151 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4114 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4114  two component regulator propeller domain-containing protein  100 
 
 		 377 aa  758    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0168145 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4115  two component regulator propeller domain-containing protein  36.99 
 
 		 357 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0684737 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  27.86 
 
 		 1054 aa  97.8  3e-19  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  27.54 
 
 		 1346 aa  92  1e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  28.57 
 
 		 1211 aa  91.7  2e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  25.14 
 
 		 965 aa  91.3  3e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  27.2 
 
 		 1008 aa  90.9  3e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  26.97 
 
 		 1327 aa  89.4  9e-17  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  33.17 
 
 		 1185 aa  86.3  8e-16  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  26.76 
 
 		 1105 aa  86.3  9e-16  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_2442  periplasmic sensor signal transduction histidine kinase  25.82 
 
 		 1030 aa  85.5  0.000000000000001  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.223882  normal  0.750566 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  25.35 
 
 		 1378 aa  85.5  0.000000000000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  26.46 
 
 		 1407 aa  82.8  0.000000000000009  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  26.86 
 
 		 1526 aa  81.3  0.00000000000003  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  27.99 
 
 		 1313 aa  80.5  0.00000000000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  25.43 
 
 		 1335 aa  80.5  0.00000000000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  25.27 
 
 		 1070 aa  80.1  0.00000000000006  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  26.43 
 
 		 1258 aa  79.7  0.00000000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  25.53 
 
 		 1397 aa  78.2  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  25.56 
 
 		 1093 aa  78.6  0.0000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  24.38 
 
 		 1342 aa  78.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  27.18 
 
 		 1070 aa  78.6  0.0000000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  26.86 
 
 		 1378 aa  75.5  0.000000000001  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3908  periplasmic ligand-binding sensor protein  29.39 
 
 		 386 aa  75.5  0.000000000002  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  25.07 
 
 		 1370 aa  74.3  0.000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  24.78 
 
 		 1118 aa  74.3  0.000000000004  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  22.45 
 
 		 1005 aa  73.9  0.000000000004  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2154  two component regulator propeller domain-containing protein  28.35 
 
 		 359 aa  73.6  0.000000000005  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  24.92 
 
 		 1086 aa  73.2  0.000000000006  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  25.38 
 
 		 1278 aa  73.2  0.000000000008  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1429  two component regulator propeller domain protein  24.23 
 
 		 695 aa  72  0.00000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.191766  n/a   
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  25.45 
 
 		 1194 aa  71.6  0.00000000002  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  26.55 
 
 		 1374 aa  72  0.00000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  29.61 
 
 		 1175 aa  72  0.00000000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  22.87 
 
 		 1355 aa  70.5  0.00000000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  29.35 
 
 		 1181 aa  70.9  0.00000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  23.68 
 
 		 1396 aa  70.5  0.00000000005  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0790  two component regulator propeller domain-containing protein  25.07 
 
 		 692 aa  70.1  0.00000000005  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  23.96 
 
 		 1374 aa  70.5  0.00000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  24.35 
 
 		 1340 aa  69.7  0.00000000009  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  30.27 
 
 		 976 aa  69.3  0.0000000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  24.36 
 
 		 1334 aa  69.3  0.0000000001  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  24.4 
 
 		 1374 aa  68.6  0.0000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2949  two component regulator propeller domain-containing protein  25.09 
 
 		 397 aa  68.2  0.0000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0297618  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  28.93 
 
 		 1004 aa  67.8  0.0000000003  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.64 
 
 		 1453 aa  67.8  0.0000000003  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  24.44 
 
 		 1388 aa  67.4  0.0000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  25.34 
 
 		 985 aa  67.4  0.0000000004  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  23.13 
 
 		 1363 aa  66.6  0.0000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  24.44 
 
 		 1250 aa  65.5  0.000000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  24.05 
 
 		 946 aa  65.1  0.000000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1617  ATP-binding region ATPase domain protein  25.23 
 
 		 975 aa  65.1  0.000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  24.29 
 
 		 1355 aa  64.7  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  26.44 
 
 		 1349 aa  64.7  0.000000003  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2980  histidine kinase  35.29 
 
 		 1311 aa  64.3  0.000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.229379  normal  0.450681 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  24.92 
 
 		 967 aa  63.9  0.000000005  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0403  two component regulator propeller domain protein  29.7 
 
 		 711 aa  63.2  0.000000007  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  23.99 
 
 		 1079 aa  62.8  0.00000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  22.5 
 
 		 1306 aa  62.8  0.00000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  25.78 
 
 		 1366 aa  60.8  0.00000004  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  23.43 
 
 		 1053 aa  60.5  0.00000005  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  25.25 
 
 		 1404 aa  60.5  0.00000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_0461  two component regulator propeller domain protein  25.49 
 
 		 765 aa  60.5  0.00000005  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  22.87 
 
 		 987 aa  58.9  0.0000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.45 
 
 		 1505 aa  59.3  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.40172  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_3543  Hpt sensor hybrid histidine kinase  26.09 
 
 		 1498 aa  58.9  0.0000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.476146  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  26 
 
 		 1504 aa  59.3  0.0000001  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  23.4 
 
 		 1242 aa  58.9  0.0000001  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  28.22 
 
 		 1024 aa  59.3  0.0000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  28.9 
 
 		 1505 aa  58.5  0.0000002  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  23.27 
 
 		 1384 aa  57.8  0.0000003  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  24.06 
 
 		 1093 aa  57.8  0.0000003  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.71 
 
 		 1511 aa  57.4  0.0000004  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  23.27 
 
 		 1373 aa  57.4  0.0000004  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2353  signal transduction histidine kinase, LytS  24.43 
 
 		 1021 aa  57.4  0.0000005  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_1633  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  41.94 
 
 		 1447 aa  56.6  0.0000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  0.15537 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_3521  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  19.83 
 
 		 1237 aa  57  0.0000006  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_3084  sensory box protein  35.29 
 
 		 1422 aa  56.6  0.0000007  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  28.57 
 
 		 1034 aa  56.2  0.0000009  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0311  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  25.5 
 
 		 1504 aa  55.1  0.000002  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  22.56 
 
 		 1084 aa  54.7  0.000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  24.22 
 
 		 1494 aa  55.1  0.000002  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  22.22 
 
 		 1316 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2076  histidine kinase  29.6 
 
 		 1373 aa  55.5  0.000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_2318  histidine kinase  23.38 
 
 		 1298 aa  54.7  0.000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3143  two component regulator propeller domain protein  28.35 
 
 		 361 aa  54.7  0.000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1872  sensor histidine kinase  23.78 
 
 		 1046 aa  54.7  0.000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  21.47 
 
 		 1114 aa  53.9  0.000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0230  two-component sensor histidine kinase/response regulator  29.41 
 
 		 177 aa  53.5  0.000005  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.949413  normal  0.193124 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_2421  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  30.23 
 
 		 1437 aa  53.5  0.000005  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  normal  1  normal  0.261308 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  26.16 
 
 		 1018 aa  53.5  0.000006  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_6436  histidine kinase  29.85 
 
 		 1418 aa  53.5  0.000006  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.05 
 
 		 1276 aa  53.5  0.000006  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  25.4 
 
 		 1075 aa  53.1  0.000008  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1532  GGDEF domain-containing protein  28.74 
 
 		 1450 aa  52.8  0.000009  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_2456  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  26.09 
 
 		 1438 aa  52.8  0.000009  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1621  two component regulator propeller  25.73 
 
 		 425 aa  52.4  0.00001  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_2757  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.49 
 
 		 1419 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_2774  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.49 
 
 		 1419 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2851  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  25.49 
 
 		 1419 aa  52.4  0.00001  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.000359916 
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>