More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rsph17029_2114 on replicon NC_009049
Organism: Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009049  Rsph17029_2114  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 
317 aa  595  1e-169  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0461  multidrug/cation efflux pump  99.68 
 
 
317 aa  593  1e-168  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  84.11 
 
 
332 aa  419  1e-116  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475326  normal  0.499649 
 
 
-
 
NC_008688  Pden_4697  RND family efflux transporter MFP subunit  55.85 
 
 
319 aa  279  6e-74  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  0.715091  normal  0.20048 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_2287  RND family efflux transporter MFP subunit  47.8 
 
 
332 aa  241  1e-62  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  normal  0.924227  n/a   
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1104  RND family efflux transporter MFP subunit  44.63 
 
 
338 aa  217  2e-55  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3222  secretion protein HlyD  43.26 
 
 
328 aa  205  7e-52  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.509299  normal 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1393  RND family efflux transporter MFP subunit  44.98 
 
 
336 aa  205  1e-51  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  0.283245  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0242  RND family efflux transporter MFP subunit  43.64 
 
 
322 aa  189  5e-47  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_3720  RND family efflux pump membrane fusion protein  41.03 
 
 
333 aa  185  8e-46  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  0.0718738  normal 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_4301  secretion protein HlyD  39.8 
 
 
335 aa  183  3e-45  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  normal  0.404032 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1212  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.8 
 
 
331 aa  175  7e-43  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_4200  secretion protein HlyD  40.14 
 
 
333 aa  169  4e-41  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.452782  normal 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_2474  RND family efflux transporter MFP subunit  36.79 
 
 
344 aa  145  1e-33  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.913937 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  34.42 
 
 
357 aa  120  3e-26  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.469854  normal 
 
 
-
 
NC_010678  Rpic_4184  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 
462 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.267577  normal 
 
 
-
 
NC_012857  Rpic12D_4296  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.39 
 
 
462 aa  80.1  0.00000000000005  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6521  RND family efflux transporter MFP subunit  30.53 
 
 
410 aa  79.7  0.00000000000006  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.745567  normal  0.0817001 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_3829  secretion protein HlyD  28.9 
 
 
387 aa  78.6  0.0000000000001  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  normal  0.192626  normal 
 
 
-
 
NC_002950  PG0539  RND family efflux transporter MFP subunit  27.08 
 
 
350 aa  78.2  0.0000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_14330  Secretion protein HlyD family  30.6 
 
 
401 aa  77.4  0.0000000000003  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.774042  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_2684  multidrug efflux system subunit MdtA  27.5 
 
 
411 aa  74.7  0.000000000002  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3610  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.31 
 
 
388 aa  74.3  0.000000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.479598  normal 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01965  Secretion protein HlyD  25.51 
 
 
401 aa  73.9  0.000000000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.303602  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.05 
 
 
351 aa  73.6  0.000000000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  30.3 
 
 
366 aa  73.2  0.000000000005  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  30.11 
 
 
424 aa  73.2  0.000000000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RS03141  putative resistance transmembrane protein  29.01 
 
 
449 aa  73.2  0.000000000006  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.704547  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1567  multidrug efflux system subunit MdtA  28.72 
 
 
455 aa  73.2  0.000000000006  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.331208 
 
 
-
 
CP001509  ECD_01979  multidrug efflux system, subunit A  28.72 
 
 
415 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_01971  hypothetical protein  28.72 
 
 
415 aa  72.8  0.000000000007  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03982  membrane fusion protein  26.09 
 
 
414 aa  72.8  0.000000000007  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1582  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.72 
 
 
415 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.0117238  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_2322  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.25 
 
 
371 aa  72.4  0.00000000001  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.0437768 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2216  multidrug efflux system subunit MdtA  28.72 
 
 
415 aa  72  0.00000000001  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 
357 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA2153  HlyD family secretion protein  30.7 
 
 
359 aa  71.2  0.00000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2366  multidrug efflux system subunit MdtA  28.72 
 
 
415 aa  71.2  0.00000000002  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1741  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.47 
 
 
381 aa  71.6  0.00000000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3014  multidrug efflux system subunit MdtA  28.38 
 
 
415 aa  70.5  0.00000000003  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.105913 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_0986  multidrug efflux system subunit MdtA  28.72 
 
 
415 aa  70.9  0.00000000003  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal  0.607592 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E1159  multidrug efflux system subunit MdtA  28.38 
 
 
415 aa  70.5  0.00000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3238  RND family efflux transporter MFP subunit  22.97 
 
 
368 aa  70.5  0.00000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1128  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.62 
 
 
354 aa  70.1  0.00000000004  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.180858  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_4229  RND family efflux transporter MFP subunit  27.99 
 
 
371 aa  70.1  0.00000000005  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0271349  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1021  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 
390 aa  70.1  0.00000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0159772  normal 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1067  secretion protein HlyD  27.18 
 
 
364 aa  69.7  0.00000000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  normal  0.133207 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_2878  RND family efflux transporter MFP subunit  30.31 
 
 
396 aa  69.7  0.00000000006  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.247459  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5875  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.32 
 
 
407 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.0955286  normal 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2071  RND efflux system membrane fusion protein  28.32 
 
 
407 aa  69.7  0.00000000006  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.226746  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_1129  secretion protein HlyD  26.75 
 
 
368 aa  69.3  0.00000000008  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.827247  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0766  HlyD family secretion protein  29.5 
 
 
392 aa  68.2  0.0000000002  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  25.17 
 
 
354 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02661  membrane-fusion protein  25 
 
 
375 aa  67.8  0.0000000002  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.489029 
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_1818  RND family efflux transporter MFP subunit  24.66 
 
 
352 aa  68.2  0.0000000002  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000000224471  normal  0.900766 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  25.85 
 
 
359 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.07 
 
 
365 aa  67.4  0.0000000003  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.13 
 
 
365 aa  67.8  0.0000000003  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_1144  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.41 
 
 
368 aa  67.8  0.0000000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  hitchhiker  0.000422764  normal  0.160912 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1906  HlyD family-like protein  26.6 
 
 
361 aa  67.4  0.0000000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000977353  normal 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_1930  RND family efflux transporter MFP subunit  27.04 
 
 
388 aa  67  0.0000000004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.0761316  hitchhiker  0.00258561 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1079  secretion protein HlyD  28.85 
 
 
366 aa  67  0.0000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.984606 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2036  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.87 
 
 
346 aa  67  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.0261077  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2450  RND family efflux transporter MFP subunit  30.07 
 
 
373 aa  67  0.0000000004  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_1700  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.87 
 
 
346 aa  67  0.0000000004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.116912  normal 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.08 
 
 
376 aa  67  0.0000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  hitchhiker  0.00013135  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5576  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.97 
 
 
353 aa  66.6  0.0000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal  0.110033 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0711  secretion protein HlyD  26.88 
 
 
382 aa  66.6  0.0000000005  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.577453  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2939  RND family efflux transporter MFP subunit  25.68 
 
 
352 aa  66.2  0.0000000007  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  hitchhiker  0.0067677  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1476  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.76 
 
 
366 aa  66.2  0.0000000007  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.142053  normal  0.195363 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0807  secretion protein HlyD family protein  29.46 
 
 
310 aa  66.2  0.0000000007  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  24.57 
 
 
354 aa  65.9  0.0000000008  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2818  secretion protein HlyD  24.84 
 
 
376 aa  65.9  0.0000000008  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68617  normal 
 
 
-
 
NC_004311  BRA0816  HlyD family secretion protein  28.62 
 
 
328 aa  65.9  0.0000000009  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_3889  RND family efflux transporter MFP subunit  29.56 
 
 
364 aa  65.9  0.0000000009  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0664  RND family efflux transporter MFP subunit  24.91 
 
 
342 aa  65.9  0.0000000009  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.295272  normal 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  28.15 
 
 
431 aa  65.5  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_2367  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.05 
 
 
360 aa  65.5  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A0383  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.8 
 
 
408 aa  65.1  0.000000001  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000626257 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.57 
 
 
354 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  24.57 
 
 
354 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_007964  Nham_1510  secretion protein HlyD  27.61 
 
 
395 aa  65.9  0.000000001  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_2000  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.05 
 
 
360 aa  65.5  0.000000001  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.461729  normal 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  24.91 
 
 
354 aa  65.1  0.000000001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_011126  HY04AAS1_0782  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.8 
 
 
334 aa  65.5  0.000000001  Hydrogenobaculum sp. Y04AAS1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C0445  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  26.8 
 
 
408 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000000000283487 
 
 
-
 
NC_002977  MCA1936  transporter, putative  29.1 
 
 
349 aa  64.3  0.000000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A0391  putative auxiliary transport protein membrane fusion protein (MFP) family  26.8 
 
 
408 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.0000000000301381 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A0405  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  26.8 
 
 
408 aa  64.7  0.000000002  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.738714  hitchhiker  0.0000278759 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_0266  RND family efflux transporter MFP subunit  27.24 
 
 
375 aa  64.7  0.000000002  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  normal  normal  0.987776 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  28.9 
 
 
367 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  28.99 
 
 
367 aa  64.7  0.000000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1615  RND family efflux transporter MFP subunit  24.78 
 
 
347 aa  63.9  0.000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.0000338384  decreased coverage  0.00000142207 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  31.1 
 
 
366 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3689  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.18 
 
 
414 aa  63.9  0.000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0706  secretion protein HlyD  25.16 
 
 
366 aa  63.5  0.000000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  decreased coverage  0.00000331728  normal 
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_1748  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.57 
 
 
388 aa  63.5  0.000000004  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_3056  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.67 
 
 
395 aa  63.5  0.000000004  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.13 
 
 
357 aa  63.2  0.000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A2472  multidrug efflux system subunit MdtA  27.69 
 
 
413 aa  63.2  0.000000005  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.957345 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>