More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene ECH74115_5069 on replicon NC_011353
Organism: Escherichia coli O157:H7 str. EC4115



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  100 
 
 
512 aa  1031    Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  48.43 
 
 
505 aa  463  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  48.43 
 
 
505 aa  463  1e-129  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  45.42 
 
 
491 aa  424  1e-117  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  45.01 
 
 
491 aa  420  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  44.24 
 
 
497 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  44.24 
 
 
497 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  44.24 
 
 
497 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  43.83 
 
 
497 aa  374  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  44.24 
 
 
497 aa  375  1e-102  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  31.75 
 
 
604 aa  271  2e-71  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  31.54 
 
 
612 aa  270  2.9999999999999997e-71  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  31.75 
 
 
600 aa  253  4.0000000000000004e-66  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  30.93 
 
 
623 aa  248  2e-64  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.71 
 
 
556 aa  234  3e-60  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30 
 
 
514 aa  229  9e-59  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.79 
 
 
514 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.79 
 
 
514 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.79 
 
 
514 aa  228  3e-58  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  31 
 
 
566 aa  224  4e-57  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.94 
 
 
624 aa  223  4e-57  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.26 
 
 
678 aa  206  6e-52  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.35 
 
 
666 aa  206  1e-51  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  28.52 
 
 
568 aa  205  2e-51  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.27 
 
 
689 aa  205  2e-51  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.16 
 
 
567 aa  204  4e-51  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  29.59 
 
 
699 aa  200  6e-50  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  30.29 
 
 
700 aa  199  9e-50  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.7 
 
 
681 aa  197  3e-49  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  26.53 
 
 
681 aa  196  9e-49  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.53 
 
 
681 aa  196  9e-49  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.5 
 
 
691 aa  194  3e-48  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.72 
 
 
680 aa  193  5e-48  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.39 
 
 
630 aa  191  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.24 
 
 
681 aa  191  2e-47  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.39 
 
 
588 aa  189  7e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.39 
 
 
588 aa  189  8e-47  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.32 
 
 
683 aa  187  3e-46  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.24 
 
 
696 aa  186  8e-46  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  27.09 
 
 
736 aa  173  6.999999999999999e-42  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  25.79 
 
 
637 aa  170  6e-41  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  33.33 
 
 
625 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  34.3 
 
 
606 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  33.33 
 
 
625 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  33.33 
 
 
625 aa  158  2e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  33.33 
 
 
617 aa  158  2e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  33.94 
 
 
619 aa  157  4e-37  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  34.3 
 
 
339 aa  156  8e-37  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.49 
 
 
561 aa  153  8.999999999999999e-36  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.49 
 
 
589 aa  152  1e-35  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  31.14 
 
 
591 aa  148  2.0000000000000003e-34  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  33.33 
 
 
588 aa  148  2.0000000000000003e-34  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.86 
 
 
599 aa  142  9.999999999999999e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.86 
 
 
601 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.86 
 
 
601 aa  142  1.9999999999999998e-32  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  31.55 
 
 
599 aa  140  6e-32  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  31.55 
 
 
599 aa  140  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  31.55 
 
 
599 aa  140  6e-32  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  31.62 
 
 
605 aa  134  3.9999999999999996e-30  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  29.04 
 
 
870 aa  108  2e-22  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5868  type II/III secretion system family protein  26.09 
 
 
475 aa  104  4e-21  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231603  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5651  NolW domain-containing protein  25.28 
 
 
446 aa  101  3e-20  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0288442 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  24.32 
 
 
926 aa  99.8  1e-19  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  27.33 
 
 
578 aa  98.6  2e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
CP001637  EcDH1_0388  general secretion pathway protein D  28.72 
 
 
650 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli DH1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3519  general secretion pathway protein D  28.72 
 
 
654 aa  98.2  3e-19  Escherichia coli HS  Bacteria  normal  0.0147755  n/a   
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0388  general secretion pathway protein D  28.72 
 
 
654 aa  98.6  3e-19  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  normal  normal  0.0226374 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  27.3 
 
 
894 aa  95.9  1e-18  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  23.24 
 
 
946 aa  95.9  2e-18  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  26.3 
 
 
891 aa  94.7  3e-18  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2860  general secretion pathway protein D  26.52 
 
 
640 aa  95.1  3e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_3884  putative outer membrane porin HofQ  25.42 
 
 
424 aa  94  6e-18  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  0.366874  n/a   
 
 
-
 
NC_010159  YpAngola_A3728  putative outer membrane porin HofQ  26.22 
 
 
500 aa  93.2  9e-18  Yersinia pestis Angola  Bacteria  hitchhiker  0.00000295342  normal 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  26.47 
 
 
944 aa  93.6  9e-18  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_4062  putative outer membrane porin HofQ  25.08 
 
 
424 aa  92.8  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  hitchhiker  0.000610431  n/a   
 
 
-
 
NC_013421  Pecwa_1412  general secretion pathway protein D  26.26 
 
 
640 aa  93.2  1e-17  Pectobacterium wasabiae WPP163  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_0224  putative outer membrane porin HofQ  26.22 
 
 
460 aa  92.4  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  hitchhiker  0.000817003  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3967  putative outer membrane porin HofQ  26.22 
 
 
458 aa  92.4  2e-17  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  hitchhiker  0.000000000171425  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0639  type II and III secretion system protein  29.39 
 
 
569 aa  92  2e-17  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  25.09 
 
 
413 aa  90.5  6e-17  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal 
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  27.47 
 
 
689 aa  90.5  6e-17  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  28.73 
 
 
864 aa  90.5  7e-17  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011312  VSAL_I2924  general secretion pathway protein D  24.47 
 
 
675 aa  89  2e-16  Aliivibrio salmonicida LFI1238  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0097  general secretion pathway protein D  26.94 
 
 
662 aa  89  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  0.395857  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3687  outer membrane porin HofQ  25.87 
 
 
389 aa  88.2  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  hitchhiker  0.00260345  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp1275  type II protein secretion LspD  26 
 
 
791 aa  88.2  3e-16  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3760  outer membrane porin HofQ  25.87 
 
 
426 aa  88.6  3e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  hitchhiker  0.00726017  normal 
 
 
-
 
NC_010117  COXBURSA331_A2096  type II and III secretion system family protein  26.47 
 
 
349 aa  88.2  3e-16  Coxiella burnetii RSA 331  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010498  EcSMS35_3667  outer membrane porin HofQ  25.26 
 
 
412 aa  88.2  3e-16  Escherichia coli SMS-3-5  Bacteria  unclonable  0.0000000045876  normal  0.0733814 
 
 
-
 
NC_011350  ECH74115_B0003  general secretion pathway protein D  26.84 
 
 
655 aa  88.2  4e-16  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0438473 
 
 
-
 
NC_009511  Swit_2591  general secretion pathway protein D  25.77 
 
 
682 aa  87.8  4e-16  Sphingomonas wittichii RW1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_4150  general secretion pathway protein D  29.55 
 
 
829 aa  87.8  4e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  0.0456168  hitchhiker  0.0000162446 
 
 
-
 
NC_009800  EcHS_A3587  outer membrane porin HofQ  25.09 
 
 
412 aa  87.4  5e-16  Escherichia coli HS  Bacteria  hitchhiker  0.00000000000785668  n/a   
 
 
-
 
NC_007520  Tcr_0250  type II and III secretion system protein  25.48 
 
 
703 aa  87.8  5e-16  Thiomicrospira crunogena XCL-2  Bacteria  normal  0.980463  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  25.76 
 
 
580 aa  87.4  6e-16  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3794  outer membrane porin HofQ  25.93 
 
 
426 aa  87.4  6e-16  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.566687  normal 
 
 
-
 
NC_010468  EcolC_0322  outer membrane porin HofQ  25.71 
 
 
386 aa  87  6e-16  Escherichia coli ATCC 8739  Bacteria  decreased coverage  0.000700239  normal  0.175294 
 
 
-
 
NC_011661  Dtur_1035  type II and III secretion system protein  27.53 
 
 
1421 aa  86.7  9e-16  Dictyoglomus turgidum DSM 6724  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl1274  type II protein secretion LspD  25.33 
 
 
791 aa  86.7  9e-16  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  22.45 
 
 
718 aa  86.3  0.000000000000001  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>