More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpal_1212 on replicon NC_011004
Organism: Rhodopseudomonas palustris TIE-1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011004  Rpal_1212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  100 
 
 
331 aa  665    Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4301  secretion protein HlyD  86.71 
 
 
335 aa  535  1e-151  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.404032 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4200  secretion protein HlyD  81.98 
 
 
333 aa  529  1e-149  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.452782  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3222  secretion protein HlyD  70.52 
 
 
328 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.509299  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3720  RND family efflux pump membrane fusion protein  73.07 
 
 
333 aa  448  1e-125  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0718738  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1393  RND family efflux transporter MFP subunit  55.52 
 
 
336 aa  314  9.999999999999999e-85  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.283245  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0242  RND family efflux transporter MFP subunit  50.33 
 
 
322 aa  268  8e-71  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1104  RND family efflux transporter MFP subunit  42.77 
 
 
338 aa  232  8.000000000000001e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2287  RND family efflux transporter MFP subunit  41.61 
 
 
332 aa  212  7.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4697  RND family efflux transporter MFP subunit  40.78 
 
 
319 aa  199  7e-50  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.715091  normal  0.20048 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0461  multidrug/cation efflux pump  39.8 
 
 
317 aa  178  1e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2474  RND family efflux transporter MFP subunit  39.48 
 
 
344 aa  178  1e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2114  RND family efflux transporter MFP subunit  39.8 
 
 
317 aa  177  2e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  39.53 
 
 
332 aa  159  6e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475326  normal  0.499649 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  35.39 
 
 
357 aa  121  1.9999999999999998e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.469854  normal 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 
351 aa  80.9  0.00000000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.43 
 
 
357 aa  77  0.0000000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  24.01 
 
 
373 aa  75.5  0.000000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.52 
 
 
354 aa  75.1  0.000000000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 
379 aa  75.1  0.000000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.19 
 
 
390 aa  73.9  0.000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  24.06 
 
 
340 aa  73.9  0.000000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 
360 aa  72.8  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.2 
 
 
367 aa  72.8  0.000000000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.56 
 
 
360 aa  72.8  0.000000000007  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1549  membrane fusion protein precursor  27.92 
 
 
411 aa  72.4  0.000000000009  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  23.24 
 
 
367 aa  72.4  0.00000000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  23.49 
 
 
407 aa  72.4  0.00000000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1488  RND family efflux transporter MFP subunit  27.6 
 
 
411 aa  70.5  0.00000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  25 
 
 
364 aa  70.5  0.00000000004  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1163  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.42 
 
 
377 aa  68.9  0.0000000001  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  hitchhiker  0.00317162  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  25.5 
 
 
408 aa  68.6  0.0000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.84 
 
 
349 aa  68.6  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0383  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 
408 aa  68.2  0.0000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000626257 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0385  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  25.5 
 
 
408 aa  67.4  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  25.5 
 
 
408 aa  67.8  0.0000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  26.89 
 
 
401 aa  67.4  0.0000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0391  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  25.17 
 
 
408 aa  67.4  0.0000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000301381 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  25.8 
 
 
366 aa  67  0.0000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  27.04 
 
 
359 aa  66.6  0.0000000006  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  25.97 
 
 
427 aa  66.2  0.0000000007  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.86 
 
 
380 aa  65.9  0.000000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  24.92 
 
 
414 aa  65.5  0.000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.92 
 
 
376 aa  65.1  0.000000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  22.5 
 
 
347 aa  64.3  0.000000002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.63 
 
 
372 aa  64.7  0.000000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0273609  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.79 
 
 
377 aa  63.9  0.000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.158537  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  25.73 
 
 
385 aa  63.5  0.000000004  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.57 
 
 
349 aa  63.9  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  27.94 
 
 
385 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.94 
 
 
385 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 
374 aa  63.5  0.000000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  27.94 
 
 
385 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  27.94 
 
 
385 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  27.94 
 
 
385 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  27.94 
 
 
385 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.99 
 
 
358 aa  63.5  0.000000005  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0123174  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  26.48 
 
 
374 aa  63.5  0.000000005  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  27.94 
 
 
385 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  27.94 
 
 
385 aa  63.5  0.000000005  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1394  RND family efflux transporter MFP subunit  23.03 
 
 
337 aa  63.2  0.000000006  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  unclonable  0.0000000175067  unclonable  0.0000000000192575 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0015  secretion protein, HlyD family  21.67 
 
 
372 aa  63.2  0.000000006  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 
427 aa  62.8  0.000000007  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25.69 
 
 
354 aa  63.2  0.000000007  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  24.52 
 
 
411 aa  62.8  0.000000008  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.06 
 
 
435 aa  62.8  0.000000008  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3604  secretion protein HlyD  25.15 
 
 
422 aa  62.8  0.000000008  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.105186  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.47 
 
 
360 aa  62.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1447  RND family efflux transporter MFP subunit  23.26 
 
 
337 aa  62.8  0.000000008  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  hitchhiker  0.000000819965  unclonable  0.000000000091848 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.47 
 
 
360 aa  62.8  0.000000008  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 
360 aa  62.8  0.000000009  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.64 
 
 
360 aa  62.8  0.000000009  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4319  RND family efflux transporter MFP subunit  26.3 
 
 
460 aa  62.4  0.000000009  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.0569861 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.54 
 
 
362 aa  62.4  0.00000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  27 
 
 
413 aa  62.4  0.00000001  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2316  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.5 
 
 
379 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.144925 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 
360 aa  62.4  0.00000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  26 
 
 
415 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.85 
 
 
442 aa  61.6  0.00000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00314415  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
367 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  26 
 
 
415 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0913  hypothetical protein  24.26 
 
 
338 aa  61.6  0.00000002  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  26 
 
 
415 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  27.68 
 
 
347 aa  61.2  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  26 
 
 
415 aa  61.2  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1640  CmeA  23.45 
 
 
386 aa  61.2  0.00000002  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.55 
 
 
365 aa  62  0.00000002  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  29.7 
 
 
352 aa  61.2  0.00000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  28.64 
 
 
360 aa  61.2  0.00000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 
414 aa  60.8  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1459  RND family efflux transporter MFP subunit  22.73 
 
 
337 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  unclonable  0.00000143957  unclonable  0.0000312687 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.2 
 
 
383 aa  60.5  0.00000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0321  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.32 
 
 
386 aa  60.5  0.00000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.74 
 
 
414 aa  60.5  0.00000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  25.6 
 
 
455 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  25.69 
 
 
354 aa  60.1  0.00000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_2568  secretion protein HlyD  25 
 
 
412 aa  60.1  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.807298  normal  0.212557 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_1088  RND family efflux transporter MFP subunit  26.86 
 
 
392 aa  60.1  0.00000005  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_0980  RND family efflux transporter MFP subunit  21.56 
 
 
361 aa  60.1  0.00000005  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  normal  0.233971 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  21.69 
 
 
342 aa  60.1  0.00000005  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>