157 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Lcho_4115 on replicon NC_010524
Organism: Leptothrix cholodnii SP-6



Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_010524  Lcho_4115  two component regulator propeller domain-containing protein  100 
 
 		 357 aa  715    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0684737 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_4114  two component regulator propeller domain-containing protein  36.79 
 
 		 377 aa  187  2e-46  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.0168145 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1703  histidine kinase  31.68 
 
 		 1346 aa  124  4e-27  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0559  histidine kinase  25.98 
 
 		 1327 aa  104  3e-21  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  hitchhiker  0.00477073  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1317  ATP-binding region ATPase domain protein  27.84 
 
 		 1370 aa  102  9e-21  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0790  two component regulator propeller domain-containing protein  29.43 
 
 		 692 aa  101  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_2019  histidine kinase  23.28 
 
 		 1316 aa  96.7  5e-19  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.523526  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2140  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  27.3 
 
 		 1211 aa  96.3  7e-19  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.382987 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5621  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  29.91 
 
 		 1258 aa  95.9  9e-19  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.879931  normal  0.634334 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0921  histidine kinase  25.95 
 
 		 1105 aa  95.1  2e-18  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.615746 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0812  histidine kinase  28.06 
 
 		 1335 aa  94.4  3e-18  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.127825  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2726  ATP-binding region ATPase domain protein  23.85 
 
 		 1355 aa  92  1e-17  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.119041  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1429  two component regulator propeller domain protein  26.6 
 
 		 695 aa  90.5  4e-17  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  0.191766  n/a   
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2605  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  25.4 
 
 		 1453 aa  90.1  5e-17  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_4193  histidine kinase  24.24 
 
 		 1400 aa  89.4  9e-17  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  decreased coverage  0.00660029  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_2607  GGDEF domain-containing protein  23.72 
 
 		 1054 aa  88.2  2e-16  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.202674  n/a   
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_0792  histidine kinase  24.24 
 
 		 1378 aa  88.6  2e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  1  normal  0.134077 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1574  histidine kinase  26.63 
 
 		 1378 aa  87  5e-16  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.455228  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0783  ATP-binding region ATPase domain protein  26.86 
 
 		 1374 aa  86.3  7e-16  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008261  CPF_1764  sensor histidine kinase/response regulator  32.54 
 
 		 1093 aa  84.7  0.000000000000002  Clostridium perfringens ATCC 13124  Bacteria  normal  0.412354  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_0505  response regulator receiver  23.15 
 
 		 1334 aa  84.3  0.000000000000003  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_1331  sensor histidine kinase/response regulator  25.29 
 
 		 1118 aa  84.3  0.000000000000003  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6165  histidine kinase  25.85 
 
 		 1397 aa  83.2  0.000000000000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  decreased coverage  0.0000541195 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_01691  histidine kinase/response regulator hybrid protein  29.55 
 
 		 1185 aa  82.4  0.00000000000001  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.578363  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5544  histidine kinase  24.57 
 
 		 1306 aa  81.3  0.00000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.122286  normal  1 
 
 
-
 
NC_008262  CPR_1493  sensor histidine kinase/response regulator  31.4 
 
 		 1086 aa  80.5  0.00000000000004  Clostridium perfringens SM101  Bacteria  normal  0.0890895  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_1301  two component regulator propeller domain protein  28.45 
 
 		 1008 aa  80.5  0.00000000000004  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.503431  normal  0.30236 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_2852  histidine kinase  24.1 
 
 		 1342 aa  79.7  0.00000000000007  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  decreased coverage  0.0012841  normal  1 
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_105  histidine kinase CheY-like domain protein  24.51 
 
 		 1070 aa  79.7  0.00000000000007  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_0343  methyl-accepting chemotaxis sensory transducer  26.54 
 
 		 1079 aa  79  0.0000000000001  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4824  histidine kinase  24.79 
 
 		 1024 aa  78.6  0.0000000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.0714049  normal  0.112759 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_1335  histidine kinase  26.15 
 
 		 1278 aa  77.8  0.0000000000002  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  1  normal  0.820531 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_6369  histidine kinase  27.34 
 
 		 1366 aa  78.6  0.0000000000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_1699  ATP-binding region, ATPase-like protein  24.89 
 
 		 1396 aa  77.4  0.0000000000003  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.170141  n/a   
 
 
-
 
NC_013162  Coch_1010  histidine kinase  24.77 
 
 		 1347 aa  77.4  0.0000000000003  Capnocytophaga ochracea DSM 7271  Bacteria  normal  0.0363668  n/a   
 
 
-
 
NC_007413  Ava_3908  periplasmic ligand-binding sensor protein  26.44 
 
 		 386 aa  77  0.0000000000004  Anabaena variabilis ATCC 29413  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_1754  histidine kinase  26.92 
 
 		 1407 aa  77  0.0000000000004  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_0993  ligand-binding sensor domain-containing protein  24.35 
 
 		 1250 aa  76.6  0.0000000000006  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_1617  ATP-binding region ATPase domain protein  23.12 
 
 		 975 aa  76.6  0.0000000000006  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.269144  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0448  histidine kinase  25.08 
 
 		 1114 aa  76.6  0.0000000000007  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.823175  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_3143  two component regulator propeller domain protein  23.16 
 
 		 361 aa  76.3  0.0000000000008  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_4600  two component regulator propeller domain protein  27.05 
 
 		 1194 aa  75.9  0.000000000001  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  1  normal  0.779291 
 
 
-
 
NC_009455  DehaBAV1_0275  histidine kinase  21.88 
 
 		 1070 aa  75.1  0.000000000002  Dehalococcoides sp. BAV1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2832  ATP-binding region ATPase domain protein  27.81 
 
 		 1340 aa  74.7  0.000000000002  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.0201204  hitchhiker  0.008817 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_2733  putative periplasmic ligand-binding sensor protein  24.68 
 
 		 965 aa  74.3  0.000000000003  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_0550  histidine kinase  22.16 
 
 		 1388 aa  73.6  0.000000000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.23656  normal  0.89256 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_0667  response regulator receiver domain-containing protein  23.85 
 
 		 1526 aa  73.2  0.000000000006  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.0280955  hitchhiker  0.000000898802 
 
 
-
 
NC_008554  Sfum_1621  two component regulator propeller  29.77 
 
 		 425 aa  73.2  0.000000000006  Syntrophobacter fumaroxidans MPOB  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4560  histidine kinase  25.84 
 
 		 1313 aa  72.4  0.00000000001  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.498007  normal  0.022289 
 
 
-
 
NC_014248  Aazo_2154  two component regulator propeller domain-containing protein  24.53 
 
 		 359 aa  72.4  0.00000000001  'Nostoc azollae' 0708  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002967  TDE1685  GGDEF domain-containing protein  22.95 
 
 		 987 aa  71.6  0.00000000002  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  decreased coverage  0.00461565  n/a   
 
 
-
 
NC_013552  DhcVS_84  histidine kinase  24.36 
 
 		 1084 aa  72  0.00000000002  Dehalococcoides sp. VS  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3872  histidine kinase  24.32 
 
 		 1373 aa  69.7  0.00000000008  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.0459124  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2648  response regulator receiver  26.09 
 
 		 1363 aa  69.7  0.00000000008  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002967  TDE0156  adenylate/guanylate cyclase catalytic domain-containing protein  21.39 
 
 		 1075 aa  68.9  0.0000000001  Treponema denticola ATCC 35405  Bacteria  unclonable  0.000640114  n/a   
 
 
-
 
NC_013730  Slin_4321  histidine kinase  25.37 
 
 		 1355 aa  68.9  0.0000000001  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.295286 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_5256  histidine kinase  24.11 
 
 		 1063 aa  68.6  0.0000000002  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  0.015523  normal  1 
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3120  histidine kinase  23.19 
 
 		 1344 aa  68.2  0.0000000002  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  0.628446  n/a   
 
 
-
 
NC_012880  Dd703_1225  diguanylate cyclase with beta propeller sensor  25.07 
 
 		 985 aa  68.6  0.0000000002  Dickeya dadantii Ech703  Bacteria  normal  0.90661  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1872  sensor histidine kinase  25.33 
 
 		 1046 aa  67.4  0.0000000004  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_1027  diguanylate cyclase/phosphodiesterase  24.2 
 
 		 1276 aa  67  0.0000000005  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_01175  GGDEF domain protein  28.06 
 
 		 1351 aa  67  0.0000000005  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_013061  Phep_4008  response regulator receiver  23.44 
 
 		 1374 aa  67  0.0000000005  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  0.702059  normal  1 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2155  two component regulator propeller domain protein  23.73 
 
 		 534 aa  66.2  0.0000000008  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  normal  1  normal  0.235717 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3648  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  21.59 
 
 		 1511 aa  65.9  0.000000001  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011831  Cagg_0403  two component regulator propeller domain protein  28.24 
 
 		 711 aa  65.5  0.000000002  Chloroflexus aggregans DSM 9485  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_4681  GGDEF domain-containing protein  22.69 
 
 		 1034 aa  63.9  0.000000004  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3298  sensory box protein  23.32 
 
 		 1494 aa  63.5  0.000000005  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  0.217559 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0755  GGDEF domain-containing protein  24.06 
 
 		 1053 aa  63.5  0.000000006  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_3354  PAS/PAC sensor signal transduction histidine kinase  22.53 
 
 		 1242 aa  63.5  0.000000006  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013501  Rmar_1006  histidine kinase  29.94 
 
 		 967 aa  62.8  0.000000008  Rhodothermus marinus DSM 4252  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3042  integral membrane sensor hybrid histidine kinase  25.49 
 
 		 1181 aa  62.8  0.000000008  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.227036  normal  1 
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_3749  putative signal transduction histidine kinase  24.36 
 
 		 1018 aa  62.8  0.000000009  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.0973084  normal  1 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_1665  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  29.3 
 
 		 1505 aa  62.4  0.00000001  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  normal  0.40172  n/a   
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0415  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  24.22 
 
 		 1486 aa  62.4  0.00000001  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A0967  GGDEF family protein  24.56 
 
 		 976 aa  62.8  0.00000001  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  0.1127  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_1316  diguanylate cyclase  26.36 
 
 		 1004 aa  61.6  0.00000002  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  0.730261  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_02778  GGDEF protein  24.45 
 
 		 946 aa  61.6  0.00000002  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3829  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC sensor(s)  20.8 
 
 		 1505 aa  60.8  0.00000003  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5389  histidine kinase  21.93 
 
 		 1414 aa  60.8  0.00000003  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  1  normal  0.157534 
 
 
-
 
NC_013061  Phep_2824  ATP-binding region ATPase domain protein  22.19 
 
 		 1374 aa  60.8  0.00000004  Pedobacter heparinus DSM 2366  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010571  Oter_2949  two component regulator propeller domain-containing protein  28.49 
 
 		 397 aa  60.5  0.00000004  Opitutus terrae PB90-1  Bacteria  normal  0.0297618  normal  0.920735 
 
 
-
 
NC_013730  Slin_2107  two component transcriptional regulator, AraC family  23.97 
 
 		 1349 aa  60.5  0.00000005  Spirosoma linguale DSM 74  Bacteria  decreased coverage  0.000288147  normal  0.419692 
 
 
-
 
NC_014230  CA2559_05925  GGDEF domain protein  22.46 
 
 		 1005 aa  60.1  0.00000006  Croceibacter atlanticus HTCC2559  Bacteria  normal  0.40002  n/a   
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_5951  signal transduction histidine kinase, LytS  37.66 
 
 		 975 aa  60.1  0.00000006  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.580279  normal  0.0504112 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_2298  histidine kinase  22.75 
 
 		 1093 aa  59.7  0.00000008  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4026  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.84 
 
 		 1508 aa  59.3  0.00000009  Shewanella baltica OS185  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008255  CHU_0230  two-component sensor histidine kinase/response regulator  28.66 
 
 		 177 aa  58.2  0.0000002  Cytophaga hutchinsonii ATCC 33406  Bacteria  normal  0.949413  normal  0.193124 
 
 
-
 
NC_013132  Cpin_4159  histidine kinase  22.49 
 
 		 1017 aa  58.5  0.0000002  Chitinophaga pinensis DSM 2588  Bacteria  normal  0.0934723  normal  0.139569 
 
 
-
 
NC_010338  Caul_0622  histidine kinase  24.14 
 
 		 1013 aa  58.2  0.0000002  Caulobacter sp. K31  Bacteria  normal  1  normal  0.378276 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3041  histidine kinase  25.7 
 
 		 1175 aa  58.5  0.0000002  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.551193  normal  1 
 
 
-
 
NC_013037  Dfer_1489  histidine kinase  25.29 
 
 		 1404 aa  58.2  0.0000002  Dyadobacter fermentans DSM 18053  Bacteria  normal  0.639294  normal  0.537564 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_1105  signal transduction histidine kinase-like protein  25.53 
 
 		 1141 aa  57.8  0.0000003  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0341  sensory box protein  23.17 
 
 		 1515 aa  57.4  0.0000004  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009441  Fjoh_3862  histidine kinase  22.22 
 
 		 1384 aa  57  0.0000005  Flavobacterium johnsoniae UW101  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_3424  GGDEF domain-containing protein  22.58 
 
 		 1502 aa  56.6  0.0000006  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_2667  histidine kinase  30.58 
 
 		 1017 aa  56.6  0.0000006  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  0.865327  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4145  diguanylate cyclase/phosphodiesterase with PAS/PAC and GAF sensor(s)  22.53 
 
 		 1508 aa  56.6  0.0000006  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_00965  Putative signal protein with GGDEF domain  38.1 
 
 		 973 aa  56.6  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.051643  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_06201  Putative signal protein with GGDEF domain  38.1 
 
 		 973 aa  56.6  0.0000006  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.147648  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 2    << first  < prev  1  2    next >  last >>