More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Shew_1783 on replicon NC_009092
Organism: Shewanella loihica PV-4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009092  Shew_1783  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 
352 aa  707    Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  59.94 
 
 
356 aa  421  1e-116  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0565  secretion protein HlyD family protein  60.8 
 
 
352 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0570  secretion protein HlyD family protein  60.51 
 
 
352 aa  415  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0541  secretion protein HlyD family protein  60.8 
 
 
352 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3771  secretion protein HlyD family protein  60.8 
 
 
352 aa  416  9.999999999999999e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3434  secretion protein HlyD family protein  61.36 
 
 
352 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0517  secretion protein HlyD family protein  61.65 
 
 
352 aa  414  1e-114  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.148603  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3609  secretion protein HlyD family protein  61.93 
 
 
352 aa  414  1e-114  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0621  secretion protein HlyD family protein  61.65 
 
 
352 aa  413  1e-114  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.602249  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_4051  HlyD family secretion protein  60.5 
 
 
357 aa  403  1e-111  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000534  putative secretion protein  55.97 
 
 
352 aa  384  1e-105  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1922  putative secretion protein  54.08 
 
 
352 aa  381  1e-105  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350585  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1770  putative secretion protein  52.84 
 
 
352 aa  343  2.9999999999999997e-93  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  52.56 
 
 
352 aa  341  1e-92  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  42.73 
 
 
344 aa  291  2e-77  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  42.94 
 
 
354 aa  281  1e-74  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3625  secretion protein HlyD  44.35 
 
 
354 aa  278  1e-73  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.110233  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  37.01 
 
 
354 aa  227  3e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  40.96 
 
 
355 aa  221  1.9999999999999999e-56  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  37.04 
 
 
355 aa  218  2e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  32.86 
 
 
349 aa  177  3e-43  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  33.33 
 
 
349 aa  171  2e-41  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  32.84 
 
 
383 aa  162  6e-39  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  31.53 
 
 
377 aa  161  2e-38  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  32 
 
 
378 aa  160  2e-38  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  33.72 
 
 
365 aa  160  4e-38  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  30.55 
 
 
373 aa  157  2e-37  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  31.27 
 
 
381 aa  150  3e-35  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  30.82 
 
 
373 aa  150  4e-35  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  30.03 
 
 
368 aa  149  5e-35  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  33.23 
 
 
368 aa  149  7e-35  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  27.89 
 
 
364 aa  148  1.0000000000000001e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  27.61 
 
 
364 aa  144  2e-33  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  33.03 
 
 
367 aa  141  9.999999999999999e-33  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6454  secretion protein HlyD family protein  32.49 
 
 
386 aa  140  3e-32  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal  0.134299 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0716  secretion protein HlyD family protein  32.28 
 
 
365 aa  139  6e-32  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0750  secretion protein HlyD family protein  31.99 
 
 
365 aa  137  2e-31  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  28.02 
 
 
364 aa  138  2e-31  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0754  secretion protein HlyD family protein  31.99 
 
 
365 aa  137  3.0000000000000003e-31  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467397  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4467  secretion protein HlyD family protein  31.28 
 
 
361 aa  134  3e-30  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal 
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06917  hypothetical protein  28.49 
 
 
356 aa  128  2.0000000000000002e-28  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  32.64 
 
 
365 aa  127  4.0000000000000003e-28  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1000  multidrug resistance efflux pump  31.03 
 
 
354 aa  126  5e-28  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0470  secretion protein HlyD family protein  24.22 
 
 
379 aa  124  3e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  29.89 
 
 
354 aa  123  5e-27  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  29.33 
 
 
354 aa  121  9.999999999999999e-27  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0097  secretion protein HlyD family protein  30.58 
 
 
354 aa  116  5e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000902  multidrug resistance efflux pump  33.11 
 
 
311 aa  115  8.999999999999998e-25  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  31.16 
 
 
331 aa  115  1.0000000000000001e-24  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  32.31 
 
 
372 aa  115  1.0000000000000001e-24  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  32.22 
 
 
368 aa  115  2.0000000000000002e-24  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  30.82 
 
 
331 aa  114  3e-24  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06903  histidine kinase  31.95 
 
 
341 aa  112  8.000000000000001e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007952  Bxe_B2119  multidrug resistance protein MdtN  33.43 
 
 
349 aa  110  3e-23  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2191  secretion protein HlyD family protein  29.62 
 
 
354 aa  110  3e-23  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  29.3 
 
 
374 aa  109  6e-23  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_0234  secretion protein HlyD family protein  28.92 
 
 
321 aa  107  3e-22  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal  0.600771 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  27.24 
 
 
368 aa  107  4e-22  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_7637  efflux pump protein  31.49 
 
 
385 aa  106  5e-22  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  normal  0.969695 
 
 
-
 
NC_011666  Msil_2193  multidrug resistance protein MdtN  30 
 
 
350 aa  104  2e-21  Methylocella silvestris BL2  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_3091  secretion protein HlyD family protein  27.88 
 
 
334 aa  103  6e-21  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0660  secretion protein HlyD family protein  29.37 
 
 
402 aa  102  1e-20  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009456  VC0395_0088  hypothetical protein  28.57 
 
 
376 aa  102  1e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.0000928582  n/a   
 
 
-
 
NC_009504  BOV_A0108  HlyD family secretion protein  30.8 
 
 
413 aa  102  1e-20  Brucella ovis ATCC 25840  Bacteria  normal  0.736551  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_1169  secretion protein HlyD family protein  29.94 
 
 
288 aa  101  2e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.595909  decreased coverage  0.00058772 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0434  secretion protein, HlyD family  28.1 
 
 
376 aa  100  4e-20  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.554453  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  27.96 
 
 
356 aa  100  4e-20  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0257  secretion protein, HlyD family  29.45 
 
 
337 aa  99.8  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  0.787376  n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0434  secretion protein HlyD family protein  29.45 
 
 
337 aa  99.8  6e-20  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.532566  hitchhiker  0.0000000108123 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_2212  secretion protein HlyD family protein  27.39 
 
 
285 aa  99.8  7e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.420088  hitchhiker  0.000529238 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5245  secretion protein HlyD family protein  28.83 
 
 
333 aa  98.2  2e-19  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  30.7 
 
 
343 aa  97.8  2e-19  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_1152  secretion protein HlyD family protein  29.32 
 
 
289 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  0.633173  normal  0.115972 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  30.7 
 
 
343 aa  97.4  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_1186  secretion protein HlyD family protein  29.32 
 
 
289 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.502575  normal  0.193359 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33220  hypothetical protein  31.37 
 
 
334 aa  97.4  3e-19  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal  0.0256894 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2823  hypothetical protein  31.7 
 
 
334 aa  97.8  3e-19  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  30.7 
 
 
343 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  30.7 
 
 
343 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  30.7 
 
 
343 aa  97.1  4e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  30.7 
 
 
343 aa  97.4  4e-19  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  30.7 
 
 
343 aa  96.7  5e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_4265  secretion protein HlyD family protein  29.01 
 
 
288 aa  96.7  5e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.371072  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5580  multidrug resistance protein MdtN  31.2 
 
 
349 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00541238 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3647  multidrug resistance protein MdtN  31.2 
 
 
349 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00582079  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4720  multidrug resistance protein MdtN  31.2 
 
 
349 aa  96.7  5e-19  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  28.36 
 
 
411 aa  96.7  6e-19  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0420  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  31.35 
 
 
311 aa  96.3  7e-19  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009428  Rsph17025_2257  secretion protein HlyD family protein  31.13 
 
 
368 aa  96.3  7e-19  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17025  Bacteria  normal  0.202721  normal  0.250908 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  30.38 
 
 
343 aa  95.9  8e-19  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2225  secretion protein HlyD family protein  30 
 
 
351 aa  95.9  9e-19  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  normal  0.670197 
 
 
-
 
NC_007348  Reut_B4352  multidrug resistance protein MdtN  30.79 
 
 
349 aa  95.5  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009620  Smed_4283  secretion protein HlyD family protein  29.77 
 
 
365 aa  95.9  1e-18  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  0.638187  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4202  hypothetical protein  31.56 
 
 
355 aa  95.9  1e-18  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1920  secretion protein HlyD  30.63 
 
 
383 aa  95.5  1e-18  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00498247  n/a   
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  27.14 
 
 
375 aa  95.1  1e-18  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1176  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  31.02 
 
 
311 aa  95.1  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00539162 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0484  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  31.02 
 
 
311 aa  95.1  2e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3975  multidrug resistance protein MdtN  31.95 
 
 
349 aa  94.7  2e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.337491  normal  0.0140757 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>