294 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sfri_0897 on replicon NC_008345
Organism: Shewanella frigidimarina NCIMB 400



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 419 aa  838    Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  73.21 
 
 		 419 aa  591  1e-168  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  70.24 
 
 		 420 aa  583  1.0000000000000001e-165  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  68.17 
 
 		 420 aa  569  1e-161  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  66.9 
 
 		 420 aa  568  1e-161  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  66.67 
 
 		 420 aa  568  1e-161  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  67.14 
 
 		 420 aa  566  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  66.9 
 
 		 420 aa  567  1e-160  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  66.35 
 
 		 419 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  67.15 
 
 		 435 aa  563  1.0000000000000001e-159  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  65.71 
 
 		 420 aa  558  1e-158  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  65.71 
 
 		 435 aa  560  1e-158  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  65.95 
 
 		 435 aa  559  1e-158  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  65.48 
 
 		 435 aa  555  1e-157  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  68.17 
 
 		 420 aa  554  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  58.11 
 
 		 418 aa  455  1e-127  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  42.76 
 
 		 443 aa  327  2.0000000000000001e-88  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  42.49 
 
 		 421 aa  303  3.0000000000000004e-81  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  41.23 
 
 		 423 aa  297  2e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  39.59 
 
 		 392 aa  286  5e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  39.43 
 
 		 425 aa  285  7e-76  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 		 419 aa  96.7  7e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  24.09 
 
 		 416 aa  91.7  2e-17  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.91 
 
 		 415 aa  90.5  5e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  23.3 
 
 		 412 aa  87.4  5e-16  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.17 
 
 		 415 aa  87  6e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  19.81 
 
 		 414 aa  84.7  0.000000000000003  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 		 416 aa  82  0.00000000000002  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  22.4 
 
 		 417 aa  76.6  0.0000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.99 
 
 		 415 aa  76.3  0.0000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.33 
 
 		 432 aa  75.5  0.000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2744  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.83 
 
 		 475 aa  73.9  0.000000000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.37 
 
 		 407 aa  69.7  0.0000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  22.19 
 
 		 431 aa  68.9  0.0000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  23.77 
 
 		 400 aa  67.4  0.0000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  22.99 
 
 		 364 aa  67.4  0.0000000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.12 
 
 		 467 aa  67  0.0000000006  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  21.46 
 
 		 418 aa  65.9  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  25 
 
 		 382 aa  65.5  0.000000002  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.78 
 
 		 422 aa  63.9  0.000000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.58 
 
 		 383 aa  63.5  0.000000006  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  25.48 
 
 		 403 aa  62.8  0.00000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  22.42 
 
 		 418 aa  62  0.00000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  26.23 
 
 		 354 aa  62.4  0.00000002  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.32 
 
 		 380 aa  61.6  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  24.37 
 
 		 351 aa  61.2  0.00000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  25.33 
 
 		 421 aa  60.5  0.00000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  24.37 
 
 		 351 aa  60.5  0.00000006  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.7 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.12 
 
 		 357 aa  60.5  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4993  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.48 
 
 		 401 aa  60.5  0.00000006  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.09 
 
 		 496 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3158  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.82 
 
 		 463 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.47 
 
 		 440 aa  59.3  0.0000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.81 
 
 		 496 aa  58.5  0.0000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.95 
 
 		 388 aa  58.5  0.0000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  22.44 
 
 		 348 aa  58.5  0.0000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  25.1 
 
 		 359 aa  58.5  0.0000002  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  21.65 
 
 		 434 aa  58.2  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.61 
 
 		 351 aa  57.4  0.0000004  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2823  HlyD family secretion protein  26.24 
 
 		 329 aa  57.4  0.0000005  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.91 
 
 		 430 aa  57.4  0.0000005  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2390  secretion protein HlyD family protein  24.68 
 
 		 348 aa  57.4  0.0000005  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  0.313977  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  22.14 
 
 		 423 aa  57  0.0000006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_3852  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.26 
 
 		 365 aa  57  0.0000006  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.77 
 
 		 349 aa  57  0.0000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  28.29 
 
 		 323 aa  57  0.0000006  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.87 
 
 		 448 aa  56.6  0.0000007  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  21.87 
 
 		 607 aa  57  0.0000007  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_2960  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.13 
 
 		 463 aa  56.6  0.0000008  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  0.401825 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0564  secretion protein HlyD family protein  26.35 
 
 		 343 aa  56.6  0.0000009  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.21 
 
 		 379 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3735  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.89 
 
 		 362 aa  56.2  0.000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.532617  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  28.24 
 
 		 370 aa  55.8  0.000001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  26.86 
 
 		 369 aa  56.2  0.000001  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  25.94 
 
 		 352 aa  56.2  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_1999  RND family efflux transporter MFP subunit  28 
 
 		 390 aa  55.1  0.000002  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  hitchhiker  0.00132105  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  27.27 
 
 		 365 aa  55.5  0.000002  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  27.32 
 
 		 323 aa  55.5  0.000002  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.21 
 
 		 372 aa  55.8  0.000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0273609  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3791  secretion protein HlyD family protein  27.24 
 
 		 348 aa  55.5  0.000002  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.884849 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0499  secretion protein HlyD family protein  26.35 
 
 		 343 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.86 
 
 		 397 aa  55.5  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.94 
 
 		 414 aa  54.7  0.000003  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2322  secretion protein HlyD  22.47 
 
 		 399 aa  55.1  0.000003  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  decreased coverage  0.000000756014  normal  1 
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  22.88 
 
 		 344 aa  55.1  0.000003  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.18 
 
 		 462 aa  54.7  0.000003  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_0098  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.8 
 
 		 432 aa  54.3  0.000004  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  26.88 
 
 		 368 aa  54.3  0.000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2818  secretion protein HlyD  24.62 
 
 		 376 aa  53.9  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.68617  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2818  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.96 
 
 		 349 aa  53.9  0.000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_3936  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.17 
 
 		 365 aa  53.9  0.000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.00117548 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3839  secretion protein HlyD  23.35 
 
 		 439 aa  53.9  0.000006  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1067  secretion protein HlyD  24.85 
 
 		 364 aa  53.5  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.133207 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2920  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.47 
 
 		 505 aa  53.5  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.214189 
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  22.38 
 
 		 379 aa  53.5  0.000007  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1013  secretion protein HlyD  23.68 
 
 		 394 aa  53.1  0.000009  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  26.7 
 
 		 417 aa  53.1  0.000009  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0535  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 339 aa  52.8  0.00001  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.482241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  23.04 
 
 		 411 aa  52.4  0.00001  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>