More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene RPC_3222 on replicon NC_007925
Organism: Rhodopseudomonas palustris BisB18



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007925  RPC_3222  secretion protein HlyD  100 
 
 		 328 aa  644    Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.509299  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4200  secretion protein HlyD  74.15 
 
 		 333 aa  464  9.999999999999999e-131  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.452782  normal  1 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4301  secretion protein HlyD  74.16 
 
 		 335 aa  457  9.999999999999999e-129  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.404032 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3720  RND family efflux pump membrane fusion protein  72.52 
 
 		 333 aa  437  1e-121  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0718738  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  69.6 
 
 		 331 aa  436  1e-121  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1393  RND family efflux transporter MFP subunit  57.19 
 
 		 336 aa  318  7e-86  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.283245  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0242  RND family efflux transporter MFP subunit  49.02 
 
 		 322 aa  256  5e-67  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1104  RND family efflux transporter MFP subunit  43.77 
 
 		 338 aa  231  2e-59  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2287  RND family efflux transporter MFP subunit  41.95 
 
 		 332 aa  212  7.999999999999999e-54  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4697  RND family efflux transporter MFP subunit  41.56 
 
 		 319 aa  207  3e-52  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.715091  normal  0.20048 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0461  multidrug/cation efflux pump  43.39 
 
 		 317 aa  192  7e-48  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2114  RND family efflux transporter MFP subunit  43.2 
 
 		 317 aa  190  2e-47  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2474  RND family efflux transporter MFP subunit  39.2 
 
 		 344 aa  172  5e-42  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  40.52 
 
 		 332 aa  160  3e-38  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475326  normal  0.499649 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  35.48 
 
 		 357 aa  128  2.0000000000000002e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.469854  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  25.8 
 
 		 367 aa  79.3  0.00000000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  25.27 
 
 		 367 aa  76.3  0.0000000000006  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.62 
 
 		 351 aa  74.7  0.000000000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.86 
 
 		 357 aa  74.7  0.000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_013512  Sdel_0618  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  25.91 
 
 		 268 aa  73.2  0.000000000005  Sulfurospirillum deleyianum DSM 6946  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  25.68 
 
 		 373 aa  72.4  0.00000000001  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2473  RND family efflux transporter MFP subunit  23.15 
 
 		 340 aa  72  0.00000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.00000483953  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  26.3 
 
 		 366 aa  70.1  0.00000000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2202  RND family efflux transporter MFP subunit  27.07 
 
 		 407 aa  69.7  0.00000000006  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  32.82 
 
 		 350 aa  68.6  0.0000000001  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.26 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.26 
 
 		 360 aa  68.2  0.0000000002  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.08 
 
 		 354 aa  67.8  0.0000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  28.95 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30 
 
 		 360 aa  67  0.0000000005  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 360 aa  67  0.0000000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3982  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.37 
 
 		 356 aa  66.2  0.0000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.870184  normal  1 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4362  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 		 373 aa  66.2  0.0000000007  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2928  secretion protein HlyD  29.02 
 
 		 347 aa  65.9  0.0000000008  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.7039  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II1288  RND family efflux transporter MFP subunit  29.27 
 
 		 365 aa  65.9  0.0000000008  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.88 
 
 		 349 aa  65.5  0.000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 360 aa  65.9  0.000000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  27.05 
 
 		 367 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2492  RND family efflux transporter subunit MFP  26.77 
 
 		 437 aa  64.7  0.000000002  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.311613  n/a   
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4053  RND family efflux transporter MFP subunit  31.41 
 
 		 414 aa  63.9  0.000000003  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.76 
 
 		 365 aa  64.3  0.000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  29.34 
 
 		 364 aa  64.3  0.000000003  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0807  secretion protein HlyD family protein  27.56 
 
 		 310 aa  63.9  0.000000003  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.88 
 
 		 358 aa  63.9  0.000000003  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0123174  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  26.03 
 
 		 359 aa  63.9  0.000000004  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1891  RND family efflux transporter MFP subunit  24.53 
 
 		 391 aa  63.9  0.000000004  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.497754  normal  1 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_2482  secretion protein HlyD  26.33 
 
 		 434 aa  63.5  0.000000005  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.179732  normal  0.227362 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.68 
 
 		 362 aa  62.8  0.000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  23.68 
 
 		 415 aa  62.8  0.000000008  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  23.68 
 
 		 415 aa  62.8  0.000000008  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2966  multidrug efflux system subunit MdtA  30.77 
 
 		 413 aa  62.8  0.000000008  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.874422  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  26.19 
 
 		 401 aa  62.4  0.000000009  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 365 aa  62.4  0.000000009  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  28.74 
 
 		 361 aa  62  0.00000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.000249801  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1580  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 365 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.610408  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.27 
 
 		 349 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  26.7 
 
 		 352 aa  62.4  0.00000001  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.52 
 
 		 376 aa  62.4  0.00000001  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  23.39 
 
 		 455 aa  62  0.00000001  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.331208 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0303  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.27 
 
 		 377 aa  62.4  0.00000001  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.158537  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.23 
 
 		 390 aa  62.4  0.00000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal  1 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1496  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 365 aa  62  0.00000001  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.39 
 
 		 415 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  23.39 
 
 		 415 aa  61.2  0.00000002  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1044  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_2338  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.63 
 
 		 373 aa  61.6  0.00000002  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0078  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  23.39 
 
 		 415 aa  61.6  0.00000002  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  23.39 
 
 		 415 aa  61.2  0.00000002  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3410  secretion protein HlyD  25.86 
 
 		 357 aa  61.2  0.00000002  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.795724  normal  0.633009 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1201  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0341767  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0383  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0031  RND family efflux transporter MFP subunit  28.71 
 
 		 365 aa  61.2  0.00000002  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00487  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.49 
 
 		 379 aa  61.2  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2869  RND family efflux transporter MFP subunit  21.39 
 
 		 337 aa  61.6  0.00000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000418866  normal  0.697235 
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1312  multidrug efflux system subunit MdtA  30.07 
 
 		 410 aa  60.5  0.00000003  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  0.164615  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  23.39 
 
 		 415 aa  60.8  0.00000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2347  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 374 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.161325  hitchhiker  0.00157605 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3832  RND family efflux transporter MFP subunit  27.81 
 
 		 374 aa  60.8  0.00000003  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  29.63 
 
 		 352 aa  60.5  0.00000004  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  23.68 
 
 		 415 aa  60.5  0.00000004  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_2753  HlyD family secretion protein  24.71 
 
 		 444 aa  60.1  0.00000005  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_0513  RND family efflux transporter MFP subunit  26.75 
 
 		 435 aa  60.1  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.497794  normal  1 
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2877  secretion protein HlyD  28.16 
 
 		 383 aa  60.1  0.00000005  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4166  RND family efflux transporter MFP subunit  27.65 
 
 		 427 aa  60.1  0.00000005  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  23.2 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000005  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  25.25 
 
 		 357 aa  60.1  0.00000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  27.74 
 
 		 387 aa  59.7  0.00000007  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.22 
 
 		 424 aa  59.7  0.00000007  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2688  RND family efflux transporter MFP subunit  20.21 
 
 		 353 aa  59.3  0.00000008  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  unclonable  0.00000000261317  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 380 aa  59.3  0.00000009  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1611  secretion protein HlyD  28.12 
 
 		 341 aa  59.3  0.00000009  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.306933  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6009  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.39 
 
 		 356 aa  59.3  0.00000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.359632  normal  0.895367 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.43 
 
 		 372 aa  59.3  0.0000001  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0273609  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_1152  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.69 
 
 		 435 aa  58.9  0.0000001  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  hitchhiker  0.00127856  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3127  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.16 
 
 		 416 aa  59.3  0.0000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000105  membrane-fusion protein  26.36 
 
 		 351 aa  58.9  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.860226  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1513  secretion protein HlyD  28.65 
 
 		 404 aa  58.9  0.0000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.461504  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0508  RND family efflux transporter MFP subunit  29.09 
 
 		 363 aa  58.9  0.0000001  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 354 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>