More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_0683 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 354 aa  714    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  71.47 
 
 		 354 aa  546  1e-154  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1000  multidrug resistance efflux pump  61.3 
 
 		 354 aa  397  1e-109  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  44.88 
 
 		 368 aa  318  7.999999999999999e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  48.19 
 
 		 368 aa  300  2e-80  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  48.8 
 
 		 367 aa  277  3e-73  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  39.38 
 
 		 373 aa  249  7e-65  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  38.24 
 
 		 383 aa  244  1.9999999999999999e-63  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  37.82 
 
 		 373 aa  241  1e-62  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  36.52 
 
 		 364 aa  226  5.0000000000000005e-58  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  36.52 
 
 		 364 aa  223  3e-57  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  38.51 
 
 		 364 aa  223  4.9999999999999996e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  41.96 
 
 		 365 aa  211  2e-53  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  37.46 
 
 		 377 aa  205  1e-51  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  33.61 
 
 		 355 aa  196  3e-49  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  35.07 
 
 		 378 aa  196  6e-49  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  39.05 
 
 		 381 aa  194  2e-48  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  35.11 
 
 		 355 aa  188  1e-46  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_0716  secretion protein HlyD family protein  38.97 
 
 		 365 aa  186  6e-46  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0750  secretion protein HlyD family protein  38.4 
 
 		 365 aa  184  3e-45  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  36.5 
 
 		 365 aa  182  8.000000000000001e-45  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0754  secretion protein HlyD family protein  38.62 
 
 		 365 aa  181  2e-44  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6454  secretion protein HlyD family protein  37.92 
 
 		 386 aa  181  2e-44  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.134299 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  32.86 
 
 		 354 aa  180  2.9999999999999997e-44  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4467  secretion protein HlyD family protein  36.57 
 
 		 361 aa  179  4.999999999999999e-44  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  1 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  31.79 
 
 		 331 aa  149  9e-35  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  31.79 
 
 		 331 aa  148  1.0000000000000001e-34  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  33.12 
 
 		 374 aa  143  4e-33  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  30.48 
 
 		 349 aa  143  6e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  31.63 
 
 		 372 aa  142  9e-33  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  30.06 
 
 		 349 aa  139  7e-32  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4283  secretion protein HlyD family protein  33.71 
 
 		 365 aa  139  7e-32  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.638187  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  30.47 
 
 		 344 aa  138  2e-31  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010512  Bcenmc03_6154  secretion protein HlyD family protein  33.14 
 
 		 470 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  0.18096 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_6560  secretion protein HlyD family protein  33.33 
 
 		 460 aa  137  3.0000000000000003e-31  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.21193  normal  1 
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1283  secretion protein HlyD  33.14 
 
 		 475 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.277079  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_6274  secretion protein HlyD family protein  33.33 
 
 		 460 aa  137  4e-31  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.0399198 
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6548  secretion protein HlyD family protein  33.14 
 
 		 475 aa  137  4e-31  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0621  secretion protein HlyD family protein  31.37 
 
 		 352 aa  136  5e-31  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.602249  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2100  secretion protein HlyD family protein  32.57 
 
 		 351 aa  136  5e-31  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528355 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  37.88 
 
 		 356 aa  135  8e-31  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2823  hypothetical protein  33.12 
 
 		 334 aa  135  9.999999999999999e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1920  secretion protein HlyD  33.23 
 
 		 383 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00498247  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1874  secretion protein HlyD family protein  32.57 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.982887 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2225  secretion protein HlyD family protein  32.57 
 
 		 351 aa  135  9.999999999999999e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670197 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33220  hypothetical protein  34 
 
 		 334 aa  132  6e-30  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0256894 
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2082  secretion protein HlyD  36.27 
 
 		 371 aa  132  9e-30  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.565949 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1770  putative secretion protein  31.69 
 
 		 352 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6554  multidrug resistance protein MdtN  33.05 
 
 		 351 aa  131  2.0000000000000002e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4202  hypothetical protein  32.7 
 
 		 355 aa  131  2.0000000000000002e-29  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  30.81 
 
 		 356 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  32.5 
 
 		 343 aa  130  5.0000000000000004e-29  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  32.5 
 
 		 343 aa  129  7.000000000000001e-29  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  32.5 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  32.5 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  32.5 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  32.5 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  32.5 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  31.4 
 
 		 352 aa  128  1.0000000000000001e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  32.5 
 
 		 343 aa  128  1.0000000000000001e-28  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000534  putative secretion protein  32.49 
 
 		 352 aa  127  2.0000000000000002e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3771  secretion protein HlyD family protein  29.97 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0541  secretion protein HlyD family protein  29.97 
 
 		 352 aa  127  3e-28  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2222  secretion protein HlyD family protein  33.33 
 
 		 364 aa  127  4.0000000000000003e-28  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.827157  normal  0.0630551 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4051  HlyD family secretion protein  29.36 
 
 		 357 aa  127  4.0000000000000003e-28  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0470  secretion protein HlyD family protein  26.65 
 
 		 379 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0570  secretion protein HlyD family protein  29.97 
 
 		 352 aa  126  7e-28  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3434  secretion protein HlyD family protein  29.41 
 
 		 352 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0517  secretion protein HlyD family protein  29.41 
 
 		 352 aa  125  8.000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.148603  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0565  secretion protein HlyD family protein  29.69 
 
 		 352 aa  125  1e-27  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  30.36 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3613  secretion protein HlyD family protein  33.12 
 
 		 422 aa  124  2e-27  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.281428  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_010087  Bmul_5521  secretion protein HlyD family protein  33.96 
 
 		 468 aa  124  2e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.0734962  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0596  multidrug resistance protein MdtN  29.52 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789434  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0535  multidrug resistance protein MdtN  29.52 
 
 		 349 aa  124  2e-27  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1061  multidrug resistance protein MdtN  29.52 
 
 		 349 aa  125  2e-27  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.182652 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3609  secretion protein HlyD family protein  29.41 
 
 		 352 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_1950  secretion protein HlyD family protein  31.55 
 
 		 360 aa  124  3e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4053  secretion protein HlyD family protein  34.24 
 
 		 349 aa  123  4e-27  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.861449 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3091  secretion protein HlyD family protein  29.56 
 
 		 334 aa  121  9.999999999999999e-27  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7637  efflux pump protein  34.62 
 
 		 385 aa  121  9.999999999999999e-27  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.969695 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  29.07 
 
 		 354 aa  122  9.999999999999999e-27  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  29.7 
 
 		 366 aa  121  1.9999999999999998e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0660  secretion protein HlyD family protein  29.91 
 
 		 402 aa  120  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2026  secretion protein HlyD family protein  31.19 
 
 		 401 aa  120  3e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.705126  normal  1 
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2360  secretion protein HlyD family protein  31.44 
 
 		 344 aa  120  3.9999999999999996e-26  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  29.61 
 
 		 375 aa  120  4.9999999999999996e-26  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  27.9 
 
 		 368 aa  119  6e-26  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2212  secretion protein HlyD family protein  32.28 
 
 		 285 aa  119  9e-26  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.420088  hitchhiker  0.000529238 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  29.13 
 
 		 376 aa  119  9e-26  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1890  secretion protein HlyD family protein  32.31 
 
 		 368 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0257  secretion protein, HlyD family  33.33 
 
 		 337 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.787376  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0434  secretion protein HlyD family protein  33.33 
 
 		 337 aa  119  9.999999999999999e-26  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.532566  hitchhiker  0.0000000108123 
 
 
-
 
NC_004310  BR1060  HlyD family secretion protein  31.68 
 
 		 366 aa  117  1.9999999999999998e-25  Brucella suis 1330  Bacteria  normal  0.409643  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  29.85 
 
 		 467 aa  117  1.9999999999999998e-25  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal  1 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4967  HlyD family secretion protein  31.38 
 
 		 343 aa  117  3e-25  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.0119064 
 
 
-
 
NC_011894  Mnod_0312  secretion protein HlyD family protein  33.23 
 
 		 400 aa  117  3e-25  Methylobacterium nodulans ORS 2060  Bacteria  normal  0.17056  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  29.45 
 
 		 366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B1327  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  30.31 
 
 		 393 aa  117  3.9999999999999997e-25  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0719402  normal  0.0222089 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0552  secretion protein HlyD  33 
 
 		 350 aa  117  3.9999999999999997e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>