More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_0716 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_0716  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 365 aa  724    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0750  secretion protein HlyD family protein  98.9 
 
 		 365 aa  720    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0754  secretion protein HlyD family protein  96.44 
 
 		 365 aa  657    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4467  secretion protein HlyD family protein  88.49 
 
 		 361 aa  597  1e-169  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  65.34 
 
 		 378 aa  503  1e-141  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  72.57 
 
 		 381 aa  495  1e-139  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  68.66 
 
 		 377 aa  480  1e-134  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  66.3 
 
 		 365 aa  466  9.999999999999999e-131  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6454  secretion protein HlyD family protein  69.8 
 
 		 386 aa  451  1.0000000000000001e-126  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.134299 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  50.68 
 
 		 364 aa  358  9e-98  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  50.68 
 
 		 364 aa  356  3.9999999999999996e-97  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  50.41 
 
 		 364 aa  340  2e-92  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  38.66 
 
 		 383 aa  246  4e-64  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  37.85 
 
 		 373 aa  246  4.9999999999999997e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  39.46 
 
 		 368 aa  229  8e-59  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  40.66 
 
 		 367 aa  209  8e-53  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  35.03 
 
 		 373 aa  208  1e-52  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  38.97 
 
 		 354 aa  207  2e-52  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  36.26 
 
 		 354 aa  202  7e-51  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  31.84 
 
 		 355 aa  187  2e-46  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  34.67 
 
 		 368 aa  187  3e-46  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  36.31 
 
 		 365 aa  184  3e-45  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1000  multidrug resistance efflux pump  37.39 
 
 		 354 aa  179  7e-44  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  33.33 
 
 		 355 aa  178  2e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  32.02 
 
 		 354 aa  174  2.9999999999999996e-42  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  34.09 
 
 		 349 aa  171  2e-41  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000534  putative secretion protein  32.76 
 
 		 352 aa  158  1e-37  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  31.34 
 
 		 356 aa  157  3e-37  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  37.54 
 
 		 352 aa  155  1e-36  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0621  secretion protein HlyD family protein  31.05 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.602249  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1922  putative secretion protein  31.65 
 
 		 352 aa  153  4e-36  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1770  putative secretion protein  37.54 
 
 		 352 aa  153  5.9999999999999996e-36  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0565  secretion protein HlyD family protein  29.63 
 
 		 352 aa  150  3e-35  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3771  secretion protein HlyD family protein  29.63 
 
 		 352 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0541  secretion protein HlyD family protein  29.63 
 
 		 352 aa  149  8e-35  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0570  secretion protein HlyD family protein  29.63 
 
 		 352 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4051  HlyD family secretion protein  29.75 
 
 		 357 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3434  secretion protein HlyD family protein  30.2 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0517  secretion protein HlyD family protein  30.2 
 
 		 352 aa  147  2.0000000000000003e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.148603  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  30 
 
 		 344 aa  146  5e-34  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  32.95 
 
 		 354 aa  145  1e-33  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1783  secretion protein HlyD family protein  32.35 
 
 		 352 aa  144  2e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3609  secretion protein HlyD family protein  30.65 
 
 		 352 aa  144  3e-33  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2823  hypothetical protein  34.71 
 
 		 334 aa  136  7.000000000000001e-31  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  32.79 
 
 		 343 aa  135  9.999999999999999e-31  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  32.46 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  32.46 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  32.46 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  32.46 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  32.13 
 
 		 343 aa  134  3e-30  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  32.13 
 
 		 343 aa  133  3.9999999999999996e-30  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0097  secretion protein HlyD family protein  30.41 
 
 		 354 aa  133  5e-30  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  32.13 
 
 		 343 aa  132  7.999999999999999e-30  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3625  secretion protein HlyD  33.33 
 
 		 354 aa  132  1.0000000000000001e-29  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.110233  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2225  secretion protein HlyD family protein  30.61 
 
 		 351 aa  132  1.0000000000000001e-29  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670197 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0470  secretion protein HlyD family protein  24.72 
 
 		 379 aa  131  2.0000000000000002e-29  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  31.53 
 
 		 375 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33220  hypothetical protein  33.87 
 
 		 334 aa  130  3e-29  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0256894 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  29.34 
 
 		 349 aa  130  4.0000000000000003e-29  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  28.09 
 
 		 331 aa  130  4.0000000000000003e-29  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2100  secretion protein HlyD family protein  30.61 
 
 		 351 aa  130  4.0000000000000003e-29  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528355 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1874  secretion protein HlyD family protein  30.61 
 
 		 351 aa  129  6e-29  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.982887 
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  27.78 
 
 		 331 aa  129  7.000000000000001e-29  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0195  multidrug resistance protein MdtN  33.53 
 
 		 362 aa  129  9.000000000000001e-29  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0296812  normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_4857  RND family efflux transporter MFP subunit  32.38 
 
 		 331 aa  127  4.0000000000000003e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1144  secretion protein HlyD family protein  33.53 
 
 		 374 aa  127  4.0000000000000003e-28  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.143245  normal  0.639337 
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  33.56 
 
 		 356 aa  126  6e-28  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  26.86 
 
 		 368 aa  125  9e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  29.63 
 
 		 372 aa  125  1e-27  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2222  secretion protein HlyD family protein  32.75 
 
 		 364 aa  125  1e-27  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.827157  normal  0.0630551 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3975  multidrug resistance protein MdtN  33.82 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.337491  normal  0.0140757 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_23530  putative secretion protein  30.5 
 
 		 355 aa  125  1e-27  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0127928 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6854  HlyD family secretion protein  30.42 
 
 		 304 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_2026  secretion protein HlyD family protein  29.14 
 
 		 401 aa  121  1.9999999999999998e-26  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.705126  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_1976  secretion protein HlyD family protein  28.01 
 
 		 387 aa  120  1.9999999999999998e-26  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.339437  hitchhiker  0.00926098 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3826  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  35.44 
 
 		 315 aa  121  1.9999999999999998e-26  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3613  secretion protein HlyD family protein  31.73 
 
 		 422 aa  121  1.9999999999999998e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.281428  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0660  secretion protein HlyD family protein  30.03 
 
 		 402 aa  120  3e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  28.15 
 
 		 374 aa  120  3e-26  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_3784  secretion protein HlyD family protein  28.01 
 
 		 387 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.52274  normal  0.687731 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1992  putative secretion protein  29.81 
 
 		 344 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_001143  fusaric acid resistance protein fusE  29.61 
 
 		 296 aa  119  6e-26  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  27.89 
 
 		 366 aa  118  9.999999999999999e-26  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3095  secretion protein HlyD  27.5 
 
 		 410 aa  119  9.999999999999999e-26  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008783  BARBAKC583_1088  MFP family transporter  29.14 
 
 		 368 aa  118  9.999999999999999e-26  Bartonella bacilliformis KC583  Bacteria  normal  0.802038  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0238  secretion protein HlyD  31.92 
 
 		 375 aa  117  1.9999999999999998e-25  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  28.89 
 
 		 351 aa  118  1.9999999999999998e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_3549  secretion protein HlyD family protein  30.77 
 
 		 397 aa  117  3e-25  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5332  secretion protein HlyD family protein  27.17 
 
 		 347 aa  117  3e-25  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.588118 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3362  secretion protein HlyD family protein  27.52 
 
 		 413 aa  117  3e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242557 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  27.81 
 
 		 366 aa  117  3.9999999999999997e-25  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2373  secretion protein HlyD family protein  31.31 
 
 		 395 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2225  secretion protein HlyD family protein  30.77 
 
 		 397 aa  116  6e-25  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.818643  normal  1 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_2681  secretion protein HlyD  29.1 
 
 		 289 aa  116  6e-25  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.879116  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_4682  secretion protein HlyD family protein  32.75 
 
 		 372 aa  116  6e-25  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.384444  normal  1 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3904  efflux pump membrane protein  32.29 
 
 		 381 aa  116  6.9999999999999995e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4651  HlyD family multidrug resistance protein  30 
 
 		 380 aa  116  6.9999999999999995e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.731563  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3556  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  32.36 
 
 		 310 aa  115  1.0000000000000001e-24  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  28.25 
 
 		 368 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3104  secretion protein HlyD family protein  27.78 
 
 		 407 aa  115  1.0000000000000001e-24  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.599645  normal  0.0169498 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>