More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rmet_1711 on replicon NC_007973
Organism: Cupriavidus metallidurans CH34



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  100 
 
 		 378 aa  756    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  82.6 
 
 		 381 aa  581  1.0000000000000001e-165  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6454  secretion protein HlyD family protein  73.06 
 
 		 386 aa  525  1e-148  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.134299 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  70.82 
 
 		 377 aa  521  1e-147  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  70.67 
 
 		 365 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0750  secretion protein HlyD family protein  68.66 
 
 		 365 aa  465  9.999999999999999e-131  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0716  secretion protein HlyD family protein  68.09 
 
 		 365 aa  462  1e-129  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0754  secretion protein HlyD family protein  66.12 
 
 		 365 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467397  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4467  secretion protein HlyD family protein  65.87 
 
 		 361 aa  460  9.999999999999999e-129  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  50.82 
 
 		 364 aa  378  1e-104  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  50.82 
 
 		 364 aa  376  1e-103  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  52.08 
 
 		 364 aa  365  1e-100  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  38.29 
 
 		 383 aa  254  2.0000000000000002e-66  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  38.46 
 
 		 373 aa  246  6.999999999999999e-64  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  40.12 
 
 		 368 aa  233  3e-60  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  35.44 
 
 		 373 aa  216  7e-55  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  40.83 
 
 		 367 aa  215  8e-55  Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  32.49 
 
 		 355 aa  200  3e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  35.91 
 
 		 354 aa  200  3.9999999999999996e-50  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  35.07 
 
 		 354 aa  196  7e-49  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  33.43 
 
 		 349 aa  181  2e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  33.33 
 
 		 365 aa  180  4e-44  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  33.24 
 
 		 355 aa  179  7e-44  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  33.52 
 
 		 368 aa  177  2e-43  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  31.58 
 
 		 354 aa  177  3e-43  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1000  multidrug resistance efflux pump  34.27 
 
 		 354 aa  174  2.9999999999999996e-42  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000534  putative secretion protein  33.52 
 
 		 352 aa  171  2e-41  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0621  secretion protein HlyD family protein  32.38 
 
 		 352 aa  167  2.9999999999999998e-40  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.602249  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  33.61 
 
 		 354 aa  165  1.0000000000000001e-39  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4051  HlyD family secretion protein  31.05 
 
 		 357 aa  165  1.0000000000000001e-39  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0565  secretion protein HlyD family protein  32.09 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1922  putative secretion protein  31.09 
 
 		 352 aa  164  2.0000000000000002e-39  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350585  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3625  secretion protein HlyD  36.8 
 
 		 354 aa  164  2.0000000000000002e-39  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.110233  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  31.81 
 
 		 356 aa  164  3e-39  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  30.86 
 
 		 344 aa  163  6e-39  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3771  secretion protein HlyD family protein  31.81 
 
 		 352 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0541  secretion protein HlyD family protein  31.81 
 
 		 352 aa  162  8.000000000000001e-39  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0570  secretion protein HlyD family protein  31.81 
 
 		 352 aa  162  1e-38  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3434  secretion protein HlyD family protein  31.52 
 
 		 352 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0517  secretion protein HlyD family protein  31.52 
 
 		 352 aa  162  1e-38  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.148603  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3609  secretion protein HlyD family protein  31.52 
 
 		 352 aa  158  1e-37  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1783  secretion protein HlyD family protein  32 
 
 		 352 aa  154  2e-36  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1770  putative secretion protein  34.72 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  34.63 
 
 		 352 aa  150  4e-35  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  31.83 
 
 		 331 aa  145  1e-33  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  31.53 
 
 		 331 aa  144  3e-33  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  34.6 
 
 		 343 aa  142  8e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  34.6 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  34.6 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  34.6 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  30.77 
 
 		 349 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  34.6 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  34.26 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6554  multidrug resistance protein MdtN  32.08 
 
 		 351 aa  140  3e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  34.26 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  34.26 
 
 		 343 aa  139  6e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  30.82 
 
 		 374 aa  133  3.9999999999999996e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2823  hypothetical protein  30.42 
 
 		 334 aa  131  2.0000000000000002e-29  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  31.23 
 
 		 372 aa  129  8.000000000000001e-29  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_3613  secretion protein HlyD family protein  32.69 
 
 		 422 aa  129  1.0000000000000001e-28  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  0.281428  hitchhiker  0.00219458 
 
 
-
 
NC_010581  Bind_0195  multidrug resistance protein MdtN  32.29 
 
 		 362 aa  129  1.0000000000000001e-28  Beijerinckia indica subsp. indica ATCC 9039  Bacteria  normal  0.0296812  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_2705  secretion protein HlyD family protein  28.02 
 
 		 368 aa  127  4.0000000000000003e-28  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3975  multidrug resistance protein MdtN  32.81 
 
 		 349 aa  127  5e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.337491  normal  0.0140757 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33220  hypothetical protein  30.19 
 
 		 334 aa  126  6e-28  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0256894 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_2634  secretion protein HlyD family protein  29.52 
 
 		 375 aa  126  7e-28  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1056  multidrug resistance protein MdtN  32.34 
 
 		 349 aa  125  1e-27  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333157  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2225  secretion protein HlyD family protein  30.09 
 
 		 351 aa  124  2e-27  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670197 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  29.85 
 
 		 366 aa  123  6e-27  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2100  secretion protein HlyD family protein  30 
 
 		 351 aa  123  6e-27  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528355 
 
 
-
 
NC_013517  Sterm_0470  secretion protein HlyD family protein  23.81 
 
 		 379 aa  122  8e-27  Sebaldella termitidis ATCC 33386  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1874  secretion protein HlyD family protein  30.98 
 
 		 351 aa  122  8e-27  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.982887 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  29.25 
 
 		 368 aa  122  9e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  32.16 
 
 		 366 aa  122  9.999999999999999e-27  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_010505  Mrad2831_5245  secretion protein HlyD family protein  30.29 
 
 		 333 aa  120  3.9999999999999996e-26  Methylobacterium radiotolerans JCM 2831  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2656  secretion protein HlyD  31.8 
 
 		 326 aa  120  3.9999999999999996e-26  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0563268  normal  1 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5580  multidrug resistance protein MdtN  32.54 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00541238 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3647  multidrug resistance protein MdtN  32.54 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00582079  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4720  multidrug resistance protein MdtN  32.54 
 
 		 349 aa  119  6e-26  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00623543 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_1507  secretion protein HlyD family protein  27.54 
 
 		 351 aa  119  7e-26  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.194742  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_0660  secretion protein HlyD family protein  28.61 
 
 		 402 aa  119  9.999999999999999e-26  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RS00899  putative multidrug resistance transmembrane protein  32.27 
 
 		 363 aa  118  1.9999999999999998e-25  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.359729  normal  1 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4577  multidrug resistance protein MdtN  31.61 
 
 		 349 aa  118  1.9999999999999998e-25  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.603811  hitchhiker  0.0000103156 
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3904  efflux pump membrane protein  29.97 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0097  secretion protein HlyD family protein  28.52 
 
 		 354 aa  117  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_5592  HlyD family multidrug resistance protein  30.84 
 
 		 381 aa  118  1.9999999999999998e-25  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.306614  normal  1 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2004  secretion protein HlyD family protein  27.04 
 
 		 380 aa  118  1.9999999999999998e-25  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3362  secretion protein HlyD family protein  29.55 
 
 		 413 aa  117  3.9999999999999997e-25  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242557 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4112  multidrug resistance protein MdtN  31.29 
 
 		 349 aa  116  7.999999999999999e-25  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.718729  normal  0.0575764 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1144  secretion protein HlyD family protein  31.18 
 
 		 374 aa  115  8.999999999999998e-25  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.143245  normal  0.639337 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4954  auxiliary transport protein, membrane fusion protein (MFP) family  27.67 
 
 		 378 aa  115  8.999999999999998e-25  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03441  membrane fusion protein (MFP) component of efflux pump, signal anchor  27.67 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0123  secretion protein HlyD family protein  27.67 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03392  hypothetical protein  27.67 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2360  secretion protein HlyD family protein  33.99 
 
 		 344 aa  115  1.0000000000000001e-24  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4082  membrane fusion protein family protein  27.67 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009485  BBta_5589  HlyD family multidrug resistance protein protein  29.97 
 
 		 346 aa  115  1.0000000000000001e-24  Bradyrhizobium sp. BTAi1  Bacteria  normal  1  normal  0.346185 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0127  secretion protein HlyD family protein  27.67 
 
 		 378 aa  115  1.0000000000000001e-24  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A0238  secretion protein HlyD  30.5 
 
 		 375 aa  115  2.0000000000000002e-24  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_05111  hypothetical protein  28.45 
 
 		 376 aa  115  2.0000000000000002e-24  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008544  Bcen2424_6548  secretion protein HlyD family protein  30.12 
 
 		 475 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>