258 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Patl_2405 on replicon NC_008228
Organism: Pseudoalteromonas atlantica T6c



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 443 aa  886    Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  63.98 
 
 		 421 aa  530  1e-149  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  43.26 
 
 		 420 aa  348  7e-95  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  43.02 
 
 		 420 aa  343  2.9999999999999997e-93  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  44.19 
 
 		 420 aa  343  4e-93  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  42.56 
 
 		 420 aa  341  2e-92  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  43.22 
 
 		 435 aa  334  2e-90  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  43.22 
 
 		 435 aa  333  3e-90  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  42.99 
 
 		 435 aa  333  4e-90  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  42.76 
 
 		 435 aa  333  4e-90  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  42.99 
 
 		 420 aa  331  1e-89  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  42.99 
 
 		 420 aa  331  2e-89  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  42.76 
 
 		 420 aa  330  4e-89  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  42.76 
 
 		 420 aa  328  1.0000000000000001e-88  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  41.07 
 
 		 419 aa  320  5e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  42.76 
 
 		 419 aa  312  9e-84  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  41.31 
 
 		 418 aa  307  3e-82  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  40.23 
 
 		 419 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.76 
 
 		 425 aa  301  1e-80  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  38.84 
 
 		 423 aa  297  3e-79  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  41.28 
 
 		 392 aa  297  3e-79  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.14 
 
 		 414 aa  105  2e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.88 
 
 		 415 aa  95.5  2e-18  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  21.06 
 
 		 431 aa  88.2  3e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.47 
 
 		 415 aa  87.8  4e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  22.8 
 
 		 417 aa  86.3  0.000000000000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.04 
 
 		 415 aa  85.5  0.000000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  25.13 
 
 		 416 aa  83.6  0.000000000000006  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.33 
 
 		 432 aa  82.8  0.00000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.14 
 
 		 419 aa  79.7  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.56 
 
 		 448 aa  76.6  0.0000000000008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.46 
 
 		 397 aa  73.9  0.000000000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  22.25 
 
 		 416 aa  72.4  0.00000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.02 
 
 		 440 aa  72  0.00000000002  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  22.97 
 
 		 412 aa  67.8  0.0000000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2949  RND family efflux transporter MFP subunit  23.4 
 
 		 376 aa  64.7  0.000000003  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  25.9 
 
 		 423 aa  64.3  0.000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  22.76 
 
 		 434 aa  64.3  0.000000005  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1281  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.18 
 
 		 387 aa  63.2  0.000000009  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  decreased coverage  0.0000959286  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.89 
 
 		 426 aa  62.8  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.5 
 
 		 407 aa  62.4  0.00000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  20.1 
 
 		 417 aa  62.4  0.00000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.06 
 
 		 381 aa  61.6  0.00000003  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.95 
 
 		 353 aa  61.2  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.593708  normal  1 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1597  macrolide transporter subunit MacA  23.6 
 
 		 370 aa  60.5  0.00000006  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2696  macrolide transporter subunit MacA  23.6 
 
 		 370 aa  60.5  0.00000006  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.761507  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2611  macrolide transporter subunit MacA  23.6 
 
 		 370 aa  60.5  0.00000007  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1621  secretion protein HlyD  27.23 
 
 		 407 aa  60.1  0.00000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0308  secretion protein HlyD  23.64 
 
 		 421 aa  58.9  0.0000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.742688 
 
 
-
 
NC_011059  Paes_1210  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.33 
 
 		 389 aa  58.2  0.0000003  Prosthecochloris aestuarii DSM 271  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00968103 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1507  RND family efflux transporter MFP subunit  24.47 
 
 		 393 aa  57.8  0.0000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  0.679392  n/a   
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0499  secretion protein HlyD family protein  28.96 
 
 		 343 aa  57.4  0.0000005  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_4226  RND family efflux transporter MFP subunit  23.48 
 
 		 426 aa  57.4  0.0000006  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  0.499264  normal  0.926991 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0564  secretion protein HlyD family protein  26.94 
 
 		 343 aa  57  0.0000006  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0753  secretion protein HlyD  23.59 
 
 		 370 aa  56.2  0.000001  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  26.37 
 
 		 354 aa  56.2  0.000001  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  27.14 
 
 		 323 aa  56.2  0.000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0644  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.29 
 
 		 425 aa  55.1  0.000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.0200148  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA1721  RND family efflux transporter MFP subunit  23.06 
 
 		 431 aa  55.8  0.000002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2139  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.82 
 
 		 457 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.3705  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.69 
 
 		 442 aa  55.1  0.000002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00314415  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2204  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 411 aa  55.5  0.000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0311908 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_3707  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.92 
 
 		 354 aa  55.1  0.000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010644  Emin_0121  RND family efflux transporter MFP subunit  28.25 
 
 		 295 aa  55.5  0.000002  Elusimicrobium minutum Pei191  Bacteria  hitchhiker  0.00000605752  hitchhiker  0.000000000000341036 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03344  acriflavin resistance protein  23.27 
 
 		 417 aa  55.5  0.000002  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.89 
 
 		 388 aa  55.1  0.000002  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  24.1 
 
 		 417 aa  55.1  0.000002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  29.13 
 
 		 421 aa  55.1  0.000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  28.57 
 
 		 417 aa  55.1  0.000003  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1830  RND family efflux transporter MFP subunit  20.38 
 
 		 359 aa  55.1  0.000003  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.495597  normal  0.102007 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  26.67 
 
 		 323 aa  54.3  0.000004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  23.96 
 
 		 353 aa  53.9  0.000005  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  25.2 
 
 		 403 aa  53.9  0.000005  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_007958  RPD_1469  secretion protein HlyD  23.5 
 
 		 421 aa  53.9  0.000006  Rhodopseudomonas palustris BisB5  Bacteria  normal  1  normal  0.910926 
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0480  RND family efflux transporter MFP subunit  19.15 
 
 		 363 aa  53.5  0.000006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1440  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.39 
 
 		 374 aa  53.5  0.000007  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.266014  n/a   
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_0467  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.61 
 
 		 360 aa  53.5  0.000007  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0535  secretion protein HlyD family protein  26.94 
 
 		 339 aa  53.1  0.000008  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.482241  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  25.13 
 
 		 354 aa  53.5  0.000008  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_1054  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.03 
 
 		 400 aa  52.8  0.00001  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  0.153115  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  23.1 
 
 		 471 aa  52.8  0.00001  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_0962  secretion protein HlyD  21.91 
 
 		 405 aa  52.8  0.00001  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  0.255558  n/a   
 
 
-
 
NC_007778  RPB_3883  secretion protein HlyD  23.31 
 
 		 424 aa  52.8  0.00001  Rhodopseudomonas palustris HaA2  Bacteria  normal  0.135938  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1781  RND family efflux transporter MFP subunit  19.89 
 
 		 368 aa  52.8  0.00001  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.253325  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2282  macrolide transporter subunit MacA  24.23 
 
 		 371 aa  52.8  0.00001  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.00000000339116  normal  0.0134871 
 
 
-
 
NC_009972  Haur_1602  RND family efflux transporter MFP subunit  24.73 
 
 		 641 aa  52.4  0.00002  Herpetosiphon aurantiacus ATCC 23779  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1266  RND family efflux transporter MFP subunit  25.62 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  unclonable  0.00000032302  hitchhiker  0.00027333 
 
 
-
 
NC_014212  Mesil_1062  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.92 
 
 		 448 aa  52  0.00002  Meiothermus silvanus DSM 9946  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2552  secretion protein HlyD  24.82 
 
 		 451 aa  52.4  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.603084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_1145  hypothetical protein  20.51 
 
 		 371 aa  52  0.00002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_1550  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.62 
 
 		 413 aa  52.4  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  0.0505882  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2849  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.38 
 
 		 421 aa  51.2  0.00003  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.0325844 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  27.32 
 
 		 369 aa  51.6  0.00003  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1039  secretion protein HlyD  24.65 
 
 		 427 aa  51.6  0.00003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  23.72 
 
 		 392 aa  51.6  0.00003  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1088  MFP family transporter  24.13 
 
 		 368 aa  51.6  0.00003  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.802038  n/a   
 
 
-
 
NC_009012  Cthe_1762  RND family efflux transporter MFP subunit  23.51 
 
 		 421 aa  51.6  0.00003  Clostridium thermocellum ATCC 27405  Bacteria  normal  0.0464275  n/a   
 
 
-
 
NC_009953  Sare_0410  RND family efflux transporter MFP subunit  22.69 
 
 		 476 aa  50.8  0.00004  Salinispora arenicola CNS-205  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00320787 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  24.63 
 
 		 411 aa  51.2  0.00004  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  24.37 
 
 		 370 aa  51.2  0.00004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>