More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene YPK_3917 on replicon NC_010465
Organism: Yersinia pseudotuberculosis YPIII



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  100 
 
 
505 aa  1028    Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  100 
 
 
505 aa  1028    Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  55.39 
 
 
491 aa  514  1e-144  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  55.18 
 
 
491 aa  513  1e-144  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  52.97 
 
 
497 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  52.97 
 
 
497 aa  492  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  52.97 
 
 
497 aa  491  9.999999999999999e-139  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  52.75 
 
 
497 aa  489  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  52.97 
 
 
497 aa  491  1e-137  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  48.43 
 
 
512 aa  463  1e-129  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  32.65 
 
 
600 aa  282  8.000000000000001e-75  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  31.88 
 
 
604 aa  278  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  31.77 
 
 
612 aa  276  8e-73  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  33.94 
 
 
623 aa  266  7e-70  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.14 
 
 
624 aa  225  1e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  28.36 
 
 
568 aa  216  9.999999999999999e-55  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.32 
 
 
514 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.32 
 
 
514 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.32 
 
 
514 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.37 
 
 
556 aa  215  1.9999999999999998e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.32 
 
 
514 aa  214  2.9999999999999995e-54  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.31 
 
 
683 aa  213  9e-54  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.68 
 
 
666 aa  201  1.9999999999999998e-50  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.77 
 
 
689 aa  198  2.0000000000000003e-49  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.01 
 
 
680 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.01 
 
 
681 aa  198  2.0000000000000003e-49  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.88 
 
 
681 aa  194  4e-48  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  26.88 
 
 
681 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.88 
 
 
681 aa  193  5e-48  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.42 
 
 
567 aa  193  6e-48  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.26 
 
 
678 aa  192  2e-47  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.88 
 
 
617 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.44 
 
 
589 aa  190  5.999999999999999e-47  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.64 
 
 
625 aa  189  9e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  27.51 
 
 
619 aa  189  9e-47  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  27.64 
 
 
625 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  27.64 
 
 
625 aa  189  1e-46  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  27.64 
 
 
606 aa  188  2e-46  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  27.56 
 
 
736 aa  188  2e-46  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  29.03 
 
 
566 aa  186  1.0000000000000001e-45  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.52 
 
 
696 aa  184  3e-45  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.28 
 
 
691 aa  174  1.9999999999999998e-42  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.51 
 
 
637 aa  174  2.9999999999999996e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  34.87 
 
 
591 aa  168  2e-40  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.6 
 
 
588 aa  167  2.9999999999999998e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  36.42 
 
 
599 aa  167  5e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  36.42 
 
 
599 aa  167  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.6 
 
 
588 aa  167  5e-40  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  36.42 
 
 
599 aa  167  5e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.41 
 
 
630 aa  166  6.9999999999999995e-40  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  36.42 
 
 
601 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  36.42 
 
 
601 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  36.42 
 
 
599 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.78 
 
 
588 aa  166  1.0000000000000001e-39  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  39.07 
 
 
561 aa  164  5.0000000000000005e-39  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  37.59 
 
 
605 aa  163  6e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  27.59 
 
 
699 aa  162  2e-38  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  35.18 
 
 
700 aa  143  6e-33  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.5 
 
 
339 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_2173  general secretion pathway protein D  30.96 
 
 
745 aa  100  7e-20  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  28.83 
 
 
578 aa  100  9e-20  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_3141  type II and III secretion system protein:NolW-like  29.29 
 
 
776 aa  99.8  1e-19  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  0.529282  normal  0.96586 
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  25.85 
 
 
675 aa  95.9  2e-18  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  28.61 
 
 
703 aa  93.6  8e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_3307  general secretion pathway protein D  27.5 
 
 
763 aa  92  2e-17  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.335208  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  27.72 
 
 
791 aa  92.4  2e-17  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  26.26 
 
 
662 aa  92.4  2e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  27.61 
 
 
668 aa  91.3  3e-17  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  31.07 
 
 
682 aa  90.9  4e-17  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  28.07 
 
 
791 aa  90.5  6e-17  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5697  general secretion pathway protein D  29 
 
 
787 aa  90.1  7e-17  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.0549216 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2306  general secretion pathway protein D  27.05 
 
 
674 aa  89.4  1e-16  Vibrio cholerae O395  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  28.69 
 
 
1421 aa  89.7  1e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3728  putative outer membrane porin HofQ  28.47 
 
 
500 aa  88.6  2e-16  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000295342  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_3529  general secretion pathway protein D  27.16 
 
 
740 aa  89  2e-16  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  0.22216  normal 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  28.24 
 
 
870 aa  89  2e-16  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_001892  general secretion pathway protein D/type II secretion outermembrane pore forming protein (PulD)  24.59 
 
 
672 aa  89  2e-16  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  27.32 
 
 
650 aa  88.6  3e-16  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  27.61 
 
 
654 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3392  type II and III secretion system protein  30.03 
 
 
783 aa  88.6  3e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  0.0849213  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  27.32 
 
 
654 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5651  NolW domain-containing protein  24.72 
 
 
446 aa  87.8  4e-16  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0288442 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  28.79 
 
 
689 aa  87.8  4e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0224  putative outer membrane porin HofQ  28.47 
 
 
460 aa  87.8  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000817003  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3138  general secretion pathway protein D  25.51 
 
 
686 aa  87.4  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009801  EcE24377A_3427  general secretion pathway protein D  25.51 
 
 
686 aa  87.4  5e-16  Escherichia coli E24377A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3967  putative outer membrane porin HofQ  28.47 
 
 
458 aa  87.4  5e-16  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171425  n/a   
 
 
-
 
CP001509  ECD_02838  GspD, hypothetical type II secretion protein  25.51 
 
 
686 aa  87.4  6e-16  Escherichia coli BL21(DE3)  Bacteria  unclonable  0.00000664316  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3247  general secretion pathway protein GspD  25.51 
 
 
686 aa  87.4  6e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012892  B21_02788  hypothetical protein  25.51 
 
 
686 aa  87.4  6e-16  Escherichia coli BL21  Bacteria  unclonable  0.00000655056  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3399  general secretion pathway protein D  29.62 
 
 
807 aa  86.7  8e-16  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00601  general secretion pathway protein D  24.53 
 
 
658 aa  86.7  9e-16  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010511  M446_1175  general secretion pathway protein D  26.91 
 
 
797 aa  85.5  0.000000000000002  Methylobacterium sp. 4-46  Bacteria  normal  0.217594  normal 
 
 
-
 
NC_003295  RSc3114  general secretory pathway D transmembrane protein  29.36 
 
 
805 aa  85.9  0.000000000000002  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.442209  normal 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_0953  general secretion pathway protein D  25.56 
 
 
640 aa  85.9  0.000000000000002  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  0.198389  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3269  general secretion pathway protein D  25.56 
 
 
640 aa  85.9  0.000000000000002  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.0000207036  hitchhiker  0.00000000000000178028 
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  26.09 
 
 
580 aa  85.5  0.000000000000002  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1406  type II and III secretion system protein  25.21 
 
 
538 aa  85.9  0.000000000000002  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.7882  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5868  type II/III secretion system family protein  23.99 
 
 
475 aa  85.1  0.000000000000002  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231603  normal 
 
 
-
 
NC_009715  CCV52592_1968  type II and III secretion system protein  27.27 
 
 
506 aa  84.7  0.000000000000003  Campylobacter curvus 525.92  Bacteria  normal  0.150823  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>