More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Ssed_1922 on replicon NC_009831
Organism: Shewanella sediminis HAW-EB3



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009831  Ssed_1922  putative secretion protein  100 
 
 		 352 aa  714    Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350585  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000534  putative secretion protein  64.77 
 
 		 352 aa  436  1e-121  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0621  secretion protein HlyD family protein  64.77 
 
 		 352 aa  428  1e-119  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.602249  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3434  secretion protein HlyD family protein  64.2 
 
 		 352 aa  425  1e-118  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0517  secretion protein HlyD family protein  64.49 
 
 		 352 aa  425  1e-118  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.148603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0565  secretion protein HlyD family protein  62.78 
 
 		 352 aa  422  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  58.81 
 
 		 356 aa  422  1e-117  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0541  secretion protein HlyD family protein  62.5 
 
 		 352 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0570  secretion protein HlyD family protein  62.5 
 
 		 352 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3771  secretion protein HlyD family protein  62.5 
 
 		 352 aa  419  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3609  secretion protein HlyD family protein  63.35 
 
 		 352 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4051  HlyD family secretion protein  62.46 
 
 		 357 aa  412  1e-114  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1783  secretion protein HlyD family protein  54.08 
 
 		 352 aa  377  1e-103  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  49.43 
 
 		 352 aa  338  9.999999999999999e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1770  putative secretion protein  49.43 
 
 		 352 aa  337  1.9999999999999998e-91  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  45.76 
 
 		 354 aa  313  3.9999999999999997e-84  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  43.31 
 
 		 344 aa  300  3e-80  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3625  secretion protein HlyD  42.54 
 
 		 354 aa  261  1e-68  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.110233  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  39.94 
 
 		 355 aa  239  4e-62  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  37.32 
 
 		 355 aa  234  2.0000000000000002e-60  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  36.16 
 
 		 354 aa  221  1.9999999999999999e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  32.1 
 
 		 349 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  30.86 
 
 		 349 aa  166  4e-40  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  31.09 
 
 		 378 aa  165  9e-40  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  30.29 
 
 		 383 aa  162  7e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  30.77 
 
 		 381 aa  155  1e-36  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  30.06 
 
 		 373 aa  154  2.9999999999999998e-36  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  30.82 
 
 		 373 aa  152  5.9999999999999996e-36  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  28.77 
 
 		 377 aa  148  1.0000000000000001e-34  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  28.21 
 
 		 368 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  29.44 
 
 		 365 aa  147  2.0000000000000003e-34  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6454  secretion protein HlyD family protein  29.23 
 
 		 386 aa  144  2e-33  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.134299 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0754  secretion protein HlyD family protein  31.65 
 
 		 365 aa  144  3e-33  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467397  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0716  secretion protein HlyD family protein  31.62 
 
 		 365 aa  143  4e-33  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4467  secretion protein HlyD family protein  30.45 
 
 		 361 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0750  secretion protein HlyD family protein  31.34 
 
 		 365 aa  140  3e-32  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  31.42 
 
 		 368 aa  135  9.999999999999999e-31  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1000  multidrug resistance efflux pump  32.28 
 
 		 354 aa  133  6e-30  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  30 
 
 		 331 aa  129  5.0000000000000004e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  33.04 
 
 		 367 aa  129  6e-29  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06917  hypothetical protein  27.16 
 
 		 356 aa  128  1.0000000000000001e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  30 
 
 		 331 aa  128  1.0000000000000001e-28  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0470  secretion protein HlyD family protein  27.01 
 
 		 379 aa  119  6e-26  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  26.33 
 
 		 365 aa  119  9.999999999999999e-26  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  27.95 
 
 		 354 aa  118  9.999999999999999e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  26.48 
 
 		 364 aa  118  1.9999999999999998e-25  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  26.76 
 
 		 364 aa  117  3e-25  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  27.38 
 
 		 364 aa  116  3.9999999999999997e-25  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3899  secretion protein HlyD family protein  30.81 
 
 		 378 aa  114  3e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03441  membrane fusion protein (MFP) component of efflux pump, signal anchor  27.07 
 
 		 378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03392  hypothetical protein  27.07 
 
 		 378 aa  111  2.0000000000000002e-23  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0123  secretion protein HlyD family protein  27.07 
 
 		 378 aa  110  3e-23  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  29.24 
 
 		 354 aa  110  3e-23  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  26.99 
 
 		 376 aa  110  3e-23  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0127  secretion protein HlyD family protein  27.07 
 
 		 378 aa  110  3e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4082  membrane fusion protein family protein  27.07 
 
 		 378 aa  110  3e-23  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0138  secretion protein HlyD family protein  29.86 
 
 		 378 aa  110  4.0000000000000004e-23  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3790  membrane fusion protein family protein  27.07 
 
 		 378 aa  110  4.0000000000000004e-23  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0115  secretion protein HlyD family protein  28.41 
 
 		 378 aa  110  5e-23  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.0435233  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4954  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  26.8 
 
 		 378 aa  109  6e-23  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3911  membrane fusion protein family protein  27.07 
 
 		 378 aa  109  7.000000000000001e-23  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  26.91 
 
 		 374 aa  108  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33220  hypothetical protein  31.79 
 
 		 334 aa  107  2e-22  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0256894 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03452  hypothetical protein  28.12 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0109  secretion protein HlyD family protein  28.12 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3803  membrane fusion protein family protein  28.12 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.456542  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03403  hypothetical protein  28.12 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4967  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  28.12 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  0.560302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3930  auxiliary membrane fusion protein family transporter  28.12 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  0.954749 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4095  membrane fusion protein family protein  28.12 
 
 		 378 aa  107  3e-22  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.557527  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2823  hypothetical protein  31.46 
 
 		 334 aa  106  5e-22  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0234  secretion protein HlyD family protein  27.89 
 
 		 321 aa  105  9e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.600771 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_2404  RND family efflux transporter MFP subunit  30.12 
 
 		 308 aa  104  2e-21  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  0.416269 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001143  fusaric acid resistance protein fusE  28.99 
 
 		 296 aa  103  3e-21  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_6436  secretion protein HlyD family protein  32.34 
 
 		 392 aa  103  4e-21  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.475078  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2656  secretion protein HlyD  31.78 
 
 		 326 aa  103  5e-21  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0563268  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  27.61 
 
 		 368 aa  102  9e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  28.93 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  28.93 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  28.93 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  28.9 
 
 		 343 aa  102  1e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4857  RND family efflux transporter MFP subunit  30.26 
 
 		 331 aa  102  1e-20  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0434  secretion protein, HlyD family  23.71 
 
 		 376 aa  101  2e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0088  hypothetical protein  24.79 
 
 		 376 aa  100  3e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000928582  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  28.57 
 
 		 343 aa  100  3e-20  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  28.57 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  28.57 
 
 		 343 aa  100  4e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  27.24 
 
 		 368 aa  100  5e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  28.25 
 
 		 343 aa  99.8  6e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6560  secretion protein HlyD family protein  28.61 
 
 		 460 aa  99.8  6e-20  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  normal  1 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E4014  auxiliary transport protein, membrane fusion protein family  27.56 
 
 		 378 aa  99.8  6e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6274  secretion protein HlyD family protein  28.61 
 
 		 460 aa  99.4  8e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0399198 
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  27.15 
 
 		 372 aa  98.6  1e-19  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06903  histidine kinase  27.54 
 
 		 341 aa  98.2  2e-19  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_1024  secretion protein HlyD family protein  26.35 
 
 		 378 aa  98.2  2e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.524783  normal  0.0152153 
 
 
-
 
NC_011988  Avi_5690  HlyD family secretion protein  27.94 
 
 		 293 aa  98.2  2e-19  Agrobacterium vitis S4  Bacteria  normal  0.0642134  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2191  secretion protein HlyD family protein  27.02 
 
 		 354 aa  97.4  3e-19  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1539  putative auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  30.59 
 
 		 286 aa  97.4  3e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.338335  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03101  p-hydroxybenzoic acid efflux system component  27.93 
 
 		 310 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0465  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  27.93 
 
 		 310 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  0.673735 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>