290 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sden_2852 on replicon NC_007954
Organism: Shewanella denitrificans OS217



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  100 
 
 		 419 aa  830    Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  73.21 
 
 		 419 aa  594  1e-169  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  68.35 
 
 		 420 aa  567  1e-160  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  68.59 
 
 		 420 aa  566  1e-160  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  68.02 
 
 		 420 aa  559  1e-158  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  66.19 
 
 		 420 aa  560  1e-158  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  65.95 
 
 		 420 aa  560  1e-158  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  65.95 
 
 		 420 aa  558  1e-158  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  65.16 
 
 		 419 aa  553  1e-156  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  68.82 
 
 		 420 aa  551  1e-156  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  64.29 
 
 		 435 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  64.29 
 
 		 435 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  64.52 
 
 		 435 aa  537  1e-151  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  63.33 
 
 		 435 aa  535  1e-151  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  64.29 
 
 		 420 aa  535  1e-151  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  57.66 
 
 		 418 aa  454  1.0000000000000001e-126  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  40.23 
 
 		 443 aa  308  8e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  41.96 
 
 		 421 aa  301  2e-80  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  38.64 
 
 		 425 aa  285  2.0000000000000002e-75  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  38.73 
 
 		 423 aa  279  6e-74  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  36.92 
 
 		 392 aa  256  7e-67  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23 
 
 		 415 aa  100  4e-20  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.67 
 
 		 414 aa  95.5  2e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  23.38 
 
 		 417 aa  85.5  0.000000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.3 
 
 		 415 aa  85.1  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.64 
 
 		 419 aa  83.2  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  22.2 
 
 		 412 aa  80.5  0.00000000000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  26.81 
 
 		 418 aa  79.7  0.00000000000008  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  23.56 
 
 		 416 aa  79.3  0.0000000000001  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.62 
 
 		 432 aa  78.2  0.0000000000002  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.41 
 
 		 415 aa  77.8  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  24.42 
 
 		 416 aa  73.9  0.000000000005  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  19.13 
 
 		 417 aa  71.2  0.00000000003  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2744  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.09 
 
 		 475 aa  69.7  0.00000000008  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.44 
 
 		 407 aa  68.9  0.0000000002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  23.39 
 
 		 431 aa  67.8  0.0000000003  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  22.64 
 
 		 348 aa  64.7  0.000000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1815  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.71 
 
 		 388 aa  64.3  0.000000004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.100454  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  29.89 
 
 		 354 aa  64.3  0.000000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  25.09 
 
 		 351 aa  63.9  0.000000005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  25.09 
 
 		 351 aa  63.2  0.00000001  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 379 aa  62.8  0.00000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_010730  SYO3AOP1_0831  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25 
 
 		 372 aa  62  0.00000002  Sulfurihydrogenibium sp. YO3AOP1  Bacteria  normal  0.0273609  n/a   
 
 
-
 
NC_013522  Taci_1385  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.46 
 
 		 380 aa  61.2  0.00000003  Thermanaerovibrio acidaminovorans DSM 6589  Bacteria  normal  0.0605754  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.49 
 
 		 422 aa  61.6  0.00000003  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  normal  1 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  23.68 
 
 		 406 aa  61.2  0.00000003  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0901  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.84 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.470272  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_3208  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.74 
 
 		 357 aa  60.1  0.00000006  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.0146448  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  29.06 
 
 		 323 aa  60.1  0.00000007  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4993  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.9 
 
 		 401 aa  59.3  0.0000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  28.57 
 
 		 323 aa  59.7  0.0000001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  24.81 
 
 		 411 aa  58.5  0.0000002  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1943  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.45 
 
 		 450 aa  58.5  0.0000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3483  HlyD family secretion protein  27.48 
 
 		 369 aa  57.8  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  23.76 
 
 		 434 aa  57.8  0.0000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2181  AcrA/AcrE family protein  28 
 
 		 331 aa  58.2  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  unclonable  0.0000000164809  normal  0.0114896 
 
 
-
 
NC_010831  Cphamn1_1477  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.27 
 
 		 390 aa  57.4  0.0000004  Chlorobium phaeobacteroides BS1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1030  RND family efflux transporter MFP subunit  26.82 
 
 		 365 aa  57.8  0.0000004  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  decreased coverage  0.000000101532  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_004022  membrane-fusion protein  26.91 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000005  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  unclonable  0.000000160707  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  25.81 
 
 		 382 aa  57  0.0000005  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  29.17 
 
 		 382 aa  57  0.0000005  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1649  RND family efflux transporter MFP subunit  26.35 
 
 		 354 aa  57.4  0.0000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  0.499517  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  21.87 
 
 		 400 aa  57  0.0000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 370 aa  56.2  0.0000009  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0120074  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1150  RND family efflux transporter MFP subunit  27.03 
 
 		 373 aa  56.2  0.0000009  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  decreased coverage  0.0000335121  normal  0.257402 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  21.73 
 
 		 437 aa  55.8  0.000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4521  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.82 
 
 		 379 aa  55.8  0.000001  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.2 
 
 		 397 aa  55.1  0.000002  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_010172  Mext_0564  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 343 aa  55.1  0.000002  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010511  M446_3310  multidrug resistance efflux pump-like protein  21.74 
 
 		 362 aa  55.5  0.000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  1  normal  0.603844 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_1084  RND family efflux transporter MFP subunit  28.38 
 
 		 370 aa  55.5  0.000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.143794  normal  1 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_1744  secretion protein HlyD family protein  27.69 
 
 		 350 aa  55.5  0.000002  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00348418 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_0535  secretion protein HlyD family protein  24.58 
 
 		 339 aa  54.7  0.000003  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.482241  normal  1 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  26.11 
 
 		 365 aa  54.7  0.000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.72 
 
 		 448 aa  54.7  0.000003  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_0176  RND family efflux transporter MFP subunit  23.78 
 
 		 353 aa  54.7  0.000003  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  0.371241 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1737  secretion protein HlyD  24.32 
 
 		 360 aa  54.7  0.000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  decreased coverage  0.0000000190652  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1440  secretion protein HlyD  22.39 
 
 		 376 aa  54.7  0.000003  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2234  RND family efflux transporter MFP subunit  29.38 
 
 		 407 aa  54.7  0.000003  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.282252  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.54 
 
 		 496 aa  54.7  0.000003  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.62 
 
 		 467 aa  54.3  0.000004  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2428  RND family efflux transporter MFP subunit  26.51 
 
 		 361 aa  54.3  0.000004  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  hitchhiker  0.00201655  decreased coverage  0.00000151053 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5137  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.45 
 
 		 367 aa  54.3  0.000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_0499  secretion protein HlyD family protein  25 
 
 		 343 aa  54.3  0.000004  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  0.841099  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_1969  biotin/lipoyl attachment domain-containing protein  25.79 
 
 		 339 aa  54.3  0.000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.166615  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01444  hypothetical protein  26.03 
 
 		 350 aa  54.3  0.000004  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  32.54 
 
 		 496 aa  53.9  0.000005  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3204  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.66 
 
 		 368 aa  53.9  0.000005  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1067  secretion protein HlyD  26.09 
 
 		 364 aa  53.9  0.000005  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.133207 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.36 
 
 		 377 aa  53.9  0.000006  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  27.04 
 
 		 397 aa  53.1  0.000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1161  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.99 
 
 		 376 aa  53.1  0.000008  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.444348  normal  0.334679 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_1209  RND family efflux transporter MFP subunit  24.9 
 
 		 381 aa  53.1  0.00001  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.421019  normal  0.31825 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.29 
 
 		 462 aa  52.8  0.00001  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  21.24 
 
 		 412 aa  51.6  0.00002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01736  HlyD family secretion protein  25.37 
 
 		 349 aa  52  0.00002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_1614  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.5 
 
 		 358 aa  51.6  0.00002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011830  Dhaf_4678  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.49 
 
 		 442 aa  51.6  0.00002  Desulfitobacterium hafniense DCB-2  Bacteria  hitchhiker  0.00314415  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_2530  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.1 
 
 		 430 aa  52  0.00002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.559583  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  26.18 
 
 		 417 aa  52  0.00002  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>