More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Sputcn32_2993 on replicon NC_009438
Organism: Shewanella putrefaciens CN-32



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 435 aa  877    Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  87.38 
 
 		 419 aa  743    Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  90.95 
 
 		 420 aa  778    Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  88.57 
 
 		 420 aa  764    Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  90.57 
 
 		 435 aa  802    Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  88.33 
 
 		 420 aa  764    Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  90.57 
 
 		 435 aa  804    Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  88.1 
 
 		 420 aa  760    Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  90.57 
 
 		 435 aa  802    Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  70.02 
 
 		 420 aa  598  1e-170  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3724  RND family efflux transporter MFP subunit  69.78 
 
 		 420 aa  578  1e-164  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.376754 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3365  RND family efflux transporter MFP subunit  66.19 
 
 		 420 aa  573  1.0000000000000001e-162  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  66.43 
 
 		 420 aa  553  1e-156  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  67.15 
 
 		 419 aa  551  1e-156  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  63.33 
 
 		 419 aa  515  1.0000000000000001e-145  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  58.67 
 
 		 418 aa  479  1e-134  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  42.76 
 
 		 443 aa  333  4e-90  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2238  RND family efflux transporter MFP subunit  41.3 
 
 		 421 aa  311  1e-83  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.811605  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  39.19 
 
 		 423 aa  302  7.000000000000001e-81  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  40.19 
 
 		 425 aa  290  4e-77  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03125  ABC transporter permease  39.49 
 
 		 392 aa  285  8e-76  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  24.21 
 
 		 417 aa  104  3e-21  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  24 
 
 		 416 aa  102  9e-21  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.59 
 
 		 414 aa  101  3e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.58 
 
 		 415 aa  100  5e-20  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  22.09 
 
 		 412 aa  94.7  3e-18  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.88 
 
 		 419 aa  93.2  7e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.14 
 
 		 415 aa  92.8  1e-17  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  23.88 
 
 		 417 aa  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.23 
 
 		 415 aa  88.6  2e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  22.84 
 
 		 416 aa  87  6e-16  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  22.92 
 
 		 418 aa  82.8  0.00000000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.59 
 
 		 432 aa  82.4  0.00000000000001  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  22.95 
 
 		 418 aa  81.6  0.00000000000002  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.55 
 
 		 448 aa  76.3  0.000000000001  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_0748  putative PAS/PAC sensor protein  23.64 
 
 		 607 aa  74.3  0.000000000004  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.96 
 
 		 440 aa  71.2  0.00000000003  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  20.64 
 
 		 437 aa  71.2  0.00000000003  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  22.65 
 
 		 423 aa  70.9  0.00000000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3531  secretion protein HlyD  27.25 
 
 		 400 aa  71.2  0.00000000004  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.445744  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_2744  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.88 
 
 		 475 aa  69.7  0.00000000009  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.89 
 
 		 496 aa  69.7  0.0000000001  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_2543  secretion protein HlyD  23.66 
 
 		 471 aa  68.9  0.0000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  0.467529  normal  1 
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.67 
 
 		 496 aa  68.9  0.0000000002  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  24.63 
 
 		 431 aa  67.8  0.0000000004  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.89 
 
 		 407 aa  67.4  0.0000000005  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  27.8 
 
 		 323 aa  67  0.0000000007  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_4150  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.61 
 
 		 397 aa  66.2  0.000000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  hitchhiker  0.00923789  hitchhiker  0.000000297953 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_2477  RND family efflux transporter MFP subunit  21.97 
 
 		 420 aa  66.2  0.000000001  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3005  RND family efflux transporter MFP subunit  21.69 
 
 		 420 aa  65.5  0.000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.000258393  hitchhiker  0.0000478824 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_2520  RND family efflux transporter MFP subunit  23.75 
 
 		 406 aa  64.3  0.000000004  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  27.35 
 
 		 323 aa  63.9  0.000000005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1522  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.83 
 
 		 422 aa  63.9  0.000000005  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  0.656128  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  21.48 
 
 		 434 aa  63.5  0.000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5197  hypothetical protein  23.18 
 
 		 411 aa  63.5  0.000000007  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.0742487 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  22.04 
 
 		 403 aa  63.5  0.000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2559  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.24 
 
 		 349 aa  63.2  0.000000009  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.99545  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_2575  RND family efflux transporter MFP subunit  21.41 
 
 		 420 aa  62.8  0.00000001  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_3037  secretion protein HlyD  24.58 
 
 		 344 aa  62.4  0.00000001  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.714598  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_2020  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.86 
 
 		 414 aa  62.8  0.00000001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  0.152554 
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4993  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.57 
 
 		 401 aa  62.4  0.00000001  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0870  acriflavin resistance periplasmic protein  23.94 
 
 		 351 aa  61.6  0.00000002  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1067  secretion protein HlyD  26.35 
 
 		 364 aa  62.4  0.00000002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  0.133207 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1636  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.73 
 
 		 383 aa  62  0.00000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.372421  normal  0.934491 
 
 
-
 
NC_008312  Tery_1441  RND family efflux transporter MFP subunit  29.69 
 
 		 634 aa  62  0.00000002  Trichodesmium erythraeum IMS101  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010718  Nther_1938  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.92 
 
 		 462 aa  62  0.00000002  Natranaerobius thermophilus JW/NM-WN-LF  Bacteria  hitchhiker  0.0000755017  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0880  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.83 
 
 		 397 aa  62  0.00000002  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.995952  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0200  secretion protein HlyD  24.15 
 
 		 365 aa  61.6  0.00000003  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_4563  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.78 
 
 		 426 aa  61.2  0.00000004  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1146  RND family efflux transporter MFP subunit  23.94 
 
 		 351 aa  60.8  0.00000004  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A2095  secretion protein HlyD  30 
 
 		 354 aa  60.8  0.00000004  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  19.95 
 
 		 431 aa  60.8  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0438  hypothetical protein  25.78 
 
 		 352 aa  60.5  0.00000006  Vibrio cholerae O395  Bacteria  unclonable  0.0000000000000466929  n/a   
 
 
-
 
NC_009714  CHAB381_1080  MacA  24.26 
 
 		 394 aa  60.1  0.00000008  Campylobacter hominis ATCC BAA-381  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_3078  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26 
 
 		 460 aa  59.7  0.00000009  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010424  Daud_2100  RND family efflux transporter MFP subunit  25 
 
 		 379 aa  58.9  0.0000001  Candidatus Desulforudis audaxviator MP104C  Bacteria  normal  0.0493506  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2956  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.39 
 
 		 430 aa  59.3  0.0000001  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal  0.232515 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1796  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.74 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000003  Shewanella baltica OS223  Bacteria  hitchhiker  0.00000436323  hitchhiker  0.00000011193 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2550  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  hitchhiker  0.000229958  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2588  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.0000000707575  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0307  RND family efflux transporter MFP subunit  26.36 
 
 		 413 aa  58.2  0.0000003  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.240103  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_4492  secretion protein HlyD  26.81 
 
 		 382 aa  58.2  0.0000003  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.0226833 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0768  acriflavin resistance periplasmic protein  21.57 
 
 		 348 aa  58.2  0.0000003  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  0.69171  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  24.37 
 
 		 388 aa  58.2  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_2519  secretion protein HlyD  25.27 
 
 		 382 aa  58.2  0.0000003  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  hitchhiker  0.000000015375  normal  0.24357 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_0563  secretion protein HlyD  23.84 
 
 		 456 aa  58.2  0.0000003  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2665  RND family efflux transporter MFP subunit  26.74 
 
 		 360 aa  58.2  0.0000003  Shewanella baltica OS195  Bacteria  hitchhiker  0.000267288  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1177  RND family efflux transporter MFP subunit  30.46 
 
 		 417 aa  58.2  0.0000003  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1940  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.17 
 
 		 377 aa  57.8  0.0000004  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  0.69897  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1156  RND family efflux transporter MFP subunit  30.86 
 
 		 370 aa  57.8  0.0000004  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  unclonable  0.00000000311518  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  21.82 
 
 		 412 aa  57.4  0.0000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013525  Tter_0275  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.85 
 
 		 381 aa  57.4  0.0000005  Thermobaculum terrenum ATCC BAA-798  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_0212  secretion protein HlyD  21.22 
 
 		 364 aa  57.4  0.0000005  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  1  normal  0.59943 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  24.4 
 
 		 383 aa  57.4  0.0000005  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_2837  RND family efflux transporter MFP subunit  23.71 
 
 		 406 aa  57.4  0.0000005  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.0025637 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3170  RND family efflux transporter MFP subunit  26.38 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS155  Bacteria  unclonable  0.00000000721535  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_3158  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.6 
 
 		 463 aa  57.4  0.0000005  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3169  RND family efflux transporter MFP subunit  26.19 
 
 		 369 aa  57.4  0.0000005  Shewanella baltica OS185  Bacteria  decreased coverage  0.00000000222351  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_0573  macrolide secretion protein MacA  23.89 
 
 		 455 aa  57  0.0000007  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  unclonable  0.00000000000123833  normal  1 
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.86 
 
 		 467 aa  57  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>