More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dd1591_1907 on replicon NC_012912
Organism: Dickeya zeae Ech1591



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  100 
 
 
691 aa  1416    Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  71.94 
 
 
689 aa  1027    Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  45.83 
 
 
700 aa  585  1e-166  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  44.13 
 
 
699 aa  579  1e-164  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  45.96 
 
 
696 aa  551  1e-155  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  29.96 
 
 
612 aa  237  5.0000000000000005e-61  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  29.13 
 
 
600 aa  225  2e-57  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  28.44 
 
 
604 aa  221  3e-56  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  28.27 
 
 
623 aa  219  1e-55  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  28.67 
 
 
568 aa  201  3e-50  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.85 
 
 
512 aa  196  2e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.55 
 
 
588 aa  192  2e-47  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.66 
 
 
683 aa  189  2e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.1 
 
 
588 aa  186  1.0000000000000001e-45  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.17 
 
 
624 aa  186  1.0000000000000001e-45  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.1 
 
 
630 aa  185  2.0000000000000003e-45  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.89 
 
 
588 aa  185  3e-45  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.92 
 
 
591 aa  183  1e-44  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29 
 
 
567 aa  176  9.999999999999999e-43  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.28 
 
 
505 aa  175  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.28 
 
 
505 aa  175  2.9999999999999996e-42  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.59 
 
 
514 aa  173  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.39 
 
 
556 aa  173  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.81 
 
 
666 aa  173  1e-41  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.59 
 
 
514 aa  173  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.59 
 
 
514 aa  173  1e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.42 
 
 
514 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.3 
 
 
491 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.67 
 
 
589 aa  165  3e-39  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.11 
 
 
491 aa  165  3e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.8 
 
 
561 aa  165  3e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  26.6 
 
 
599 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.42 
 
 
601 aa  163  1e-38  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  26.6 
 
 
599 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  26.6 
 
 
599 aa  162  1e-38  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  27.89 
 
 
736 aa  162  2e-38  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  26.59 
 
 
605 aa  161  3e-38  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.6 
 
 
599 aa  162  3e-38  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.51 
 
 
601 aa  161  5e-38  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.8 
 
 
637 aa  158  3e-37  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.38 
 
 
680 aa  150  8e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.38 
 
 
681 aa  150  8e-35  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.73 
 
 
497 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  26.22 
 
 
566 aa  146  1e-33  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.73 
 
 
497 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.73 
 
 
497 aa  146  1e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.73 
 
 
497 aa  145  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.41 
 
 
617 aa  145  2e-33  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.73 
 
 
497 aa  146  2e-33  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.14 
 
 
678 aa  145  2e-33  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  24.2 
 
 
681 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  24.2 
 
 
681 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  24.2 
 
 
681 aa  141  3.9999999999999997e-32  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.03 
 
 
625 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  27.03 
 
 
606 aa  134  5e-30  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  27.03 
 
 
625 aa  134  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  27.03 
 
 
625 aa  134  6e-30  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  26.02 
 
 
619 aa  133  1.0000000000000001e-29  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.1 
 
 
339 aa  115  4.0000000000000004e-24  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  30.64 
 
 
696 aa  103  1e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal 
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0322  type IV pilus secretin PilQ  28.12 
 
 
412 aa  102  3e-20  Escherichia coli DH1  Bacteria  hitchhiker  0.000212409  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3861  outer membrane porin HofQ  28.12 
 
 
412 aa  102  3e-20  Escherichia coli E24377A  Bacteria  hitchhiker  0.00000844499  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4695  outer membrane porin HofQ  28.12 
 
 
412 aa  102  3e-20  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  hitchhiker  0.00163721  normal 
 
 
-
 
CP001509  ECD_03243  predicted fimbrial transporter  28.12 
 
 
412 aa  102  4e-20  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  hitchhiker  0.00734996  n/a   
 
 
-
 
NC_010658  SbBS512_E3768  outer membrane porin HofQ  28.12 
 
 
412 aa  102  4e-20  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  hitchhiker  0.00000640301  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  29.97 
 
 
696 aa  101  4e-20  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  28.12 
 
 
412 aa  102  4e-20  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  30.04 
 
 
668 aa  101  4e-20  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_012892  B21_03195  hypothetical protein  28.12 
 
 
412 aa  102  4e-20  Escherichia coli BL21  Bacteria  normal  0.0104711  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  29.59 
 
 
689 aa  100  6e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  30.72 
 
 
714 aa  99.8  1e-19  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  30.45 
 
 
721 aa  100  1e-19  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  30.45 
 
 
721 aa  100  1e-19  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4118  type II and III secretion system protein  31.4 
 
 
393 aa  98.2  4e-19  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000089242 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3687  outer membrane porin HofQ  27.78 
 
 
389 aa  98.2  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00260345  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3760  outer membrane porin HofQ  27.43 
 
 
426 aa  97.8  5e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00726017  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3794  outer membrane porin HofQ  28.21 
 
 
426 aa  97.4  8e-19  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566687  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  31.02 
 
 
706 aa  97.1  1e-18  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  27.78 
 
 
412 aa  96.7  1e-18  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  27.53 
 
 
715 aa  96.3  2e-18  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  27.78 
 
 
386 aa  96.3  2e-18  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  28.28 
 
 
704 aa  96.3  2e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  28.25 
 
 
712 aa  95.5  3e-18  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  28.52 
 
 
710 aa  95.1  4e-18  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009436  Ent638_3804  outer membrane porin HofQ  28.57 
 
 
413 aa  94.4  7e-18  Enterobacter sp. 638  Bacteria  normal  0.0625572  normal  0.855535 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  25.78 
 
 
682 aa  93.6  1e-17  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  25.63 
 
 
891 aa  92.4  2e-17  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  25.43 
 
 
683 aa  92.8  2e-17  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  26.12 
 
 
688 aa  92  3e-17  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  30.23 
 
 
745 aa  92  4e-17  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  25.86 
 
 
682 aa  91.3  6e-17  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  26.49 
 
 
433 aa  90.9  7e-17  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  27.6 
 
 
944 aa  90.5  9e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  26.37 
 
 
683 aa  90.1  1e-16  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_010627  Bphy_7395  general secretion pathway protein D  26.33 
 
 
717 aa  89.7  1e-16  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.103776  normal  0.699876 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  27.02 
 
 
580 aa  89.7  1e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  28.33 
 
 
553 aa  89  3e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  28.93 
 
 
553 aa  89  3e-16  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  26.92 
 
 
721 aa  88.6  4e-16  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  24.63 
 
 
424 aa  88.2  5e-16  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>