48 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_2739 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_2739  multidrug resistance efflux pump-like protein  100 
 
 		 343 aa  694    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1900  multidrug resistance efflux pump-like protein  77.09 
 
 		 331 aa  490  1e-137  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.178865  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1838  multidrug resistance efflux pump-like protein  64.16 
 
 		 363 aa  398  1e-109  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  decreased coverage  0.000704068  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1469  multidrug resistance efflux pump-like protein  53.4 
 
 		 326 aa  323  2e-87  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.908196 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1839  membrane-fusion protein  23 
 
 		 388 aa  81.6  0.00000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00691456  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1901  secretion protein HlyD family protein  26.72 
 
 		 403 aa  73.2  0.000000000007  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.164629  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_2738  membrane-fusion protein  25.68 
 
 		 399 aa  69.7  0.00000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1470  membrane-fusion protein  23.63 
 
 		 394 aa  68.6  0.0000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.631868 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_7080  efflux transporter, RND family, MFP subunit  24.91 
 
 		 416 aa  64.7  0.000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  27.48 
 
 		 350 aa  56.2  0.0000008  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_1666  RND family efflux transporter MFP subunit  28.27 
 
 		 418 aa  54.3  0.000003  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009767  Rcas_1203  RND family efflux transporter MFP subunit  30.37 
 
 		 621 aa  53.5  0.000005  Roseiflexus castenholzii DSM 13941  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_1634  efflux transporter, RND family, MFP subunit  25.15 
 
 		 417 aa  53.1  0.000006  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_4021  secretion protein HlyD  29.27 
 
 		 345 aa  51.6  0.00002  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.127081  normal  1 
 
 
-
 
NC_009253  Dred_2928  RND family efflux transporter MFP subunit  25.48 
 
 		 431 aa  51.6  0.00002  Desulfotomaculum reducens MI-1  Bacteria  hitchhiker  0.00603978  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_0838  efflux transporter, RND family, MFP subunit  22.95 
 
 		 432 aa  50.8  0.00003  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010338  Caul_4096  secretion protein HlyD family protein  25.1 
 
 		 431 aa  50.8  0.00004  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2114  multidrug resistance protein A  25.51 
 
 		 393 aa  50.4  0.00004  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007512  Plut_1334  secretion protein HlyD  25.64 
 
 		 410 aa  48.9  0.0001  Chlorobium luteolum DSM 273  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009523  RoseRS_4067  RND family efflux transporter MFP subunit  28.69 
 
 		 621 aa  48.9  0.0001  Roseiflexus sp. RS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0987  secretion protein HlyD  27.37 
 
 		 419 aa  49.3  0.0001  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_0270  putative MacA-like membrane transport protein  26.77 
 
 		 417 aa  49.3  0.0001  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013216  Dtox_1040  efflux transporter, RND family, MFP subunit  26.21 
 
 		 500 aa  48.9  0.0001  Desulfotomaculum acetoxidans DSM 771  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003296  RS03081  ABC transporter ATP-binding protein  23.59 
 
 		 417 aa  48.9  0.0001  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.543413  normal  0.955285 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6122  secretion protein HlyD family protein  23.18 
 
 		 347 aa  48.1  0.0002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013946  Mrub_2973  efflux transporter, RND family, MFP subunit  28.87 
 
 		 448 aa  48.1  0.0002  Meiothermus ruber DSM 1279  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013165  Shel_21240  multidrug resistance efflux pump  28.22 
 
 		 536 aa  48.5  0.0002  Slackia heliotrinireducens DSM 20476  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_3464  secretion protein HlyD  24.73 
 
 		 335 aa  47  0.0004  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007644  Moth_2323  secretion protein HlyD  28.79 
 
 		 231 aa  47.4  0.0004  Moorella thermoacetica ATCC 39073  Bacteria  hitchhiker  0.000671168  normal  1 
 
 
-
 
NC_011899  Hore_02540  efflux transporter, RND family, MFP subunit  29.71 
 
 		 481 aa  47  0.0005  Halothermothrix orenii H 168  Bacteria  normal  0.0229793  n/a   
 
 
-
 
NC_008639  Cpha266_0094  secretion protein HlyD family protein  31.03 
 
 		 328 aa  46.6  0.0006  Chlorobium phaeobacteroides DSM 266  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1840  membrane-fusion protein  22.9 
 
 		 429 aa  46.6  0.0007  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0341971  n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_1013  secretion protein HlyD  32.71 
 
 		 394 aa  46.6  0.0007  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1471  membrane-fusion protein  25.95 
 
 		 400 aa  46.2  0.0008  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.95991 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2024  secretion protein HlyD  24.3 
 
 		 429 aa  44.7  0.002  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0436308  n/a   
 
 
-
 
NC_010803  Clim_0069  secretion protein HlyD family protein  26.74 
 
 		 331 aa  44.7  0.002  Chlorobium limicola DSM 245  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011060  Ppha_0064  secretion protein HlyD family protein  29.31 
 
 		 346 aa  45.1  0.002  Pelodictyon phaeoclathratiforme BU-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_3253  secretion protein HlyD family protein  27.03 
 
 		 373 aa  45.1  0.002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011884  Cyan7425_1398  efflux transporter, RND family, MFP subunit  30.67 
 
 		 504 aa  44.7  0.002  Cyanothece sp. PCC 7425  Bacteria  normal  1  normal  0.463842 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4015  hypothetical protein  23.9 
 
 		 435 aa  44.7  0.003  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5231  HlyD family secretion protein  22.9 
 
 		 426 aa  44.3  0.003  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012034  Athe_2611  efflux transporter, RND family, MFP subunit  34.07 
 
 		 549 aa  44.7  0.003  Anaerocellum thermophilum DSM 6725  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008576  Mmc1_2524  RND family efflux transporter MFP subunit  27.39 
 
 		 424 aa  43.9  0.004  Magnetococcus sp. MC-1  Bacteria  normal  0.283395  normal  0.0763035 
 
 
-
 
NC_007519  Dde_1340  secretion protein HlyD  25.17 
 
 		 424 aa  43.9  0.004  Desulfovibrio desulfuricans subsp. desulfuricans str. G20  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1902  membrane-fusion protein  25 
 
 		 419 aa  42.7  0.008  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.0558652  normal  1 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_0953  secretion protein HlyD family protein  28.83 
 
 		 344 aa  42.7  0.01  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010578  Bind_3892  secretion protein HlyD family protein  25.61 
 
 		 352 aa  42.7  0.01  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_3406  secretion protein HlyD family protein  26.4 
 
 		 358 aa  42.7  0.01  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 1    << first  < prev  1  next >  last >>