More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Dvul_2997 on replicon NC_008741
Organism: Desulfovibrio vulgaris DP4



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  76.56 
 
 
666 aa  872    Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  100 
 
 
624 aa  1280    Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  31.74 
 
 
612 aa  255  1.0000000000000001e-66  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  31.9 
 
 
736 aa  254  2.0000000000000002e-66  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  31.34 
 
 
568 aa  249  2e-64  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.87 
 
 
637 aa  234  3e-60  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  28.81 
 
 
604 aa  234  3e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.51 
 
 
680 aa  234  4.0000000000000004e-60  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  30.07 
 
 
681 aa  231  2e-59  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.14 
 
 
505 aa  231  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  31.14 
 
 
505 aa  231  4e-59  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  30.28 
 
 
600 aa  230  5e-59  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  29.64 
 
 
605 aa  227  5.0000000000000005e-58  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.78 
 
 
588 aa  226  7e-58  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.86 
 
 
678 aa  225  2e-57  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.79 
 
 
512 aa  224  3e-57  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.51 
 
 
588 aa  223  6e-57  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.86 
 
 
588 aa  223  6e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.81 
 
 
601 aa  223  7e-57  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  30.19 
 
 
623 aa  223  9.999999999999999e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.33 
 
 
630 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.81 
 
 
601 aa  222  1.9999999999999999e-56  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  29.76 
 
 
681 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.76 
 
 
681 aa  221  3.9999999999999997e-56  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.76 
 
 
681 aa  221  5e-56  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.91 
 
 
683 aa  219  1e-55  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  28.5 
 
 
699 aa  208  2e-52  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.22 
 
 
561 aa  208  3e-52  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.27 
 
 
589 aa  208  3e-52  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  27.56 
 
 
700 aa  199  2.0000000000000003e-49  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.64 
 
 
696 aa  196  1e-48  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.17 
 
 
691 aa  189  1e-46  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.39 
 
 
497 aa  189  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.39 
 
 
497 aa  189  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.39 
 
 
497 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.39 
 
 
497 aa  188  2e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.39 
 
 
497 aa  187  4e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.48 
 
 
689 aa  187  5e-46  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.09 
 
 
491 aa  175  1.9999999999999998e-42  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.9 
 
 
491 aa  174  3.9999999999999995e-42  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.09 
 
 
514 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.09 
 
 
514 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  27.09 
 
 
514 aa  172  2e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.88 
 
 
556 aa  171  5e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.88 
 
 
514 aa  170  6e-41  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  35.19 
 
 
591 aa  170  7e-41  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  35.17 
 
 
599 aa  157  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  35.17 
 
 
599 aa  157  4e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  35.17 
 
 
599 aa  157  4e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  35.17 
 
 
599 aa  157  6e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  25.2 
 
 
566 aa  156  1e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  24.34 
 
 
567 aa  150  5e-35  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  24.9 
 
 
617 aa  150  6e-35  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  24.47 
 
 
625 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  24.47 
 
 
625 aa  147  7.0000000000000006e-34  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  24.47 
 
 
606 aa  146  1e-33  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  24.47 
 
 
625 aa  146  1e-33  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  23.63 
 
 
619 aa  143  9.999999999999999e-33  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_1406  type II and III secretion system protein  32.13 
 
 
538 aa  123  9.999999999999999e-27  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  normal  0.7882  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  32.04 
 
 
894 aa  121  3e-26  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  31.1 
 
 
714 aa  121  3.9999999999999996e-26  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  27.27 
 
 
692 aa  114  5e-24  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  28.82 
 
 
696 aa  113  8.000000000000001e-24  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  30.85 
 
 
721 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  28.47 
 
 
696 aa  112  1.0000000000000001e-23  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  30.85 
 
 
721 aa  113  1.0000000000000001e-23  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.82 
 
 
339 aa  112  2.0000000000000002e-23  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  28.66 
 
 
717 aa  111  3e-23  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  33.22 
 
 
874 aa  110  6e-23  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  29.72 
 
 
944 aa  110  7.000000000000001e-23  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  29.49 
 
 
893 aa  110  9.000000000000001e-23  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  27.56 
 
 
420 aa  109  1e-22  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  26.86 
 
 
420 aa  108  4e-22  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  28.45 
 
 
729 aa  107  5e-22  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  29.67 
 
 
704 aa  107  5e-22  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  26.5 
 
 
420 aa  105  3e-21  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  26.9 
 
 
718 aa  105  3e-21  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  28.57 
 
 
712 aa  105  3e-21  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  29.57 
 
 
630 aa  104  4e-21  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  29.13 
 
 
712 aa  104  6e-21  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  30.33 
 
 
636 aa  104  6e-21  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  30.79 
 
 
711 aa  103  9e-21  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  28.18 
 
 
413 aa  103  1e-20  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  28.77 
 
 
710 aa  102  1e-20  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.95 
 
 
718 aa  102  2e-20  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  31.67 
 
 
926 aa  102  2e-20  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  29.47 
 
 
870 aa  102  2e-20  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  28.47 
 
 
710 aa  102  3e-20  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  26.95 
 
 
716 aa  101  4e-20  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  25.72 
 
 
887 aa  101  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  32.38 
 
 
946 aa  101  4e-20  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  25.72 
 
 
882 aa  101  4e-20  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009943  Dole_0329  type IV pilus secretin PilQ  27.89 
 
 
987 aa  101  4e-20  Desulfococcus oleovorans Hxd3  Bacteria  decreased coverage  0.00519282  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  27.53 
 
 
655 aa  101  4e-20  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  30.18 
 
 
523 aa  101  5e-20  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  25.72 
 
 
887 aa  101  5e-20  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  28.72 
 
 
706 aa  100  7e-20  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  30.18 
 
 
891 aa  100  9e-20  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  26.19 
 
 
706 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  30 
 
 
567 aa  99.4  2e-19  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0621067 
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>