More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPB_4301 on replicon NC_007778
Organism: Rhodopseudomonas palustris HaA2



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007778  RPB_4301  secretion protein HlyD  100 
 
 
335 aa  671    Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.404032 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4200  secretion protein HlyD  83.18 
 
 
333 aa  550  1e-155  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.452782  normal 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  84.38 
 
 
331 aa  518  1e-146  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3222  secretion protein HlyD  71.25 
 
 
328 aa  469  1.0000000000000001e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.509299  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3720  RND family efflux pump membrane fusion protein  70.87 
 
 
333 aa  451  1.0000000000000001e-126  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0718738  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1393  RND family efflux transporter MFP subunit  56.33 
 
 
336 aa  310  2.9999999999999997e-83  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.283245  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0242  RND family efflux transporter MFP subunit  50.84 
 
 
322 aa  256  5e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1104  RND family efflux transporter MFP subunit  44.05 
 
 
338 aa  233  4.0000000000000004e-60  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2287  RND family efflux transporter MFP subunit  41.61 
 
 
332 aa  211  2e-53  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4697  RND family efflux transporter MFP subunit  39.74 
 
 
319 aa  195  1e-48  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.715091  normal  0.20048 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2474  RND family efflux transporter MFP subunit  40.07 
 
 
344 aa  176  4e-43  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2114  RND family efflux transporter MFP subunit  39.46 
 
 
317 aa  175  9e-43  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0461  multidrug/cation efflux pump  39.46 
 
 
317 aa  175  9.999999999999999e-43  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  39.53 
 
 
332 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475326  normal  0.499649 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  34.77 
 
 
357 aa  130  4.0000000000000003e-29  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.469854  normal 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.38 
 
 
354 aa  71.2  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1549  membrane fusion protein precursor  28.31 
 
 
411 aa  70.5  0.00000000004  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.44 
 
 
367 aa  70.5  0.00000000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.15 
 
 
379 aa  70.1  0.00000000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  26.13 
 
 
367 aa  69.7  0.00000000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03361  multidrug resistance efflux transporter  28.21 
 
 
385 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0200  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.21 
 
 
385 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3911  multidrug efflux system protein MdtE  28.21 
 
 
385 aa  69.3  0.00000000009  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3999  multidrug efflux system protein MdtE  28.21 
 
 
385 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03314  hypothetical protein  28.21 
 
 
385 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3715  multidrug efflux system protein MdtE  28.21 
 
 
385 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00203932  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3816  multidrug efflux system protein MdtE  28.21 
 
 
385 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.0409403 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0204  multidrug efflux system protein MdtE  28.21 
 
 
385 aa  69.3  0.00000000009  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0378135 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  27.71 
 
 
401 aa  68.9  0.0000000001  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4873  multidrug efflux system protein MdtE  29.9 
 
 
385 aa  68.9  0.0000000001  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  30.98 
 
 
415 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0364  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.15 
 
 
362 aa  68.2  0.0000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.405995  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  30.98 
 
 
455 aa  68.2  0.0000000002  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.4 
 
 
376 aa  67.8  0.0000000002  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  30.98 
 
 
415 aa  68.6  0.0000000002  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  23.95 
 
 
407 aa  68.2  0.0000000002  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.98 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  30.05 
 
 
360 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  30.98 
 
 
415 aa  67.4  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1488  RND family efflux transporter MFP subunit  28.31 
 
 
411 aa  67.4  0.0000000003  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  30.43 
 
 
415 aa  67  0.0000000005  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  30.43 
 
 
415 aa  67  0.0000000005  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  30.98 
 
 
415 aa  66.6  0.0000000005  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 
390 aa  66.6  0.0000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  30.6 
 
 
360 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5137  RND family efflux transporter MFP subunit  32.73 
 
 
427 aa  66.6  0.0000000006  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.259338 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.6 
 
 
360 aa  66.6  0.0000000006  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  30.43 
 
 
415 aa  66.2  0.0000000007  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  31.1 
 
 
413 aa  66.2  0.0000000007  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1640  CmeA  26.58 
 
 
386 aa  65.9  0.0000000009  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.43 
 
 
357 aa  65.9  0.0000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  25.57 
 
 
411 aa  65.5  0.000000001  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0383  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.41 
 
 
408 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000626257 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2256  multidrug efflux system subunit MdtA  30.43 
 
 
413 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  27.4 
 
 
366 aa  65.1  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A2312  multidrug efflux system subunit MdtA  30.43 
 
 
413 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2363  multidrug efflux system subunit MdtA  30.43 
 
 
413 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.67985 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  24.01 
 
 
373 aa  64.7  0.000000002  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0391  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  30.41 
 
 
408 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000301381 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  30.41 
 
 
408 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B0385  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  30.41 
 
 
408 aa  65.1  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2356  multidrug efflux system subunit MdtA  30.43 
 
 
413 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.413766  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  23.64 
 
 
340 aa  64.7  0.000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  30.05 
 
 
360 aa  64.3  0.000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 
351 aa  64.3  0.000000003  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  30.67 
 
 
408 aa  64.3  0.000000003  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  29.89 
 
 
413 aa  63.9  0.000000004  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.957345 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.92 
 
 
349 aa  63.9  0.000000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3107  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.07 
 
 
392 aa  63.5  0.000000004  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.32243 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2644  RND family efflux transporter MFP subunit  28.28 
 
 
385 aa  63.5  0.000000005  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_2957  secretion protein HlyD  31.51 
 
 
389 aa  63.2  0.000000006  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.0178504  normal  0.933874 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  30.49 
 
 
410 aa  62.8  0.000000008  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3365  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.89 
 
 
391 aa  62.8  0.000000009  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.496799  normal  0.0176512 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.47 
 
 
365 aa  62  0.00000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  24.81 
 
 
364 aa  62.4  0.00000001  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.08 
 
 
380 aa  62  0.00000001  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.06 
 
 
416 aa  61.2  0.00000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.24 
 
 
435 aa  62  0.00000002  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 
414 aa  61.6  0.00000002  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  27.98 
 
 
404 aa  61.6  0.00000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  29.02 
 
 
367 aa  61.2  0.00000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_2499  RND family efflux transporter MFP subunit  28.02 
 
 
416 aa  61.2  0.00000002  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.41 
 
 
414 aa  62  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.91 
 
 
372 aa  61.6  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0273609  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2666  RND family efflux transporter MFP subunit  26.52 
 
 
387 aa  61.2  0.00000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  32.59 
 
 
366 aa  60.5  0.00000004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
374 aa  60.5  0.00000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  25.07 
 
 
414 aa  60.5  0.00000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  25.29 
 
 
374 aa  60.5  0.00000004  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4312  hypothetical protein  31.31 
 
 
267 aa  60.1  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  25.26 
 
 
434 aa  60.5  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  30.2 
 
 
381 aa  60.1  0.00000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3668  putative efflux protein  33.14 
 
 
263 aa  60.1  0.00000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.285174  normal 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.92 
 
 
362 aa  59.7  0.00000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2431  RND family efflux transporter MFP subunit  25.61 
 
 
435 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.0638771  normal  0.904192 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1921  RND family efflux transporter MFP subunit  28.04 
 
 
340 aa  59.3  0.00000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  hitchhiker  0.00271277  normal  0.413551 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_3628  secretion protein HlyD  27.83 
 
 
361 aa  59.7  0.00000008  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  31.51 
 
 
352 aa  59.3  0.00000008  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  26.07 
 
 
359 aa  59.3  0.00000009  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.34 
 
 
377 aa  59.3  0.00000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.158537  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>