More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Swit_3724 on replicon NC_009511
Organism: Sphingomonas wittichii RW1



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009511  Swit_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 357 aa  693    Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.469854  normal  1 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2474  RND family efflux transporter MFP subunit  46.97 
 
 		 344 aa  252  7e-66  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1104  RND family efflux transporter MFP subunit  36.83 
 
 		 338 aa  166  5e-40  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3222  secretion protein HlyD  35.48 
 
 		 328 aa  159  5e-38  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.509299  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3720  RND family efflux pump membrane fusion protein  35.65 
 
 		 333 aa  159  7e-38  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0718738  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0242  RND family efflux transporter MFP subunit  37.58 
 
 		 322 aa  159  8e-38  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1393  RND family efflux transporter MFP subunit  36.28 
 
 		 336 aa  156  5.0000000000000005e-37  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.283245  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4301  secretion protein HlyD  35.16 
 
 		 335 aa  155  7e-37  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  1  normal  0.404032 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4200  secretion protein HlyD  34.78 
 
 		 333 aa  152  1e-35  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.452782  normal  1 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4697  RND family efflux transporter MFP subunit  34.31 
 
 		 319 aa  142  7e-33  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.715091  normal  0.20048 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  35.39 
 
 		 331 aa  140  3e-32  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0461  multidrug/cation efflux pump  34.42 
 
 		 317 aa  138  1e-31  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2114  RND family efflux transporter MFP subunit  34.42 
 
 		 317 aa  138  2e-31  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2287  RND family efflux transporter MFP subunit  32.24 
 
 		 332 aa  137  2e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  36.45 
 
 		 332 aa  133  6e-30  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475326  normal  0.499649 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  28.44 
 
 		 371 aa  77.8  0.0000000000003  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.89 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.89 
 
 		 360 aa  74.3  0.000000000003  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU0392  RND family efflux transporter MFP subunit  29.12 
 
 		 370 aa  72.8  0.000000000008  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0948  secretion protein HlyD  29.16 
 
 		 413 aa  69.3  0.0000000001  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.297274  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  24.6 
 
 		 368 aa  68.6  0.0000000001  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  29.75 
 
 		 359 aa  68.2  0.0000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0816  HlyD family secretion protein  29.51 
 
 		 328 aa  67.4  0.0000000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.47 
 
 		 376 aa  67.4  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  26.57 
 
 		 387 aa  65.5  0.000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal  1 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  25.92 
 
 		 364 aa  64.7  0.000000002  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0766  HlyD family secretion protein  28.33 
 
 		 392 aa  64.3  0.000000003  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_3002  membrane-fusion protein, component of multidrug efflux system  29.8 
 
 		 367 aa  63.9  0.000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  28 
 
 		 368 aa  63.5  0.000000005  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0454  secretion protein HlyD  25.75 
 
 		 373 aa  63.2  0.000000006  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.63564  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.97 
 
 		 365 aa  62.8  0.000000008  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B0295  HlyD family secretion protein  28.98 
 
 		 405 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4918  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 405 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.890764  normal  0.731397 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3014  secretion protein HlyD  29.04 
 
 		 405 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4699  RND family efflux transporter MFP subunit  28.69 
 
 		 405 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_5352  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 405 aa  62.8  0.000000009  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.730017  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_5230  RND family efflux transporter MFP subunit  28.69 
 
 		 405 aa  62.4  0.00000001  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.0639393  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.09 
 
 		 365 aa  62.4  0.00000001  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  25 
 
 		 366 aa  61.2  0.00000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3930  RND family efflux transporter MFP subunit  30.77 
 
 		 352 aa  61.6  0.00000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.185185 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 378 aa  61.6  0.00000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.89791  normal  0.261432 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0859  HlyD family secretion protein  25.48 
 
 		 372 aa  61.2  0.00000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.585057  n/a   
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5678  RND multidrug efflux membrane permease  30.29 
 
 		 386 aa  61.2  0.00000003  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.116092  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3601  secretion protein HlyD  27.6 
 
 		 386 aa  61.2  0.00000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.804898  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0916  HlyD family secretion protein  25.48 
 
 		 372 aa  60.8  0.00000004  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.86 
 
 		 357 aa  60.1  0.00000005  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.036609  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.3 
 
 		 354 aa  60.1  0.00000005  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0307  HlyD family secretion protein  27.72 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000006  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.556263  n/a   
 
 
-
 
NC_004311  BRA0335  HlyD family secretion protein  27.72 
 
 		 411 aa  60.1  0.00000006  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4385  RND family efflux transporter MFP subunit  27.13 
 
 		 381 aa  60.1  0.00000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.912914  normal  1 
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0583  HlyD family secretion protein  28.18 
 
 		 334 aa  59.7  0.00000009  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_1361  periplasmic multidrug efflux lipoprotein precursor  33.16 
 
 		 389 aa  59.3  0.00000009  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  29.04 
 
 		 372 aa  58.9  0.0000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003895  membrane fusion protein of RND family multidrug efflux pump  26.4 
 
 		 379 aa  58.9  0.0000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.00341624  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4534  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.59 
 
 		 424 aa  58.9  0.0000001  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.452412  normal  1 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1011  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.86 
 
 		 395 aa  58.9  0.0000001  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.279031  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4251  RND family efflux transporter MFP subunit  25.61 
 
 		 381 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  0.397426  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0505  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.74 
 
 		 349 aa  58.2  0.0000002  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.61 
 
 		 381 aa  58.5  0.0000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II2106  RND family efflux transporter MFP subunit  27.25 
 
 		 408 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.553946  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0849  RND efflux system membrane fusion protein  29.89 
 
 		 418 aa  58.2  0.0000002  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.8894  decreased coverage  0.000437743 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  26.82 
 
 		 360 aa  58.5  0.0000002  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_1234  RND family efflux transporter MFP subunit  21.82 
 
 		 359 aa  57.4  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.580475  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2827  RND family efflux transporter MFP subunit  28.48 
 
 		 352 aa  57.8  0.0000003  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  hitchhiker  0.00918161  hitchhiker  0.00100699 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4642  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.25 
 
 		 383 aa  57.8  0.0000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.195012  normal  1 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0225  secretion protein HlyD  29.9 
 
 		 380 aa  57.4  0.0000004  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  0.34961  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.26 
 
 		 371 aa  57.4  0.0000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.0315517 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2369  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.75 
 
 		 433 aa  57  0.0000005  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.137399  n/a   
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1776  CmeA  30.77 
 
 		 379 aa  57  0.0000005  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  unclonable  0.00000125677  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0942  acriflavine resistance protein E  24.5 
 
 		 374 aa  57  0.0000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  26.82 
 
 		 401 aa  57  0.0000005  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000654  putative efflux protein  23.89 
 
 		 360 aa  56.6  0.0000006  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25.41 
 
 		 379 aa  56.6  0.0000006  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0017  secretion protein HlyD family protein  30.74 
 
 		 332 aa  56.2  0.0000008  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_3680  secretion protein HlyD family protein  26.43 
 
 		 405 aa  56.2  0.0000008  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_3351  RND family efflux transporter MFP subunit  26.24 
 
 		 367 aa  56.2  0.0000008  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1943  secretion protein HlyD  25.48 
 
 		 523 aa  56.2  0.0000009  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.354822  normal  1 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0247  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.23 
 
 		 380 aa  56.2  0.0000009  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013223  Dret_0836  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.7 
 
 		 363 aa  56.2  0.0000009  Desulfohalobium retbaense DSM 5692  Bacteria  normal  0.0935853  normal  0.864756 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2562  RND family efflux transporter MFP subunit  26.54 
 
 		 389 aa  55.5  0.000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.718255  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_2547  RND family efflux transporter MFP subunit  30.33 
 
 		 393 aa  55.8  0.000001  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0278745 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1462  RND family efflux transporter MFP subunit  30 
 
 		 418 aa  55.5  0.000001  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3579  putative transmembrane multidrug efflux system transmembrane protein  26.97 
 
 		 414 aa  55.5  0.000001  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.73 
 
 		 362 aa  55.8  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6592  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.13 
 
 		 378 aa  55.8  0.000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0537  HlyD family multidrug resistance protein  25.97 
 
 		 381 aa  55.5  0.000001  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.996753  normal  0.690705 
 
 
-
 
NC_010655  Amuc_2041  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.14 
 
 		 419 aa  55.1  0.000002  Akkermansia muciniphila ATCC BAA-835  Bacteria  normal  0.0718692  normal  0.0182823 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0715  RND family efflux transporter MFP subunit  29.11 
 
 		 404 aa  54.7  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_3803  RND family efflux transporter MFP subunit  28.96 
 
 		 376 aa  55.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.591559 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1466  RND family efflux transporter MFP subunit  30.68 
 
 		 409 aa  55.1  0.000002  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.511584  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0695  hypothetical protein  30.54 
 
 		 281 aa  55.1  0.000002  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0827  multidrug efflux pump BpeE  30.68 
 
 		 406 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.747872  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A0416  multidrug efflux pump BpeE  30.68 
 
 		 406 aa  54.7  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A1840  RND family efflux transporter MFP subunit  30.68 
 
 		 409 aa  55.1  0.000002  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2144  multidrug efflux pump BpeE  30.68 
 
 		 406 aa  54.7  0.000002  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.64 
 
 		 422 aa  54.7  0.000002  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00425578 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  22.6 
 
 		 376 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_1015  RND family efflux transporter MFP subunit  23.97 
 
 		 384 aa  55.1  0.000002  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2792  RND family efflux transporter MFP subunit  26.56 
 
 		 412 aa  54.7  0.000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1571  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.7 
 
 		 435 aa  54.3  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.334008  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>