More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_3406 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_3406  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 
358 aa  719    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_4521  secretion protein HlyD family protein  73.85 
 
 
351 aa  532  1e-150  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  normal  0.170966 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_3969  secretion protein HlyD family protein  73.64 
 
 
352 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_3787  secretion protein HlyD family protein  73.64 
 
 
352 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_3843  secretion protein HlyD family protein  73.64 
 
 
352 aa  521  1e-147  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0523  secretion protein HlyD family protein  73.64 
 
 
351 aa  521  1e-147  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3509  secretion protein HlyD family protein  73.64 
 
 
351 aa  521  1e-147  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_0452  secretion protein HlyD family protein  74.21 
 
 
352 aa  521  1e-146  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_0482  secretion protein HlyD family protein  73.35 
 
 
352 aa  519  1e-146  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0522  secretion protein HlyD family protein  73.35 
 
 
351 aa  518  1e-146  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.889598  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0499  secretion protein HlyD family protein  64.54 
 
 
364 aa  464  1e-129  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0524  HlyD family secretion protein  72.82 
 
 
301 aa  426  1e-118  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0402  HlyD family secretion protein  64.63 
 
 
348 aa  421  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  0.111756  normal 
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0156  secretion protein HlyD  47.66 
 
 
390 aa  277  2e-73  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4651  HlyD family multidrug resistance protein  42.57 
 
 
380 aa  270  2.9999999999999997e-71  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.731563  normal 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_7473  secretion protein HlyD family protein  45.17 
 
 
390 aa  266  4e-70  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  42.14 
 
 
351 aa  263  4e-69  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0238  secretion protein HlyD  43.77 
 
 
375 aa  263  4.999999999999999e-69  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3415  secretion protein HlyD family protein  41.86 
 
 
406 aa  260  3e-68  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.297812  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  42.43 
 
 
344 aa  258  9e-68  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3713  secretion protein HlyD family protein  41.28 
 
 
404 aa  255  1.0000000000000001e-66  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal  0.598746 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  41.84 
 
 
355 aa  254  1.0000000000000001e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  39.82 
 
 
387 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  39.76 
 
 
387 aa  252  9.000000000000001e-66  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  42.77 
 
 
350 aa  251  9.000000000000001e-66  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_3991  secretion protein HlyD family protein  44.41 
 
 
371 aa  251  1e-65  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.713524  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2114  multidrug resistance protein A  41.6 
 
 
393 aa  250  3e-65  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3793  secretion protein HlyD  43.36 
 
 
373 aa  249  4e-65  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.167137  normal  0.620261 
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B0736  major facilitator superfamily multidrug efflux pump membrane fusion protein  42.81 
 
 
375 aa  249  5e-65  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_1877  secretion protein HlyD  41.28 
 
 
349 aa  247  2e-64  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_4416  secretion protein HlyD family protein  42.51 
 
 
366 aa  247  2e-64  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  0.401076  normal  0.621386 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6769  secretion protein HlyD family protein  38.51 
 
 
393 aa  244  1.9999999999999999e-63  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.238192  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4682  secretion protein HlyD family protein  40.41 
 
 
372 aa  243  3.9999999999999997e-63  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.384444  normal 
 
 
-
 
NC_011989  Avi_3837  multidrug resistance efflux pump  42.32 
 
 
391 aa  243  6e-63  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4494  secretion protein HlyD family protein  43.32 
 
 
374 aa  242  9e-63  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  decreased coverage  0.001486  normal  0.244602 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_4584  secretion protein HlyD family protein  41.98 
 
 
402 aa  241  1e-62  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2735  secretion protein HlyD family protein  44.3 
 
 
349 aa  241  1e-62  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal  0.479552 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5592  HlyD family multidrug resistance protein  41.76 
 
 
381 aa  241  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.306614  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3442  secretion protein HlyD family protein  41.07 
 
 
421 aa  240  2.9999999999999997e-62  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal  0.711294 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2795  secretion protein HlyD family protein  40.63 
 
 
402 aa  239  4e-62  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal  0.758551 
 
 
-
 
NC_010511  M446_6561  secretion protein HlyD family protein  40.31 
 
 
397 aa  239  4e-62  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.0560581  normal  0.0514365 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_0954  secretion protein HlyD family protein  39.88 
 
 
413 aa  239  5e-62  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.702567  normal 
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4283  secretion protein HlyD family protein  44.05 
 
 
365 aa  237  3e-61  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.638187  normal 
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  39.18 
 
 
413 aa  236  5.0000000000000005e-61  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_3454  secretion protein HlyD family protein  39.31 
 
 
380 aa  236  6e-61  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  38.29 
 
 
411 aa  234  3e-60  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010172  Mext_4102  secretion protein HlyD family protein  41.19 
 
 
401 aa  233  3e-60  Methylobacterium extorquens PA1  Bacteria  normal  normal  0.60829 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_3990  secretion protein HlyD family protein  39.23 
 
 
383 aa  231  2e-59  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  0.302523  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2191  HlyD family secretion protein  40.06 
 
 
373 aa  230  3e-59  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.201005  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3795  secretion protein HlyD family protein  39.6 
 
 
373 aa  230  3e-59  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.327061 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0744  secretion protein HlyD  40.35 
 
 
363 aa  229  5e-59  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2360  secretion protein HlyD family protein  39.94 
 
 
344 aa  228  1e-58  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002977  MCA2257  HlyD family secretion protein  39.81 
 
 
341 aa  227  2e-58  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.105446  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1543  secretion protein HlyD family protein  39.35 
 
 
352 aa  227  2e-58  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011757  Mchl_4470  secretion protein HlyD family protein  40.25 
 
 
401 aa  227  2e-58  Methylobacterium chloromethanicum CM4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_0834  secretion protein HlyD family protein  40.31 
 
 
396 aa  226  6e-58  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal  0.541495 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1088  MFP family transporter  36.55 
 
 
368 aa  226  6e-58  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.802038  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1183  secretion protein HlyD family protein  38.14 
 
 
354 aa  225  8e-58  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_2980  secretion protein HlyD family protein  38.87 
 
 
383 aa  224  1e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_3276  secretion protein HlyD family protein  39.18 
 
 
372 aa  224  1e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal  0.996632 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2344  HlyD family secretion protein  42.54 
 
 
364 aa  224  2e-57  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_3279  secretion protein HlyD  40.88 
 
 
385 aa  224  2e-57  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.119493  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0312  secretion protein HlyD family protein  40.54 
 
 
400 aa  224  3e-57  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.17056  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3626  secretion protein HlyD family protein  40.88 
 
 
374 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.382081  normal  0.990317 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4465  secretion protein HlyD  40.88 
 
 
374 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3901  secretion protein HlyD family protein  40.88 
 
 
374 aa  223  4.9999999999999996e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4975  secretion protein HlyD family protein  42.54 
 
 
363 aa  222  7e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.710374  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3768  secretion protein HlyD family protein  42.54 
 
 
364 aa  222  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.20986 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4608  secretion protein HlyD  42.54 
 
 
364 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3755  secretion protein HlyD family protein  42.54 
 
 
364 aa  221  9.999999999999999e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.178549  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3675  secretion protein HlyD family protein  40.56 
 
 
381 aa  221  9.999999999999999e-57  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_3362  secretion protein HlyD family protein  40.18 
 
 
382 aa  219  5e-56  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.347896  hitchhiker  0.0000000000000309797 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5486  secretion protein HlyD family protein  42.22 
 
 
363 aa  219  5e-56  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.707329  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3632  secretion protein HlyD family protein  41.9 
 
 
363 aa  219  7.999999999999999e-56  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4202  hypothetical protein  39.67 
 
 
355 aa  218  1e-55  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011371  Rleg2_6488  secretion protein HlyD family protein  39.94 
 
 
394 aa  217  2.9999999999999998e-55  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2928  HlyD family secretion protein  40.68 
 
 
372 aa  215  9.999999999999999e-55  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007794  Saro_1715  secretion protein HlyD  41.25 
 
 
383 aa  215  9.999999999999999e-55  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  0.118181  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_1815  secretion protein HlyD family protein  37.83 
 
 
390 aa  214  2.9999999999999995e-54  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.269173 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_5067  secretion protein HlyD family protein  41.47 
 
 
367 aa  213  3.9999999999999995e-54  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal  0.592232 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  37.54 
 
 
368 aa  213  3.9999999999999995e-54  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012852  Rleg_5998  secretion protein HlyD family protein  38.46 
 
 
394 aa  211  1e-53  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_1624  HlyD family secretion protein  40 
 
 
377 aa  211  2e-53  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011365  Gdia_1819  secretion protein HlyD family protein  40.99 
 
 
383 aa  210  2e-53  Gluconacetobacter diazotrophicus PAl 5  Bacteria  normal  0.333627  normal 
 
 
-
 
NC_009720  Xaut_1512  secretion protein HlyD family protein  39.29 
 
 
405 aa  207  2e-52  Xanthobacter autotrophicus Py2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3613  secretion protein HlyD family protein  38.44 
 
 
422 aa  207  2e-52  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.281428  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  38.21 
 
 
372 aa  206  4e-52  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2319  putative secretion protein  38.75 
 
 
352 aa  206  4e-52  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.0810841  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_2068  multidrug efflux MFS membrane fusion protein, putative  40.28 
 
 
425 aa  206  5e-52  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal  0.851411 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6122  secretion protein HlyD family protein  34.13 
 
 
347 aa  206  5e-52  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1283  secretion protein HlyD  39.31 
 
 
475 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277079  n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6548  secretion protein HlyD family protein  39.31 
 
 
475 aa  205  9e-52  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2691  secretion protein HlyD family protein  35.2 
 
 
369 aa  204  1e-51  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.955062  normal  0.402733 
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6154  secretion protein HlyD family protein  39.31 
 
 
470 aa  205  1e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.18096 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  39.06 
 
 
368 aa  204  1e-51  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_27420  putative secretion protein  37.1 
 
 
354 aa  204  1e-51  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.204375  normal  0.853032 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_4287  secretion protein HlyD family protein  41.29 
 
 
374 aa  203  3e-51  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.0584309  normal  0.408904 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5521  secretion protein HlyD family protein  40.24 
 
 
468 aa  203  3e-51  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0734962  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  37.16 
 
 
374 aa  203  4e-51  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_1608  secretion protein HlyD family protein  36.68 
 
 
414 aa  202  7e-51  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000243495 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>