More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2238 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 421 aa  847    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  63.98 
 
 		 443 aa  530  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  43.9 
 
 		 420 aa  320  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  45.01 
 
 		 420 aa  319  6e-86  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  42.96 
 
 		 420 aa  318  1e-85  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  41.3 
 
 		 435 aa  311  1e-83  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  41.95 
 
 		 420 aa  311  2e-83  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  39.9 
 
 		 420 aa  308  2.0000000000000002e-82  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  40.82 
 
 		 435 aa  306  3e-82  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  40.14 
 
 		 420 aa  306  3e-82  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  40.82 
 
 		 435 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  39.66 
 
 		 420 aa  306  5.0000000000000004e-82  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.14 
 
 		 420 aa  304  2.0000000000000002e-81  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  40.34 
 
 		 435 aa  302  6.000000000000001e-81  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  41.79 
 
 		 392 aa  302  7.000000000000001e-81  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  41.96 
 
 		 419 aa  301  2e-80  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  39.18 
 
 		 419 aa  299  5e-80  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.76 
 
 		 425 aa  295  8e-79  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  44.65 
 
 		 418 aa  294  2e-78  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  42.49 
 
 		 419 aa  292  9e-78  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  34.94 
 
 		 423 aa  254  2.0000000000000002e-66  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.02 
 
 		 415 aa  106  1e-21  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.33 
 
 		 415 aa  102  1e-20  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.53 
 
 		 432 aa  97.8  3e-19  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  24.06 
 
 		 431 aa  97.4  4e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.11 
 
 		 415 aa  97.4  5e-19  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  23.7 
 
 		 417 aa  96.3  1e-18  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.77 
 
 		 414 aa  92  2e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  22.52 
 
 		 416 aa  90.1  6e-17  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  24.94 
 
 		 451 aa  89  1e-16  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  26.65 
 
 		 421 aa  85.9  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.77 
 
 		 397 aa  84.7  0.000000000000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.96 
 
 		 387 aa  84.7  0.000000000000003  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000959286  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.41 
 
 		 440 aa  81.6  0.00000000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  23.21 
 
 		 434 aa  80.5  0.00000000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  23.6 
 
 		 416 aa  80.1  0.00000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.57 
 
 		 419 aa  80.1  0.00000000000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1419  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.71 
 
 		 387 aa  78.6  0.0000000000002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  0.267588  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  23.54 
 
 		 412 aa  77.8  0.0000000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.44 
 
 		 389 aa  77.4  0.0000000000004  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00968103 
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  24.86 
 
 		 424 aa  77  0.0000000000006  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.17 
 
 		 368 aa  76.3  0.0000000000009  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.8 
 
 		 407 aa  75.5  0.000000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.86 
 
 		 390 aa  75.1  0.000000000002  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0080  RND family efflux transporter MFP subunit  25.71 
 
 		 414 aa  75.1  0.000000000002  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  0.95759  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  24.93 
 
 		 376 aa  74.7  0.000000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  26.37 
 
 		 417 aa  74.3  0.000000000004  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2192  secretion protein HlyD  27.69 
 
 		 352 aa  73.9  0.000000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.07 
 
 		 448 aa  73.6  0.000000000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1839  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.92 
 
 		 420 aa  73.2  0.000000000007  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_2381  RND family efflux transporter MFP subunit  27.78 
 
 		 357 aa  73.2  0.000000000009  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  29.35 
 
 		 359 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1421  HlyD family secretion protein  23.12 
 
 		 354 aa  72.4  0.00000000001  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.0100677  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  29.95 
 
 		 354 aa  72.8  0.00000000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1507  RND family efflux transporter MFP subunit  27.17 
 
 		 393 aa  72.4  0.00000000001  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.679392  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  22.42 
 
 		 431 aa  72.8  0.00000000001  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  22.14 
 
 		 377 aa  71.6  0.00000000002  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3340  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.82 
 
 		 379 aa  71.6  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2514  RND family efflux transporter MFP subunit  28.43 
 
 		 354 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.000208657  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.71 
 
 		 442 aa  71.2  0.00000000003  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00314415  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1847  putative efflux transporter  25 
 
 		 421 aa  71.2  0.00000000003  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2820  RND family efflux transporter MFP subunit  29.5 
 
 		 363 aa  71.2  0.00000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.0120499  normal  0.368522 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.51 
 
 		 481 aa  71.6  0.00000000003  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2275  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 		 354 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  hitchhiker  0.0060878  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1123  secretion protein HlyD  26.15 
 
 		 401 aa  70.9  0.00000000004  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  0.18847  normal  0.38508 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0644  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.83 
 
 		 425 aa  70.9  0.00000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0200148  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  25.55 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000005  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  28.11 
 
 		 370 aa  70.9  0.00000000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  25.08 
 
 		 421 aa  70.5  0.00000000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_2825  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.11 
 
 		 476 aa  69.7  0.00000000008  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.292175  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  29.3 
 
 		 369 aa  70.1  0.00000000008  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2634  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 		 354 aa  69.7  0.00000000009  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.182724  normal  0.987528 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_4005  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.16 
 
 		 387 aa  69.3  0.0000000001  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.18 
 
 		 354 aa  69.7  0.0000000001  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  27.11 
 
 		 417 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2521  RND family efflux transporter MFP subunit  27.92 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  0.199325  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.03 
 
 		 381 aa  68.2  0.0000000002  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  24.76 
 
 		 437 aa  68.9  0.0000000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.92 
 
 		 354 aa  68.9  0.0000000002  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.000238284  normal  0.23398 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  26.83 
 
 		 350 aa  68.6  0.0000000002  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_0322  RND family efflux transporter MFP subunit  27.84 
 
 		 353 aa  68.9  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0619651 
 
 
-
 
CP001509  ECD_00883  macrolide transporter subunit, membrane fusion protein (MFP) component  26.43 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_00889  hypothetical protein  26.43 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000003  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A0982  macrolide transporter subunit MacA  26.43 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.44834  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  23.49 
 
 		 365 aa  68.2  0.0000000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_2718  macrolide transporter subunit MacA  26.43 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2451  macrolide transporter subunit MacA  26.43 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000003  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00913289  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_0951  macrolide transporter subunit MacA  26.43 
 
 		 371 aa  68.2  0.0000000003  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.0557503  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  24.88 
 
 		 365 aa  67.8  0.0000000003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_2764  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.43 
 
 		 371 aa  67.8  0.0000000004  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.161658  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_1045  RND family efflux transporter MFP subunit  24.64 
 
 		 397 aa  67.4  0.0000000004  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  26.54 
 
 		 349 aa  67.8  0.0000000004  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1704  RND family efflux transporter MFP subunit  27.64 
 
 		 358 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.271919  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_1955  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 400 aa  67.4  0.0000000005  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.159137  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  22.82 
 
 		 456 aa  67.4  0.0000000005  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1629  RND family efflux transporter MFP subunit  27.64 
 
 		 358 aa  67  0.0000000005  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.185382  normal  1 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.95 
 
 		 360 aa  67.4  0.0000000005  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3927  RND family efflux transporter MFP subunit  27.08 
 
 		 392 aa  67  0.0000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  22.87 
 
 		 390 aa  67  0.0000000006  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_009802  CCC13826_1256  membrane fusion protein (MFP) family auxiliary transport protein  20.45 
 
 		 397 aa  67  0.0000000006  Campylobacter concisus 13826  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>