4697  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
319 aa  599  1e-170  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.715091  normal  0.20048 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0461  multidrug/cation efflux pump  56.4 
 
 
317 aa  266  5e-70  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2114  RND family efflux transporter MFP subunit  56.25 
 
 
317 aa  263  2e-69  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2287  RND family efflux transporter MFP subunit  48.05 
 
 
332 aa  253  2.0000000000000002e-66  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1104  RND family efflux transporter MFP subunit  46.79 
 
 
338 aa  245  6.999999999999999e-64  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  55.41 
 
 
332 aa  245  6.999999999999999e-64  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475326  normal  0.499649 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1393  RND family efflux transporter MFP subunit  45.15 
 
 
336 aa  213  2.9999999999999995e-54  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.283245  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3222  secretion protein HlyD  41.12 
 
 
328 aa  209  7e-53  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.509299  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3720  RND family efflux pump membrane fusion protein  41.14 
 
 
333 aa  196  4.0000000000000005e-49  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0718738  normal 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4200  secretion protein HlyD  43.04 
 
 
333 aa  192  8e-48  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.452782  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4301  secretion protein HlyD  40.13 
 
 
335 aa  191  2e-47  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.404032 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0242  RND family efflux transporter MFP subunit  43.93 
 
 
322 aa  186  5e-46  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  41.2 
 
 
331 aa  182  5.0000000000000004e-45  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2474  RND family efflux transporter MFP subunit  37.66 
 
 
344 aa  162  5.0000000000000005e-39  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  34.54 
 
 
357 aa  112  8.000000000000001e-24  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.469854  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  31.33 
 
 
359 aa  81.3  0.00000000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 
360 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.92 
 
 
360 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 
360 aa  80.9  0.00000000000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  31.58 
 
 
390 aa  79.7  0.00000000000006  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3379  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 
409 aa  79.7  0.00000000000007  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  normal  0.189038 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  24.92 
 
 
352 aa  79.3  0.00000000000008  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 
360 aa  79  0.00000000000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.94 
 
 
388 aa  79  0.0000000000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.51 
 
 
351 aa  78.2  0.0000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  27.01 
 
 
415 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.66 
 
 
365 aa  77  0.0000000000004  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  27.01 
 
 
415 aa  76.6  0.0000000000004  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  26.69 
 
 
455 aa  75.9  0.0000000000008  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.331208 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.69 
 
 
415 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  26.69 
 
 
415 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.13 
 
 
415 aa  75.1  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  27.01 
 
 
415 aa  75.1  0.000000000001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.34 
 
 
376 aa  74.3  0.000000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  26.69 
 
 
415 aa  74.3  0.000000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  26.37 
 
 
415 aa  73.6  0.000000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  26.37 
 
 
415 aa  73.6  0.000000000004  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  25.25 
 
 
360 aa  73.2  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.22 
 
 
365 aa  73.2  0.000000000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  28.52 
 
 
424 aa  73.2  0.000000000006  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.8 
 
 
360 aa  72.8  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.8 
 
 
360 aa  72.8  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_2497  secretion protein HlyD  28.79 
 
 
376 aa  72.8  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0156219  normal  0.535826 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  23.65 
 
 
368 aa  72.8  0.000000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  28.14 
 
 
410 aa  72.4  0.000000000009  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2757  secretion protein HlyD  26.74 
 
 
376 aa  71.2  0.00000000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.220243  normal  0.336362 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  25.96 
 
 
411 aa  71.6  0.00000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2954  RND family efflux transporter MFP subunit  26.51 
 
 
364 aa  70.9  0.00000000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00000249187  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.62 
 
 
377 aa  71.2  0.00000000002  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  34.56 
 
 
380 aa  70.1  0.00000000005  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2499  RND family efflux transporter MFP subunit  30.13 
 
 
416 aa  69.7  0.00000000006  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.22 
 
 
362 aa  69.3  0.00000000009  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  26.6 
 
 
364 aa  68.9  0.0000000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_2803  secretion protein HlyD  28.28 
 
 
376 aa  68.9  0.0000000001  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.602838  normal  0.227029 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  25.85 
 
 
361 aa  68.9  0.0000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.05 
 
 
415 aa  68.2  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2338  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 
360 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  hitchhiker  0.00136978  hitchhiker  0.0000141161 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2410  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 
360 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.000315716  hitchhiker  0.00636413 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1658  RND family efflux transporter MFP subunit  25.33 
 
 
360 aa  67.8  0.0000000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  decreased coverage  0.000232607  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  27.5 
 
 
401 aa  67.4  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0820  secretion protein HlyD family protein  32.16 
 
 
342 aa  67.4  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  0.495738  hitchhiker  0.000581546 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.78 
 
 
422 aa  67.4  0.0000000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  normal 
 
 
-
 
NC_010333  Caul_5381  RND family efflux transporter MFP subunit  26.92 
 
 
364 aa  67.8  0.0000000003  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  0.996751  normal 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  33.18 
 
 
380 aa  67  0.0000000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 
352 aa  67  0.0000000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.59 
 
 
362 aa  65.9  0.0000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  23.81 
 
 
352 aa  65.9  0.0000000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  28.12 
 
 
407 aa  65.9  0.0000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009091  P9301_13281  membrane fusion protein  23.1 
 
 
353 aa  65.9  0.0000000009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9301  Bacteria  normal  0.403546  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_1881  HlyD family-like protein  25 
 
 
360 aa  65.5  0.000000001  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1440  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.13 
 
 
374 aa  65.5  0.000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.266014  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_3799  RND family efflux transporter MFP subunit  36.99 
 
 
361 aa  65.5  0.000000001  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2400  secretion protein HlyD  26.32 
 
 
440 aa  65.5  0.000000001  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  normal  0.705753 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  25.15 
 
 
392 aa  65.9  0.000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  26.12 
 
 
413 aa  64.3  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.34 
 
 
358 aa  64.3  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0123174  n/a   
 
 
-
 
NC_007513  Syncc9902_0389  secretion protein HlyD  29.25 
 
 
380 aa  64.7  0.000000002  Synechococcus sp. CC9902  Bacteria  normal  0.0233087  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.59 
 
 
357 aa  64.7  0.000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.9 
 
 
334 aa  64.3  0.000000002  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01965  Secretion protein HlyD  25.08 
 
 
401 aa  64.7  0.000000002  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.303602  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  26.37 
 
 
413 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2074  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.44 
 
 
353 aa  63.9  0.000000003  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.104068  n/a   
 
 
-
 
NC_007577  PMT9312_1235  secretion protein HlyD  22.76 
 
 
353 aa  63.9  0.000000003  Prochlorococcus marinus str. MIT 9312  Bacteria  normal  0.681968  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_28820  secretion protein, HlyD family  26.98 
 
 
441 aa  64.3  0.000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.20411  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  26.12 
 
 
413 aa  63.9  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.85 
 
 
386 aa  63.5  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007798  NSE_0151  RND family efflux transporter MFP subunit  27.68 
 
 
348 aa  63.5  0.000000004  Neorickettsia sennetsu str. Miyayama  Bacteria  normal  0.961169  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3489  RND family efflux transporter MFP subunit  27.1 
 
 
381 aa  63.5  0.000000004  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.234911 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  26.12 
 
 
413 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal 
 
 
-
 
NC_010511  M446_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  27.69 
 
 
458 aa  63.5  0.000000004  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.553493  normal  0.934455 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  24.83 
 
 
413 aa  63.2  0.000000005  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_1389  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.99 
 
 
374 aa  63.2  0.000000005  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  hitchhiker  0.00000158934  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  33.33 
 
 
413 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  29.68 
 
 
414 aa  63.5  0.000000005  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2818  secretion protein HlyD  24.46 
 
 
376 aa  63.2  0.000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68617  normal 
 
 
-
 
NC_013162  Coch_0123  hypothetical protein  29.34 
 
 
310 aa  63.2  0.000000006  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02661  membrane-fusion protein  26.36 
 
 
375 aa  63.2  0.000000006  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.489029 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_2447  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.78 
 
 
462 aa  62.8  0.000000007  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008817  P9515_13031  membrane fusion protein  22.04 
 
 
353 aa  62.8  0.000000008  Prochlorococcus marinus str. MIT 9515  Bacteria  normal  0.560639  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.78 
 
 
415 aa  62.8  0.000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>