More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene VEA_003337 on replicon NC_013456
Organism: Vibrio sp. Ex25



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  85.24 
 
 
623 aa  1041    Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  100 
 
 
604 aa  1231    Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  47.81 
 
 
612 aa  562  1.0000000000000001e-159  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  47.29 
 
 
600 aa  547  1e-154  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.88 
 
 
505 aa  278  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.88 
 
 
505 aa  278  2e-73  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  35.7 
 
 
567 aa  277  5e-73  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  32.56 
 
 
556 aa  275  2.0000000000000002e-72  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  31.75 
 
 
512 aa  271  2.9999999999999997e-71  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33.26 
 
 
514 aa  271  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33.26 
 
 
514 aa  271  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33.26 
 
 
514 aa  271  4e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33.79 
 
 
497 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33.79 
 
 
497 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33.79 
 
 
497 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33.79 
 
 
497 aa  270  5e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33.26 
 
 
514 aa  270  5.9999999999999995e-71  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  33.66 
 
 
497 aa  268  2e-70  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.49 
 
 
491 aa  263  4.999999999999999e-69  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.29 
 
 
491 aa  261  2e-68  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  32.18 
 
 
566 aa  250  5e-65  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  29.96 
 
 
568 aa  249  1e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.41 
 
 
689 aa  238  3e-61  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.7 
 
 
588 aa  237  4e-61  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.7 
 
 
588 aa  237  5.0000000000000005e-61  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.19 
 
 
630 aa  235  2.0000000000000002e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  29.52 
 
 
699 aa  234  4.0000000000000004e-60  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29 
 
 
624 aa  234  4.0000000000000004e-60  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.72 
 
 
617 aa  233  8.000000000000001e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.48 
 
 
678 aa  233  1e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.08 
 
 
683 aa  231  3e-59  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  29.16 
 
 
606 aa  231  3e-59  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  29.16 
 
 
625 aa  231  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  29.16 
 
 
625 aa  231  3e-59  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.16 
 
 
625 aa  230  5e-59  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  29.39 
 
 
619 aa  230  5e-59  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  31.12 
 
 
736 aa  230  5e-59  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.3 
 
 
681 aa  229  1e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.94 
 
 
666 aa  228  2e-58  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  28.3 
 
 
681 aa  228  3e-58  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.3 
 
 
681 aa  228  3e-58  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.09 
 
 
680 aa  224  2e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.58 
 
 
637 aa  225  2e-57  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.09 
 
 
681 aa  224  3e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  28.9 
 
 
700 aa  221  1.9999999999999999e-56  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.52 
 
 
691 aa  219  1e-55  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.12 
 
 
588 aa  214  2.9999999999999995e-54  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.42 
 
 
696 aa  210  8e-53  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.08 
 
 
561 aa  194  3e-48  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.13 
 
 
589 aa  194  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  33.97 
 
 
339 aa  159  1e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  32.85 
 
 
591 aa  140  4.999999999999999e-32  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  32.88 
 
 
601 aa  135  9.999999999999999e-31  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  33.22 
 
 
605 aa  136  9.999999999999999e-31  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  32.88 
 
 
601 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  32.88 
 
 
599 aa  135  1.9999999999999998e-30  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  32.53 
 
 
599 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  32.53 
 
 
599 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  32.53 
 
 
599 aa  132  2.0000000000000002e-29  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5868  type II/III secretion system family protein  30.5 
 
 
475 aa  115  2.0000000000000002e-24  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231603  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5921  type II/III secretion system family protein  27.86 
 
 
511 aa  114  4.0000000000000004e-24  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0561262 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5651  NolW domain-containing protein  30.5 
 
 
446 aa  114  5e-24  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0288442 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  30.54 
 
 
740 aa  107  5e-22  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  27.69 
 
 
810 aa  105  3e-21  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0646  general secretion pathway protein D  28.04 
 
 
781 aa  104  6e-21  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.0255398  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  25.94 
 
 
662 aa  103  1e-20  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0667  general secretion pathway protein D  27.73 
 
 
781 aa  100  6e-20  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  normal  0.509623 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  26.37 
 
 
692 aa  98.6  3e-19  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0063  general secretion pathway protein D  27.54 
 
 
775 aa  97.1  1e-18  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4118  type II and III secretion system protein  26.25 
 
 
393 aa  96.3  2e-18  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000089242 
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3728  putative outer membrane porin HofQ  26.95 
 
 
500 aa  95.5  2e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000295342  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  27.27 
 
 
718 aa  94.7  5e-18  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0224  putative outer membrane porin HofQ  27.08 
 
 
460 aa  94.4  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000817003  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3967  putative outer membrane porin HofQ  27.08 
 
 
458 aa  94.4  5e-18  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171425  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  27.86 
 
 
894 aa  94  7e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  26.57 
 
 
422 aa  94  8e-18  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0585  Type III secretion system protein  28.72 
 
 
993 aa  94  8e-18  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.00011059  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3687  outer membrane porin HofQ  26.35 
 
 
389 aa  93.2  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00260345  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3794  outer membrane porin HofQ  26.35 
 
 
426 aa  93.2  1e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566687  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  28.28 
 
 
704 aa  93.2  1e-17  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3760  outer membrane porin HofQ  26.35 
 
 
426 aa  92.8  2e-17  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00726017  normal 
 
 
-
 
NC_008309  HS_1112  competence protein E  26.9 
 
 
377 aa  92.4  2e-17  Haemophilus somnus 129PT  Bacteria  normal  0.0144354  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  26.84 
 
 
805 aa  91.7  3e-17  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  26.76 
 
 
718 aa  92  3e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  26.53 
 
 
714 aa  91.7  4e-17  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I0007  general secretion pathway protein D  26.63 
 
 
744 aa  90.9  5e-17  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1890  general secretion pathway protein D  28.22 
 
 
757 aa  90.9  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.189433  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2786  general secretion pathway protein D  28.22 
 
 
757 aa  90.9  6e-17  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.136433  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2662  general secretion pathway protein D  28.22 
 
 
757 aa  90.9  6e-17  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0756  general secretion pathway protein D  21.86 
 
 
738 aa  90.9  6e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.2147 
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3518  general secretion pathway protein D  28.22 
 
 
757 aa  90.9  6e-17  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3936  general secretion pathway protein D  27.86 
 
 
791 aa  90.9  6e-17  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal  0.765741 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  26.87 
 
 
807 aa  90.9  7e-17  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_3070  general secretion pathway protein D  26.22 
 
 
787 aa  90.5  8e-17  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00279328 
 
 
-
 
NC_011071  Smal_2211  general secretion pathway protein D  27.54 
 
 
793 aa  90.5  8e-17  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.971398  normal 
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  27.37 
 
 
703 aa  90.5  8e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  26.22 
 
 
641 aa  90.5  8e-17  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  26.16 
 
 
745 aa  89.7  1e-16  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_0007  general secretion pathway protein D  28.22 
 
 
757 aa  90.1  1e-16  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  27.42 
 
 
689 aa  89.7  1e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>