More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_3549 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_002947  PP_3549  secretion protein HlyD family protein  100 
 
 
397 aa  800    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_2373  secretion protein HlyD family protein  95.72 
 
 
395 aa  736    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_2225  secretion protein HlyD family protein  98.74 
 
 
397 aa  792    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  0.818643  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2078  secretion protein HlyD family protein  89.92 
 
 
397 aa  690    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1730  secretion protein HlyD  72.91 
 
 
402 aa  589  1e-167  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_3643  secretion protein HlyD  74.25 
 
 
400 aa  585  1e-166  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  normal  0.870857  normal  0.0330116 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3748  multidrug resistance protein  71.43 
 
 
402 aa  578  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.155411  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5897  multidrug resistance protein  67.17 
 
 
400 aa  530  1e-149  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_68130  multidrug resistance protein  66.75 
 
 
394 aa  525  1e-148  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  hitchhiker  0.00130699  normal  0.0310617 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_2468  secretion protein HlyD family protein  52.86 
 
 
393 aa  434  1e-120  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01156  multidrug resistance efflux pump  59.39 
 
 
372 aa  430  1e-119  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.461805  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I2560  multidrug resistance protein  55.93 
 
 
410 aa  428  1e-119  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.634691  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_1919  multidrug resistance protein  55.67 
 
 
411 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.666477  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_1744  multidrug resistance protein  55.67 
 
 
411 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_1767  multidrug resistance protein  55.67 
 
 
411 aa  425  1e-118  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_0995  putative multidrug resistance protein  55.41 
 
 
411 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA1057  multidrug resistance protein, putative  55.41 
 
 
411 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.0394345  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A1503  putative multidrug resistance protein  55.41 
 
 
411 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_1480  secretion protein HlyD family protein  55.84 
 
 
404 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A0171  putative multidrug resistance protein  55.41 
 
 
411 aa  424  1e-117  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.152509  n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_1024  secretion protein HlyD  55.84 
 
 
404 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_1504  secretion protein HlyD family protein  55.84 
 
 
404 aa  422  1e-117  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.226713  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4645  HlyD family secretion protein  55.24 
 
 
404 aa  418  1e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.109619  normal  0.493066 
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A4889  HlyD family secretion protein  56.88 
 
 
459 aa  417  9.999999999999999e-116  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  0.392756  normal  0.502569 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1288  secretion protein HlyD family protein  56.88 
 
 
392 aa  417  9.999999999999999e-116  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  normal  0.230633 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_1751  efflux pump membrane protein  56.23 
 
 
407 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.0610226 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1386  secretion protein HlyD family protein  55.73 
 
 
407 aa  415  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_1426  secretion protein HlyD family protein  55.7 
 
 
405 aa  416  9.999999999999999e-116  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0183071 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A2024  secretion protein HlyD  55.64 
 
 
429 aa  414  1e-114  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.0436308  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc1293  multidrug resistance A (translocase) transmembrane protein  56.15 
 
 
428 aa  409  1e-113  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.538155  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3583  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  55.41 
 
 
420 aa  408  1e-113  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.0766049  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_2027  secretion protein HlyD  54.97 
 
 
413 aa  411  1e-113  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.294658  normal  0.169998 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_1634  secretion protein HlyD family protein  55.72 
 
 
453 aa  410  1e-113  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.975133  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_1725  efflux pump membrane protein  55.85 
 
 
406 aa  407  1.0000000000000001e-112  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_1214  secretion protein HlyD family protein  55.35 
 
 
429 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  0.314397  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_1636  efflux pump membrane protein  54.62 
 
 
424 aa  404  1e-111  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  decreased coverage  0.00067211 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_1123  secretion protein HlyD family protein  55.08 
 
 
429 aa  404  1e-111  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  0.911317  normal  0.519674 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A2816  major facilitator superfamily efflux pump membrane fusion protein  53.05 
 
 
413 aa  401  9.999999999999999e-111  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.106074  normal  0.653781 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2021  secretion protein HlyD family protein  53.49 
 
 
413 aa  392  1e-108  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.0240231 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_1445  secretion protein HlyD family protein  49.64 
 
 
444 aa  381  1e-104  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_2416  secretion protein HlyD family protein  53.19 
 
 
437 aa  377  1e-103  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.975538 
 
 
-
 
NC_007974  Rmet_4314  MFS efflux pump, membrane fusion protein, EmrA subfamily  50.91 
 
 
423 aa  376  1e-103  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0262  secretion protein HlyD family protein  51.35 
 
 
405 aa  371  1e-101  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00123427 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_3490  secretion protein HlyD family protein  52.73 
 
 
448 aa  365  1e-100  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  0.592297  n/a   
 
 
-
 
NC_010623  Bphy_4021  secretion protein HlyD family protein  52.69 
 
 
451 aa  368  1e-100  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.228244  normal 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0257  secretion protein HlyD family protein  51.36 
 
 
402 aa  366  1e-100  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_3235  secretion protein HlyD  50.75 
 
 
465 aa  363  3e-99  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.265062  normal 
 
 
-
 
NC_007336  Reut_C6205  secretion protein HlyD  53.45 
 
 
450 aa  362  5.0000000000000005e-99  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  0.127149  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5574  secretion protein HlyD family protein  54.02 
 
 
480 aa  352  5.9999999999999994e-96  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_1515  secretion protein HlyD  47.77 
 
 
405 aa  351  1e-95  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  0.498978  n/a   
 
 
-
 
NC_007984  BCI_0460  multidrug resistance protein  48.48 
 
 
403 aa  350  3e-95  Baumannia cicadellinicola str. Hc (Homalodisca coagulata)  Bacteria  normal  0.884566  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0858  efflux pump membrane protein  45.9 
 
 
391 aa  345  8.999999999999999e-94  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3330  efflux pump membrane protein  43.85 
 
 
391 aa  342  1e-92  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_3743  efflux pump membrane protein  45.15 
 
 
390 aa  341  1e-92  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  normal  0.881561  normal  0.148039 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2004  secretion protein HlyD family protein  45.82 
 
 
380 aa  339  5e-92  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_3743  secretion protein HlyD family protein  50.96 
 
 
453 aa  337  1.9999999999999998e-91  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  decreased coverage  0.00143217  normal  0.519955 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3338  efflux pump membrane protein  44.73 
 
 
390 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  0.615616  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3460  multidrug resistance protein A  44.73 
 
 
390 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3201  multidrug resistance protein A  44.73 
 
 
390 aa  337  1.9999999999999998e-91  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_3486  efflux pump membrane protein  42.82 
 
 
391 aa  337  2.9999999999999997e-91  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007643  Rru_A0859  secretion protein HlyD  49.73 
 
 
402 aa  337  2.9999999999999997e-91  Rhodospirillum rubrum ATCC 11170  Bacteria  normal  0.556695  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_0890  efflux pump membrane protein  45.38 
 
 
391 aa  333  5e-90  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.0249504  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02540  multidrug efflux system  45.71 
 
 
390 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_02505  hypothetical protein  45.71 
 
 
390 aa  323  4e-87  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2968  multidrug resistance protein A  45.71 
 
 
390 aa  323  4e-87  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  0.157313  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2807  multidrug resistance protein A  45.71 
 
 
390 aa  323  4e-87  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  hitchhiker  0.000414824  hitchhiker  0.00826621 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2821  multidrug resistance protein A  45.71 
 
 
390 aa  323  4e-87  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1022  efflux pump membrane protein  45.71 
 
 
390 aa  323  4e-87  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.727271  normal  0.0227655 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0999  efflux pump membrane protein  45.45 
 
 
390 aa  323  5e-87  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  0.486081  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3930  multidrug resistance protein A  48.31 
 
 
394 aa  320  1.9999999999999998e-86  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.725166 
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3191  multidrug resistance protein A  48.02 
 
 
390 aa  318  1e-85  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.168067  n/a   
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3163  efflux pump membrane protein  46.36 
 
 
390 aa  315  7e-85  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3120  multidrug resistance protein A  44.47 
 
 
390 aa  312  6.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.0308659 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3014  multidrug resistance protein A  44.22 
 
 
390 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00193784 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B2931  multidrug resistance protein A  44.22 
 
 
390 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A2962  multidrug resistance protein A  44.22 
 
 
390 aa  312  7.999999999999999e-84  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  0.832708  hitchhiker  0.00715907 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C2997  multidrug resistance protein A  44.22 
 
 
390 aa  311  1e-83  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00138717 
 
 
-
 
NC_011004  Rpal_4219  secretion protein HlyD family protein  51.67 
 
 
386 aa  291  2e-77  Rhodopseudomonas palustris TIE-1  Bacteria  normal  0.439503  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E2737  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  41.64 
 
 
387 aa  290  4e-77  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.778541  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_3599  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  41.64 
 
 
387 aa  289  8e-77  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0273562 
 
 
-
 
CP001509  ECD_02278  EmrKY-TolC multidrug resistance efflux pump, membrane fusion protein component  41.64 
 
 
387 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  normal  0.29421  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_1289  efflux pump membrane protein  41.64 
 
 
387 aa  288  1e-76  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A2505  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  41.64 
 
 
387 aa  288  1e-76  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.012377  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_1301  efflux pump membrane protein  41.64 
 
 
387 aa  288  1e-76  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  0.632829  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02239  hypothetical protein  41.64 
 
 
387 aa  288  1e-76  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.371729  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_2518  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  41.18 
 
 
387 aa  288  1e-76  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_2654  drug resistance MFS transporter, membrane fusion protein (MFP) subunit EmrK  41.38 
 
 
387 aa  285  1.0000000000000001e-75  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_3230  secretion protein HlyD family protein  49.42 
 
 
395 aa  285  1.0000000000000001e-75  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal  0.267939 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A1021  multidrug resistance protein VceA  41.8 
 
 
395 aa  278  9e-74  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009426  Saro_3904  efflux pump membrane protein  40.74 
 
 
381 aa  265  1e-69  Novosphingobium aromaticivorans DSM 12444  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1144  secretion protein HlyD family protein  43.11 
 
 
374 aa  263  4e-69  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.143245  normal  0.639337 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_3187  secretion protein HlyD family protein  41.02 
 
 
375 aa  256  4e-67  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0368  multidrug resistance protein  44.48 
 
 
489 aa  254  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.672597  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A2100  multidrug resistance protein  44.48 
 
 
489 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A0818  multidrug resistance secretion protein  44.48 
 
 
489 aa  255  1.0000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.388202  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_0192  multidrug resistance protein A  44.48 
 
 
417 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008784  BMASAVP1_0456  multidrug resistance protein  44.48 
 
 
457 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1013  putative multidrug resistance protein  44.48 
 
 
417 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1987  putative multidrug resistance protein  44.48 
 
 
457 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.0847932  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A1416  multidrug resistance protein  44.48 
 
 
457 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.304514  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>