65 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene CPS_4415 on replicon NC_003910
Organism: Colwellia psychrerythraea 34H



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_003910  CPS_4415  RND family efflux transporter MFP subunit  100 
 
 		 412 aa  831    Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1901  RND family efflux transporter MFP subunit  31.19 
 
 		 417 aa  165  2.0000000000000002e-39  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.637484 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0309  HlyD family secretion protein  27.16 
 
 		 416 aa  155  1e-36  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.0376524 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2118  RND family efflux transporter MFP subunit  27.38 
 
 		 418 aa  150  3e-35  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_0366  secretion protein HlyD  28.04 
 
 		 437 aa  145  9e-34  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.93288  normal  0.93988 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0774  RND family efflux transporter MFP subunit  26.38 
 
 		 418 aa  136  6.0000000000000005e-31  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.479896  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4176  hypothetical protein  25.7 
 
 		 423 aa  109  9.000000000000001e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4702  RND family efflux transporter MFP subunit  24.19 
 
 		 431 aa  106  6e-22  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2352  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.3 
 
 		 419 aa  91.3  3e-17  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0918313  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_5609  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.41 
 
 		 414 aa  82  0.00000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0328  ABC transporter permease  24.07 
 
 		 434 aa  75.5  0.000000000002  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  1  normal  0.33045 
 
 
-
 
NC_008346  Swol_1713  multidrug resistance efflux pump-like protein  23.87 
 
 		 392 aa  69.7  0.00000000008  Syntrophomonas wolfei subsp. wolfei str. Goettingen  Bacteria  normal  0.254154  n/a   
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_2601  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.31 
 
 		 440 aa  69.3  0.0000000001  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4588  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.17 
 
 		 415 aa  68.2  0.0000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  hitchhiker  0.00044707  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0680  RND family efflux transporter MFP subunit  19.36 
 
 		 417 aa  66.2  0.0000000009  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  0.0364598 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0572  RND family efflux transporter MFP subunit  22.51 
 
 		 423 aa  66.2  0.000000001  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0861  RND family efflux transporter MFP subunit  20.94 
 
 		 420 aa  65.5  0.000000002  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3262  RND family efflux transporter MFP subunit  20.94 
 
 		 420 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.933024  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4074  RND family efflux transporter MFP subunit  20.84 
 
 		 420 aa  63.2  0.000000008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3161  RND family efflux transporter MFP subunit  20.69 
 
 		 420 aa  62.8  0.00000001  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_4837  efflux transporter, RND family, MFP subunit  20.15 
 
 		 415 aa  60.8  0.00000004  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002950  PG0283  RND family efflux transporter MFP subunit  20.15 
 
 		 416 aa  59.3  0.0000001  Porphyromonas gingivalis W83  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008820  P9303_01671  membrane-fusion protein  26.07 
 
 		 366 aa  59.3  0.0000001  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0721  RND family efflux transporter MFP subunit  20.27 
 
 		 420 aa  59.3  0.0000001  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3694  hypothetical protein  19.9 
 
 		 419 aa  58.2  0.0000003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0996  RND family efflux transporter MFP subunit  19.73 
 
 		 435 aa  57.8  0.0000003  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_1029  RND family efflux transporter MFP subunit  19.2 
 
 		 435 aa  57.8  0.0000004  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  0.981321 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_1017  efflux transporter, RND family, MFP subunit  19.47 
 
 		 420 aa  57.4  0.0000004  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2993  RND family efflux transporter MFP subunit  21.82 
 
 		 435 aa  57.4  0.0000005  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_2865  HlyD family secretion protein  22.89 
 
 		 418 aa  57  0.0000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013161  Cyan8802_3253  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.88 
 
 		 496 aa  57  0.0000007  Cyanothece sp. PCC 8802  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_2114  RND family efflux transporter MFP subunit  27.31 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000008  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_0461  multidrug/cation efflux pump  27.31 
 
 		 317 aa  56.6  0.0000009  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_1331  RND family efflux transporter MFP subunit  21.6 
 
 		 412 aa  56.2  0.0000009  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.100786  n/a   
 
 
-
 
NC_011726  PCC8801_2843  efflux transporter, RND family, MFP subunit  23.38 
 
 		 496 aa  55.8  0.000001  Cyanothece sp. PCC 8801  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0954  efflux transporter, RND family, MFP subunit  18.07 
 
 		 415 aa  54.7  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3343  RND family efflux transporter MFP subunit  19.2 
 
 		 435 aa  54.7  0.000003  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_2852  secretion protein HlyD  21.24 
 
 		 419 aa  51.2  0.00003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011729  PCC7424_1164  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.11 
 
 		 467 aa  50.8  0.00005  Cyanothece sp. PCC 7424  Bacteria  n/a    normal  0.748472 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3500  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.78 
 
 		 425 aa  50.1  0.00007  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  1  normal  0.226045 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_1497  efflux transporter, RND family, MFP subunit  21.6 
 
 		 407 aa  50.1  0.00008  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  0.30393  hitchhiker  0.00778895 
 
 
-
 
NC_013173  Dbac_2952  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.03 
 
 		 374 aa  49.7  0.00009  Desulfomicrobium baculatum DSM 4028  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20080  hypothetical protein  22.05 
 
 		 323 aa  49.7  0.0001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2781  RND family efflux transporter MFP subunit  27.23 
 
 		 372 aa  48.5  0.0002  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  unclonable  0.00032103  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2383  RND family efflux transporter MFP subunit  27.41 
 
 		 332 aa  47.8  0.0003  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.475326  normal  0.499649 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1122  RND family efflux transporter MFP subunit  25.1 
 
 		 366 aa  47.4  0.0004  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1728  hypothetical protein  21.39 
 
 		 323 aa  47.4  0.0005  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0534587  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_4203  hypothetical protein  23.28 
 
 		 316 aa  47  0.0006  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.99855  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001980  probable RND efflux membrane fusion protein  24.02 
 
 		 367 aa  46.6  0.0007  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  0.979341  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3096  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.11 
 
 		 396 aa  46.6  0.0008  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  1  normal  0.219805 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_2405  RND family efflux transporter MFP subunit  20.51 
 
 		 443 aa  45.8  0.001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1462  RND efflux membrane fusion protein precursor  24.21 
 
 		 367 aa  46.2  0.001  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008347  Mmar10_1693  RND family efflux transporter MFP subunit  23.86 
 
 		 421 aa  45.8  0.001  Maricaulis maris MCS10  Bacteria  hitchhiker  0.00000207824  decreased coverage  0.00534917 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_16800  putative efflux transmembrane protein  24.21 
 
 		 367 aa  45.8  0.001  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.0868415  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2719  heavy metal efflux system protein, putative  21.49 
 
 		 365 aa  45.4  0.002  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.0333968  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0897  RND family efflux transporter MFP subunit  20.05 
 
 		 419 aa  44.7  0.003  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0109  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.33 
 
 		 360 aa  44.3  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_1916  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.94 
 
 		 384 aa  44.3  0.004  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_0499  secretion protein HlyD family protein  23.96 
 
 		 323 aa  44.3  0.004  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0110  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.33 
 
 		 360 aa  44.3  0.004  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_1194  acriflavin resistance periplasmic protein  23.01 
 
 		 380 aa  43.9  0.005  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_3507  RND family efflux transporter MFP subunit  22.73 
 
 		 421 aa  43.9  0.005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.568774  n/a   
 
 
-
 
NC_008820  P9303_02661  membrane-fusion protein  23.26 
 
 		 375 aa  43.1  0.009  Prochlorococcus marinus str. MIT 9303  Bacteria  n/a    normal  0.489029 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5234  RND family efflux transporter MFP subunit  19.79 
 
 		 355 aa  43.1  0.009  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1516  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.67 
 
 		 366 aa  43.1  0.01  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>