More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sde_0309 on replicon NC_007912
Organism: Saccharophagus degradans 2-40



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  100 
 
 		 416 aa  837    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  48.92 
 
 		 418 aa  400  9.999999999999999e-111  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  40.19 
 
 		 418 aa  298  1e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  35.66 
 
 		 437 aa  253  5.000000000000001e-66  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  35.49 
 
 		 417 aa  239  8e-62  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  27.16 
 
 		 412 aa  155  1e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  24.36 
 
 		 423 aa  125  2e-27  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  27.32 
 
 		 418 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  24.19 
 
 		 420 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  26.73 
 
 		 420 aa  109  1e-22  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  24.19 
 
 		 420 aa  107  4e-22  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  25.06 
 
 		 419 aa  103  7e-21  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  23.74 
 
 		 417 aa  102  9e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  25.06 
 
 		 435 aa  102  9e-21  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  24 
 
 		 435 aa  102  9e-21  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.81 
 
 		 420 aa  101  2e-20  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  24.81 
 
 		 435 aa  102  2e-20  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  22.89 
 
 		 420 aa  100  3e-20  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  24.55 
 
 		 435 aa  100  4e-20  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.25 
 
 		 425 aa  98.2  3e-19  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  24.59 
 
 		 420 aa  97.4  4e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  27.82 
 
 		 392 aa  95.5  1e-18  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  24.46 
 
 		 420 aa  95.1  2e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.07 
 
 		 415 aa  89.7  8e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.76 
 
 		 415 aa  89.4  1e-16  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  24.09 
 
 		 419 aa  87  5e-16  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  24.21 
 
 		 423 aa  86.3  8e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  23.22 
 
 		 420 aa  84  0.000000000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 		 432 aa  84  0.000000000000004  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  23.6 
 
 		 421 aa  80.1  0.00000000000006  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  23.48 
 
 		 392 aa  79.7  0.00000000000009  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  22.2 
 
 		 431 aa  78.2  0.0000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.69 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  21.29 
 
 		 394 aa  77.8  0.0000000000003  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  22.99 
 
 		 419 aa  77  0.0000000000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.24 
 
 		 448 aa  73.9  0.000000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.79 
 
 		 440 aa  73.2  0.000000000009  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  22.25 
 
 		 443 aa  72.4  0.00000000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  20.98 
 
 		 412 aa  70.5  0.00000000006  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_009486  Tpet_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  26.34 
 
 		 335 aa  69.7  0.00000000009  Thermotoga petrophila RKU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.15 
 
 		 414 aa  68.9  0.0000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.86 
 
 		 419 aa  68.6  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1693  RND family efflux transporter MFP subunit  23.31 
 
 		 421 aa  67.8  0.0000000003  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000207824  decreased coverage  0.00534917 
 
 
-
 
NC_008787  CJJ81176_0635  macrolide-specific efflux protein macA  21.9 
 
 		 390 aa  67.4  0.0000000004  Campylobacter jejuni subsp. jejuni 81-176  Bacteria  normal  0.0167041  n/a   
 
 
-
 
NC_008346  Swol_2456  hypothetical protein  23.14 
 
 		 431 aa  67.8  0.0000000004  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2584  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.19 
 
 		 421 aa  67  0.0000000007  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  25.89 
 
 		 417 aa  65.1  0.000000002  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.43 
 
 		 421 aa  65.5  0.000000002  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  21.19 
 
 		 434 aa  62.4  0.00000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3408  RND family efflux transporter MFP subunit  23.62 
 
 		 389 aa  62.8  0.00000001  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  0.0128497  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.77 
 
 		 413 aa  62.8  0.00000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_008607  Ppro_3711  RND family efflux transporter MFP subunit  23.37 
 
 		 389 aa  62.8  0.00000001  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE2284  RND family efflux transporter MFP subunit  24.78 
 
 		 323 aa  62  0.00000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  normal  0.489118  n/a   
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.31 
 
 		 481 aa  62  0.00000002  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_01120  membrane fusion efflux protein  23.43 
 
 		 373 aa  61.2  0.00000003  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  24.86 
 
 		 471 aa  61.2  0.00000003  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.21 
 
 		 368 aa  61.2  0.00000003  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.334759  n/a   
 
 
-
 
NC_009707  JJD26997_1064  macrolide-specific efflux protein macA  21.11 
 
 		 390 aa  60.5  0.00000006  Campylobacter jejuni subsp. doylei 269.97  Bacteria  normal  0.0267322  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  21.13 
 
 		 421 aa  60.1  0.00000007  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_003912  CJE0709  macrolide-specific efflux protein macA  21.11 
 
 		 390 aa  59.7  0.0000001  Campylobacter jejuni RM1221  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0607  RND family efflux transporter MFP subunit  23.75 
 
 		 406 aa  58.9  0.0000001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  22.76 
 
 		 400 aa  59.3  0.0000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  21.01 
 
 		 421 aa  58.2  0.0000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.45 
 
 		 448 aa  57.8  0.0000003  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.24 
 
 		 368 aa  58.2  0.0000003  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.73 
 
 		 381 aa  57.8  0.0000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  28.89 
 
 		 530 aa  57.8  0.0000003  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  0.182874  normal  0.0987183 
 
 
-
 
NC_012039  Cla_0919  AcrA/AcrE family efflux protein  21.09 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000004  Campylobacter lari RM2100  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  21.84 
 
 		 431 aa  57.4  0.0000005  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0567  RND family efflux transporter MFP subunit  24.24 
 
 		 424 aa  57.4  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_11703  putative cation efflux system transmembrane protein  28.92 
 
 		 578 aa  57  0.0000005  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.728459  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  26.63 
 
 		 349 aa  57  0.0000006  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013385  Adeg_1908  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.8 
 
 		 407 aa  57  0.0000006  Ammonifex degensii KC4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_0830  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.49 
 
 		 390 aa  57  0.0000006  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0635  RND family efflux transporter MFP subunit  23.48 
 
 		 406 aa  57  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.320707  normal  1 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_1047  RND family efflux transporter subunit MFP  23.4 
 
 		 461 aa  57  0.0000007  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  0.0423833  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  26.64 
 
 		 369 aa  56.6  0.0000007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_0319  RND family efflux transporter MFP subunit  19.1 
 
 		 417 aa  56.6  0.0000008  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  19.72 
 
 		 416 aa  56.6  0.0000008  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_0703  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.54 
 
 		 355 aa  56.2  0.0000009  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  24.59 
 
 		 351 aa  56.6  0.0000009  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU0949  RND family efflux transporter MFP subunit  23.61 
 
 		 390 aa  55.8  0.000001  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  28.89 
 
 		 352 aa  55.8  0.000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1783  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.45 
 
 		 354 aa  55.8  0.000001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2298  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.4 
 
 		 663 aa  56.2  0.000001  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007971  Rmet_6135  proton antiporter metal efflux protein SilB  26.59 
 
 		 521 aa  56.2  0.000001  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.418414  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3313  RND family efflux transporter MFP subunit  25.45 
 
 		 369 aa  55.1  0.000002  Shewanella baltica OS195  Bacteria  decreased coverage  0.00000984298  normal  0.15916 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_1741  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.25 
 
 		 381 aa  55.5  0.000002  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_3140  secretion protein HlyD  26.77 
 
 		 360 aa  55.5  0.000002  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  0.203317  normal  0.359518 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  25.31 
 
 		 367 aa  55.1  0.000002  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_008686  Pden_0161  RND family efflux transporter MFP subunit  23.74 
 
 		 380 aa  55.5  0.000002  Paracoccus denitrificans PD1222  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  24.38 
 
 		 421 aa  54.7  0.000003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1201  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.45 
 
 		 369 aa  55.1  0.000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  decreased coverage  0.000000118856  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4102  RND family efflux transporter MFP subunit  25.74 
 
 		 366 aa  54.7  0.000003  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.35 
 
 		 379 aa  54.3  0.000004  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2395  secretion protein HlyD  26.11 
 
 		 417 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.84223  hitchhiker  0.00226856 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5959  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.03 
 
 		 383 aa  54.3  0.000004  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.42426  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  24.18 
 
 		 351 aa  53.9  0.000005  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  21.76 
 
 		 421 aa  53.9  0.000005  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_011898  Ccel_0468  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.45 
 
 		 445 aa  53.9  0.000005  Clostridium cellulolyticum H10  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>