More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Smed_5668 on replicon NC_009621
Organism: Sinorhizobium medicae WSM419



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009621  Smed_5668  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 		 367 aa  736    Sinorhizobium medicae WSM419  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_2397  secretion protein HlyD family protein  73.96 
 
 		 368 aa  511  1e-144  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  0.584067  decreased coverage  0.00226725 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0683  secretion protein HlyD family protein  47.19 
 
 		 354 aa  305  1.0000000000000001e-81  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.346077 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4163  HlyD family secretion protein  41.31 
 
 		 373 aa  291  1e-77  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003314  multidrug resistance efflux pump  43.39 
 
 		 354 aa  281  2e-74  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1216  secretion protein HlyD family protein  38.57 
 
 		 383 aa  261  2e-68  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  0.0651482  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_1711  secretion protein HlyD  40 
 
 		 378 aa  240  2e-62  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.187686  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_44200  multidrug efflux pump membrane fusion protein  41.55 
 
 		 377 aa  241  2e-62  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  0.2451  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I1904  secretion protein, HlyD family  38.67 
 
 		 373 aa  238  1e-61  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  0.382262  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1000  multidrug resistance efflux pump  42.45 
 
 		 354 aa  235  1.0000000000000001e-60  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A1739  secretion protein HlyD  41.44 
 
 		 381 aa  229  6e-59  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.963287  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2912  secretion protein HlyD family protein  38.18 
 
 		 364 aa  223  4e-57  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_2821  secretion protein HlyD family protein  37.06 
 
 		 364 aa  222  9e-57  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2743  secretion protein HlyD family protein  37.06 
 
 		 364 aa  219  3.9999999999999997e-56  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011313  VSAL_II0854  secretion protein, HlyD family  34.31 
 
 		 355 aa  199  3.9999999999999996e-50  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010625  Bphy_6454  secretion protein HlyD family protein  39.71 
 
 		 386 aa  199  5e-50  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  1  normal  0.134299 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2138  secretion protein HlyD  36.12 
 
 		 365 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  1  normal  0.953657 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_4467  secretion protein HlyD family protein  39.77 
 
 		 361 aa  198  1.0000000000000001e-49  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.0947409  normal  1 
 
 
-
 
NC_002947  PP_0716  secretion protein HlyD family protein  39.83 
 
 		 365 aa  197  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_0754  secretion protein HlyD family protein  39.39 
 
 		 365 aa  197  3e-49  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.467397  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_0750  secretion protein HlyD family protein  39.89 
 
 		 365 aa  196  6e-49  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009952  Dshi_2293  secretion protein  38.42 
 
 		 365 aa  195  8.000000000000001e-49  Dinoroseobacter shibae DFL 12  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0253  secretion protein HlyD family protein  34 
 
 		 368 aa  194  2e-48  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.195856 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003056  multidrug resistance efflux pump  34.04 
 
 		 354 aa  192  1e-47  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_3421  secretion protein HlyD family protein  36.15 
 
 		 355 aa  191  2e-47  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_1770  putative secretion protein  37.43 
 
 		 352 aa  174  1.9999999999999998e-42  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_20620  HlyD family secretion protein  37.43 
 
 		 352 aa  174  2.9999999999999996e-42  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.0045141  normal  0.878507 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A1150  multidrug resistance protein A  35.08 
 
 		 331 aa  172  6.999999999999999e-42  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02789  putative efflux pump protein  34.58 
 
 		 344 aa  171  1e-41  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009727  CBUD_0866  multidrug resistance protein A  34.77 
 
 		 331 aa  171  2e-41  Coxiella burnetii Dugway 5J108-111  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_1552  secretion protein HlyD family protein  32.64 
 
 		 349 aa  167  2e-40  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_07032  hypothetical protein  31.44 
 
 		 349 aa  157  3e-37  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_0505  secretion protein HlyD family protein  33.73 
 
 		 354 aa  155  8e-37  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  0.138606 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3625  secretion protein HlyD  35.53 
 
 		 354 aa  154  2e-36  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.110233  n/a   
 
 
-
 
NC_008048  Sala_2082  secretion protein HlyD  35.48 
 
 		 371 aa  154  2.9999999999999998e-36  Sphingopyxis alaskensis RB2256  Bacteria  normal  1  normal  0.565949 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_0621  secretion protein HlyD family protein  35.16 
 
 		 352 aa  153  5e-36  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  0.602249  n/a   
 
 
-
 
NC_009427  Saro_3793  secretion protein HlyD family protein  34.77 
 
 		 356 aa  148  1.0000000000000001e-34  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_3251  secretion protein HlyD family protein  32.49 
 
 		 356 aa  148  2.0000000000000003e-34  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.482288  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3434  secretion protein HlyD family protein  33.43 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0517  secretion protein HlyD family protein  33.43 
 
 		 352 aa  147  3e-34  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.148603  normal  1 
 
 
-
 
NC_012850  Rleg_3362  secretion protein HlyD family protein  30.79 
 
 		 413 aa  145  9e-34  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM1325  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00242557 
 
 
-
 
NC_011369  Rleg2_3104  secretion protein HlyD family protein  30.57 
 
 		 407 aa  143  4e-33  Rhizobium leguminosarum bv. trifolii WSM2304  Bacteria  normal  0.599645  normal  0.0169498 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_1783  secretion protein HlyD family protein  32.74 
 
 		 352 aa  142  7e-33  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03954  predicted membrane fusion protein of efflux pump  33 
 
 		 343 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03914  hypothetical protein  33 
 
 		 343 aa  142  9e-33  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_3945  multidrug resistance protein MdtN  33 
 
 		 343 aa  142  9e-33  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_3910  efflux pump membrane protein  33 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5590  multidrug resistance protein MdtN  32.67 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_4639  multidrug resistance protein MdtN  32.67 
 
 		 343 aa  142  9.999999999999999e-33  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000534  putative secretion protein  33.82 
 
 		 352 aa  142  9.999999999999999e-33  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1922  putative secretion protein  32.47 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.350585  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_3771  secretion protein HlyD family protein  33.14 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_0565  secretion protein HlyD family protein  33.14 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A4327  multidrug resistance protein MdtN  32.67 
 
 		 343 aa  141  1.9999999999999998e-32  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_0541  secretion protein HlyD family protein  33.14 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_33220  hypothetical protein  34.75 
 
 		 334 aa  141  1.9999999999999998e-32  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  1  normal  0.0256894 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3609  secretion protein HlyD family protein  33.33 
 
 		 352 aa  141  1.9999999999999998e-32  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_4051  HlyD family secretion protein  32.37 
 
 		 357 aa  140  3e-32  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_0570  secretion protein HlyD family protein  33.14 
 
 		 352 aa  140  3e-32  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_4546  multidrug resistance protein MdtN  32.67 
 
 		 343 aa  140  3.9999999999999997e-32  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6554  multidrug resistance protein MdtN  31.29 
 
 		 351 aa  139  6e-32  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.89511 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_2823  hypothetical protein  35.82 
 
 		 334 aa  139  6e-32  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  0.159061  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU1481  multidrug resistance protein, putative  32.59 
 
 		 372 aa  137  2e-31  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  0.318452  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2191  secretion protein HlyD family protein  31.07 
 
 		 354 aa  138  2e-31  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008254  Meso_1920  secretion protein HlyD  34.2 
 
 		 383 aa  135  9.999999999999999e-31  Chelativorans sp. BNC1  Bacteria  decreased coverage  0.00498247  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_4053  secretion protein HlyD family protein  33.83 
 
 		 349 aa  135  9.999999999999999e-31  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  1  normal  0.861449 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_2630  secretion protein HlyD family protein  30.9 
 
 		 366 aa  134  1.9999999999999998e-30  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  0.0794256  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_1605  secretion protein HlyD family protein  32.57 
 
 		 366 aa  133  5e-30  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    normal  1 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_1375  secretion protein HlyD  31.83 
 
 		 374 aa  133  5e-30  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  0.0634631  hitchhiker  0.000428617 
 
 
-
 
NC_009484  Acry_1890  secretion protein HlyD family protein  32.93 
 
 		 368 aa  133  6e-30  Acidiphilium cryptum JF-5  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_2656  secretion protein HlyD  32.11 
 
 		 326 aa  132  7.999999999999999e-30  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.0563268  normal  1 
 
 
-
 
NC_007493  RSP_2237  membrane fusion protein (MFP) family protein  36.81 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides 2.4.1  Bacteria  normal  0.951807  n/a   
 
 
-
 
NC_009049  Rsph17029_0912  secretion protein HlyD family protein  36.81 
 
 		 368 aa  132  1.0000000000000001e-29  Rhodobacter sphaeroides ATCC 17029  Bacteria  normal  0.659301  normal  0.435651 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1357  multidrug efflux pump (emrA)  33.33 
 
 		 467 aa  131  2.0000000000000002e-29  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  normal  0.0943753  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3095  secretion protein HlyD  28.53 
 
 		 410 aa  130  4.0000000000000003e-29  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007509  Bcep18194_C6854  HlyD family secretion protein  33.22 
 
 		 304 aa  129  8.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  0.840328 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_0097  secretion protein HlyD family protein  31.85 
 
 		 354 aa  129  8.000000000000001e-29  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3556  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  34.24 
 
 		 310 aa  129  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007511  Bcep18194_B1056  multidrug resistance protein MdtN  32.54 
 
 		 349 aa  129  9.000000000000001e-29  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.0333157  normal  1 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3557  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  34.24 
 
 		 310 aa  129  9.000000000000001e-29  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.839696  normal  1 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0484  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  33.78 
 
 		 311 aa  128  1.0000000000000001e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3725  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  34.24 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  1  normal  0.0948843 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1176  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  33.78 
 
 		 311 aa  129  1.0000000000000001e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00539162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3663  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  34.24 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.915768  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_2100  secretion protein HlyD family protein  29.41 
 
 		 351 aa  128  1.0000000000000001e-28  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  0.528355 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3628  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  34.24 
 
 		 310 aa  128  1.0000000000000001e-28  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  1  normal  0.0802422 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0535  multidrug resistance protein MdtN  31.63 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0596  multidrug resistance protein MdtN  31.63 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.789434  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_1874  secretion protein HlyD family protein  29.79 
 
 		 351 aa  127  3e-28  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  0.982887 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A1061  multidrug resistance protein MdtN  31.63 
 
 		 349 aa  127  3e-28  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  1  normal  0.182652 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_2225  secretion protein HlyD family protein  29.41 
 
 		 351 aa  127  3e-28  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  0.670197 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0420  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  33.11 
 
 		 311 aa  127  4.0000000000000003e-28  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3678  p-hydroxybenzoic acid efflux subunit AaeA  31.72 
 
 		 310 aa  126  5e-28  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013457  VEA_000902  multidrug resistance efflux pump  32.26 
 
 		 311 aa  126  6e-28  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3975  multidrug resistance protein MdtN  31.83 
 
 		 349 aa  126  6e-28  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.337491  normal  0.0140757 
 
 
-
 
NC_009668  Oant_4226  secretion protein HlyD family protein  31.35 
 
 		 411 aa  126  7e-28  Ochrobactrum anthropi ATCC 49188  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009784  VIBHAR_06903  histidine kinase  30.68 
 
 		 341 aa  125  1e-27  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009719  Plav_2360  secretion protein HlyD family protein  32.83 
 
 		 344 aa  125  1e-27  Parvibaculum lavamentivorans DS-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_1008  secretion protein HlyD  32.52 
 
 		 463 aa  125  1e-27  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.387294  normal  1 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1632  secretion protein HlyD family protein  31.25 
 
 		 368 aa  125  1e-27  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  0.201734  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>