More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0253 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 368 aa  751    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  44.88 
 
 		 354 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1000  multidrug resistance efflux pump  44.7 
 
 		 354 aa  303  4.0000000000000003e-81  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  42.09 
 
 		 354 aa  302  6.000000000000001e-81  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  36.94 
 
 		 383 aa  232  8.000000000000001e-60  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  35.42 
 
 		 373 aa  218  1e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  36.57 
 
 		 373 aa  213  5.999999999999999e-54  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  36.12 
 
 		 368 aa  201  9.999999999999999e-51  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  37.8 
 
 		 365 aa  198  1.0000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  35.1 
 
 		 377 aa  194  2e-48  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  32.32 
 
 		 364 aa  189  5e-47  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  32.04 
 
 		 364 aa  187  2e-46  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  34.88 
 
 		 365 aa  182  7e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  34.23 
 
 		 367 aa  182  8.000000000000001e-45  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  33.63 
 
 		 364 aa  181  1e-44  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  32.31 
 
 		 355 aa  180  4e-44  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  33.52 
 
 		 378 aa  177  2e-43  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  33.94 
 
 		 354 aa  174  1.9999999999999998e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6454  secretion protein HlyD family protein  34.1 
 
 		 386 aa  170  3e-41  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.134299 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  33.33 
 
 		 355 aa  169  5e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  33.53 
 
 		 381 aa  167  2e-40  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0754  secretion protein HlyD family protein  34.73 
 
 		 365 aa  166  5e-40  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467397  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0716  secretion protein HlyD family protein  33.77 
 
 		 365 aa  166  5.9999999999999996e-40  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  33.24 
 
 		 356 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0750  secretion protein HlyD family protein  34.45 
 
 		 365 aa  165  1.0000000000000001e-39  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4467  secretion protein HlyD family protein  33.61 
 
 		 361 aa  159  5e-38  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  32.37 
 
 		 352 aa  160  5e-38  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  33.99 
 
 		 344 aa  159  1e-37  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1770  putative secretion protein  31.28 
 
 		 352 aa  158  1e-37  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000534  putative secretion protein  30.81 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0565  secretion protein HlyD family protein  31.01 
 
 		 352 aa  154  2.9999999999999998e-36  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3771  secretion protein HlyD family protein  31.01 
 
 		 352 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0541  secretion protein HlyD family protein  31.01 
 
 		 352 aa  153  4e-36  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0570  secretion protein HlyD family protein  31.01 
 
 		 352 aa  153  5.9999999999999996e-36  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  31.36 
 
 		 374 aa  153  5.9999999999999996e-36  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0621  secretion protein HlyD family protein  32.2 
 
 		 352 aa  152  8e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.602249  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4051  HlyD family secretion protein  32.36 
 
 		 357 aa  152  1e-35  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3434  secretion protein HlyD family protein  32.56 
 
 		 352 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0517  secretion protein HlyD family protein  32.27 
 
 		 352 aa  150  3e-35  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.148603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3609  secretion protein HlyD family protein  32.1 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  31.48 
 
 		 354 aa  149  8e-35  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1922  putative secretion protein  28.21 
 
 		 352 aa  144  3e-33  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1783  secretion protein HlyD family protein  30.52 
 
 		 352 aa  143  4e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  30.66 
 
 		 372 aa  140  3.9999999999999997e-32  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3625  secretion protein HlyD  32.83 
 
 		 354 aa  140  4.999999999999999e-32  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.110233  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  29.12 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  28.65 
 
 		 349 aa  134  1.9999999999999998e-30  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  28.62 
 
 		 331 aa  129  7.000000000000001e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  28.79 
 
 		 368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  29.33 
 
 		 368 aa  127  2.0000000000000002e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  28.28 
 
 		 331 aa  128  2.0000000000000002e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001143  fusaric acid resistance protein fusE  29.13 
 
 		 296 aa  125  1e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7637  efflux pump protein  31.36 
 
 		 385 aa  122  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.969695 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4202  hypothetical protein  29.49 
 
 		 355 aa  122  9.999999999999999e-27  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1890  secretion protein HlyD family protein  28.74 
 
 		 368 aa  121  1.9999999999999998e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4283  secretion protein HlyD family protein  31.56 
 
 		 365 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.638187  normal  1 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0470  secretion protein HlyD family protein  24.86 
 
 		 379 aa  120  3.9999999999999996e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06903  histidine kinase  28.36 
 
 		 341 aa  120  4.9999999999999996e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000902  multidrug resistance efflux pump  30.2 
 
 		 311 aa  118  1.9999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2004  secretion protein HlyD family protein  27.54 
 
 		 380 aa  117  3.9999999999999997e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1008  secretion protein HlyD  31.56 
 
 		 463 aa  116  6e-25  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.387294  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  27.83 
 
 		 375 aa  116  6e-25  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007514  Cag_0040  multidrug resistance protein A  32.7 
 
 		 342 aa  115  1.0000000000000001e-24  Chlorobium chlorochromatii CaD3  Bacteria  normal  0.984941  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0434  secretion protein HlyD family protein  31.21 
 
 		 337 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.532566  hitchhiker  0.0000000108123 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_5486  secretion protein HlyD family protein  28.53 
 
 		 363 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.707329  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0257  secretion protein, HlyD family  31.21 
 
 		 337 aa  115  2.0000000000000002e-24  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.787376  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4651  HlyD family multidrug resistance protein  28.92 
 
 		 380 aa  114  3e-24  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.731563  normal  1 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  29.04 
 
 		 356 aa  114  3e-24  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  28.24 
 
 		 366 aa  114  3e-24  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4975  secretion protein HlyD family protein  27.83 
 
 		 363 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.710374  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3091  secretion protein HlyD family protein  28.62 
 
 		 334 aa  114  4.0000000000000004e-24  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  28.44 
 
 		 366 aa  113  5e-24  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B2344  HlyD family secretion protein  28.22 
 
 		 364 aa  113  6e-24  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_4608  secretion protein HlyD  28.13 
 
 		 364 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_3755  secretion protein HlyD family protein  28.13 
 
 		 364 aa  113  6e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.178549  normal  0.103625 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5245  secretion protein HlyD family protein  30.94 
 
 		 333 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010725  Mpop_1203  secretion protein HlyD family protein  31.6 
 
 		 325 aa  112  1.0000000000000001e-23  Methylobacterium populi BJ001  Bacteria  normal  0.0133764  normal  0.454228 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0508  secretion protein HlyD family protein  29.79 
 
 		 444 aa  112  1.0000000000000001e-23  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  hitchhiker  0.000010598  normal  1 
 
 
-
 
NC_007964  Nham_0616  secretion protein HlyD  29.04 
 
 		 388 aa  112  1.0000000000000001e-23  Nitrobacter hamburgensis X14  Bacteria  normal  0.77466  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4261  secretion protein HlyD family protein  29.03 
 
 		 347 aa  111  2.0000000000000002e-23  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  29.66 
 
 		 343 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5589  HlyD family multidrug resistance protein protein  30.4 
 
 		 346 aa  111  2.0000000000000002e-23  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.346185 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_3768  secretion protein HlyD family protein  28.31 
 
 		 364 aa  111  2.0000000000000002e-23  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.20986 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_3509  secretion protein HlyD family protein  29.68 
 
 		 351 aa  111  2.0000000000000002e-23  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  30.35 
 
 		 467 aa  110  3e-23  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal  1 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2528  secretion protein HlyD family protein  31.14 
 
 		 349 aa  110  3e-23  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_0523  secretion protein HlyD family protein  29.68 
 
 		 351 aa  110  3e-23  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2212  secretion protein HlyD family protein  27.19 
 
 		 285 aa  110  5e-23  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.420088  hitchhiker  0.000529238 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_3632  secretion protein HlyD family protein  27.91 
 
 		 363 aa  110  5e-23  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  29.05 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0238  secretion protein HlyD  29.08 
 
 		 375 aa  109  7.000000000000001e-23  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  29.05 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  29.05 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  29.05 
 
 		 343 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3613  secretion protein HlyD family protein  28.7 
 
 		 422 aa  109  7.000000000000001e-23  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.281428  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_0522  secretion protein HlyD family protein  29.24 
 
 		 351 aa  109  7.000000000000001e-23  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  0.889598  normal  1 
 
 
-
 
NC_009636  Smed_2795  secretion protein HlyD family protein  31.48 
 
 		 402 aa  109  8.000000000000001e-23  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  0.758551 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  29.05 
 
 		 343 aa  109  9.000000000000001e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007925  RPC_0487  secretion protein HlyD  30.1 
 
 		 387 aa  108  1e-22  Rhodopseudomonas palustris BisB18  Bacteria  normal  0.0299578  normal  0.132982 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3095  secretion protein HlyD  27.48 
 
 		 410 aa  108  1e-22  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>