More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Bphyt_5220 on replicon NC_010676
Organism: Burkholderia phytofirmans PsJN



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  60.93 
 
 
736 aa  639    Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  100 
 
 
637 aa  1271    Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  34.66 
 
 
683 aa  259  1e-67  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  32.23 
 
 
568 aa  254  2.0000000000000002e-66  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  33.85 
 
 
599 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  33.85 
 
 
599 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  33.85 
 
 
599 aa  246  9.999999999999999e-64  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  33.73 
 
 
599 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  31.86 
 
 
666 aa  242  2e-62  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.05 
 
 
624 aa  238  2e-61  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.69 
 
 
588 aa  234  3e-60  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.14 
 
 
588 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.22 
 
 
630 aa  234  5e-60  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.52 
 
 
588 aa  234  5e-60  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.13 
 
 
678 aa  230  7e-59  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.51 
 
 
680 aa  228  2e-58  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  29.58 
 
 
604 aa  228  2e-58  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.59 
 
 
681 aa  228  3e-58  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.5 
 
 
681 aa  226  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  27.5 
 
 
681 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.5 
 
 
681 aa  226  1e-57  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.61 
 
 
589 aa  224  4.9999999999999996e-57  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.55 
 
 
561 aa  223  6e-57  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  28.65 
 
 
623 aa  211  3e-53  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  28.96 
 
 
612 aa  210  6e-53  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  30.13 
 
 
600 aa  195  2e-48  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.54 
 
 
512 aa  181  2.9999999999999997e-44  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.19 
 
 
505 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  27.12 
 
 
699 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.19 
 
 
505 aa  179  1e-43  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  28.15 
 
 
700 aa  179  1e-43  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  37.91 
 
 
591 aa  178  3e-43  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.64 
 
 
491 aa  175  2.9999999999999996e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  24.96 
 
 
689 aa  174  3.9999999999999995e-42  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.38 
 
 
491 aa  173  9e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.2 
 
 
497 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.2 
 
 
497 aa  169  1e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.2 
 
 
497 aa  169  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.2 
 
 
497 aa  169  2e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.2 
 
 
497 aa  168  2.9999999999999998e-40  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.44 
 
 
691 aa  163  1e-38  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  39.3 
 
 
605 aa  159  1e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.97 
 
 
514 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.97 
 
 
514 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.21 
 
 
556 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.97 
 
 
514 aa  155  2e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.82 
 
 
567 aa  154  2.9999999999999998e-36  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.43 
 
 
514 aa  154  4e-36  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.28 
 
 
696 aa  152  2e-35  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  24.9 
 
 
566 aa  137  5e-31  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.92 
 
 
617 aa  128  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  26.6 
 
 
606 aa  123  8e-27  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  26.6 
 
 
625 aa  123  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.6 
 
 
625 aa  123  9e-27  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  26.6 
 
 
625 aa  123  9e-27  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  26.81 
 
 
619 aa  122  9.999999999999999e-27  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  29.14 
 
 
891 aa  108  4e-22  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  32.98 
 
 
601 aa  107  5e-22  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  32.46 
 
 
601 aa  107  8e-22  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  29.75 
 
 
987 aa  102  3e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  28.48 
 
 
655 aa  101  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1406  type II and III secretion system protein  26.6 
 
 
538 aa  101  5e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.7882  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  25.75 
 
 
706 aa  101  5e-20  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013440  Hoch_0252  type IV pilus secretin PilQ  28.82 
 
 
1269 aa  100  9e-20  Haliangium ochraceum DSM 14365  Bacteria  normal  0.760209  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_0683  general secretion pathway protein D  28.17 
 
 
641 aa  99.8  1e-19  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  hitchhiker  0.00528314  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5651  NolW domain-containing protein  30.2 
 
 
446 aa  99  2e-19  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0288442 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_0259  putative outer membrane porin HofQ  29.63 
 
 
433 aa  99.8  2e-19  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  0.0738011  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  27.59 
 
 
704 aa  99.8  2e-19  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  26.07 
 
 
874 aa  98.2  4e-19  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  27.86 
 
 
870 aa  98.2  4e-19  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  26.28 
 
 
682 aa  97.8  5e-19  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  26.69 
 
 
636 aa  97.4  7e-19  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  27.37 
 
 
926 aa  97.4  7e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  27.37 
 
 
946 aa  96.7  1e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  25.45 
 
 
683 aa  96.3  1e-18  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_3580  helix-turn-helix, AraC type  23.15 
 
 
666 aa  96.3  1e-18  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  normal  0.18181  normal  0.716334 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5868  type II/III secretion system family protein  29.19 
 
 
475 aa  96.7  1e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231603  normal 
 
 
-
 
NC_008751  Dvul_1791  type II and III secretion system protein  27.83 
 
 
524 aa  96.7  1e-18  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  normal  0.561359 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  26.6 
 
 
668 aa  95.9  2e-18  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_008009  Acid345_1473  type II and III secretion system protein  29.1 
 
 
808 aa  96.3  2e-18  Candidatus Koribacter versatilis Ellin345  Bacteria  normal  0.401194  normal  0.578419 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  26.94 
 
 
630 aa  95.5  2e-18  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  24.32 
 
 
683 aa  94.4  6e-18  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  27.3 
 
 
703 aa  94  7e-18  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  23.5 
 
 
717 aa  94  8e-18  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  29.21 
 
 
711 aa  94  9e-18  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  27.17 
 
 
894 aa  93.2  1e-17  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  25.85 
 
 
887 aa  93.2  1e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  25.15 
 
 
683 aa  93.6  1e-17  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2096  type II and III secretion system family protein  27.55 
 
 
349 aa  93.2  1e-17  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  27.46 
 
 
829 aa  93.2  1e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  25.15 
 
 
683 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  25.15 
 
 
683 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  24.73 
 
 
718 aa  92.4  2e-17  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  26.19 
 
 
893 aa  92.8  2e-17  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  25.85 
 
 
882 aa  92.4  2e-17  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0917  general secretion pathway protein D  26.73 
 
 
810 aa  92.8  2e-17  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.460737  normal  0.382842 
 
 
-
 
NC_009654  Mmwyl1_4118  type II and III secretion system protein  27.27 
 
 
393 aa  92.4  2e-17  Marinomonas sp. MWYL1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000089242 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5921  type II/III secretion system family protein  26.65 
 
 
511 aa  92.8  2e-17  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal  0.0561262 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  25.17 
 
 
684 aa  92.8  2e-17  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  25.15 
 
 
683 aa  92.4  2e-17  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>