More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PSPTO_1389 on replicon NC_004578
Organism: Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_004578  PSPTO_1389  outer-membrane type III secretion protein HrcC  100 
 
 
699 aa  1426    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_1200  outer-membrane type III secretion protein HrcC  84.45 
 
 
700 aa  1211    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal  0.138947 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0023  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  69.62 
 
 
696 aa  951    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_1907  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  44.13 
 
 
691 aa  572  1.0000000000000001e-162  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_012917  PC1_2192  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  41.46 
 
 
689 aa  538  1e-151  Pectobacterium carotovorum subsp. carotovorum PC1  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010157  YpAngola_B0054  type III secretion outer membrane pore YscC  29.91 
 
 
612 aa  236  1.0000000000000001e-60  Yersinia pestis Angola  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_003337  type III secretion system outer membrane pore YscC  29.52 
 
 
604 aa  234  5e-60  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_01700  hypothetical protein  28.68 
 
 
623 aa  226  1e-57  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_42350  Type III secretion outer membrane protein PscC precursor  29.54 
 
 
600 aa  208  2e-52  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008741  Dvul_2997  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  28.15 
 
 
624 aa  203  7e-51  Desulfovibrio vulgaris DP4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_5069  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  29.59 
 
 
512 aa  200  9e-50  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.240332 
 
 
-
 
NC_003296  RSp0874  Hrp conserved HRCC transmembrane protein  28.47 
 
 
568 aa  198  2.0000000000000003e-49  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  0.23962  normal  0.0136899 
 
 
-
 
NC_011769  DvMF_2426  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.08 
 
 
666 aa  197  4.0000000000000005e-49  Desulfovibrio vulgaris str. 'Miyazaki F'  Bacteria  n/a    normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A1893  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.56 
 
 
588 aa  192  2e-47  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0418  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.56 
 
 
630 aa  191  2.9999999999999997e-47  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.17202  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A1985  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.56 
 
 
588 aa  189  1e-46  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5918  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.44 
 
 
588 aa  188  3e-46  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.033473  normal  0.0245572 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A3208  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.4 
 
 
514 aa  187  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  0.166938  normal 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B3020  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.4 
 
 
514 aa  187  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A3103  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.4 
 
 
514 aa  187  5e-46  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00000610588 
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C3088  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.19 
 
 
556 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  normal  0.994223 
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A3051  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.19 
 
 
514 aa  186  1.0000000000000001e-45  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.180372 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A3132  putative type III secretion hypersensitivity response secretion protein, HrcC/HrpA1- like  27.27 
 
 
736 aa  179  2e-43  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  0.15642  normal  0.0125341 
 
 
-
 
NC_008391  Bamb_4228  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.35 
 
 
681 aa  176  9.999999999999999e-43  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010552  BamMC406_4751  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.18 
 
 
680 aa  175  1.9999999999999998e-42  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.552593 
 
 
-
 
NC_010676  Bphyt_5220  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.72 
 
 
637 aa  174  3.9999999999999995e-42  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008061  Bcen_3512  Type III secretion system outer membrane pore YscC/HrcC  25.57 
 
 
681 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  normal  0.174783  n/a   
 
 
-
 
NC_010086  Bmul_3741  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.6 
 
 
678 aa  172  2e-41  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  0.452401  normal  0.0121623 
 
 
-
 
NC_010515  Bcenmc03_5430  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.57 
 
 
681 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  0.128772  normal  0.061937 
 
 
-
 
NC_008543  Bcen2424_4854  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.57 
 
 
681 aa  172  2e-41  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  0.0807881  normal 
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2165  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.82 
 
 
599 aa  171  4e-41  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1602  type II/III secretion system protein  25.82 
 
 
599 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  decreased coverage  0.0044992  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0666  type II/III secretion system protein  25.82 
 
 
599 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_1987  type II/III secretion system protein  25.82 
 
 
599 aa  169  1e-40  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.76891  n/a   
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5654  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.74 
 
 
589 aa  170  1e-40  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  0.741778  normal  0.0207457 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5871  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.69 
 
 
561 aa  169  2e-40  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011353  ECH74115_4149  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  28.93 
 
 
567 aa  168  2.9999999999999998e-40  Escherichia coli O157:H7 str. EC4115  Bacteria  normal  normal  0.0153519 
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.73 
 
 
601 aa  167  8e-40  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008752  Aave_0474  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  26.45 
 
 
683 aa  166  1.0000000000000001e-39  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_1946  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.48 
 
 
491 aa  166  1.0000000000000001e-39  Shewanella baltica OS155  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_2249  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.18 
 
 
491 aa  166  2.0000000000000002e-39  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.570406  normal  0.0166215 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0648  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  25.91 
 
 
601 aa  165  2.0000000000000002e-39  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.778085  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0777  type II/III secretion system protein  25.39 
 
 
605 aa  163  9e-39  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.296744  n/a   
 
 
-
 
NC_010465  YPK_3917  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.59 
 
 
505 aa  162  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis YPIII  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009708  YpsIP31758_3830  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  27.59 
 
 
505 aa  162  3e-38  Yersinia pseudotuberculosis IP 31758  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009075  BURPS668_A2175  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.18 
 
 
617 aa  158  3e-37  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009078  BURPS1106A_A2087  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  29.41 
 
 
625 aa  157  5.0000000000000005e-37  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_008835  BMA10229_2060  type III secretion system protein BsaO  29.41 
 
 
625 aa  157  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  0.462668  n/a   
 
 
-
 
NC_006349  BMAA1544  type III secretion system protein BsaO  29.41 
 
 
606 aa  157  8e-37  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  0.643588  n/a   
 
 
-
 
NC_009079  BMA10247_A0740  type III secretion system protein BsaO  29.41 
 
 
625 aa  157  8e-37  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  0.513099  n/a   
 
 
-
 
NC_010660  SbBS512_A0179  type III secretion outer membrane protein MxiD  27.31 
 
 
566 aa  155  2e-36  Shigella boydii CDC 3083-94  Bacteria  normal  0.0824989  n/a   
 
 
-
 
NC_007650  BTH_II0828  type III secretion system protein BsaO  28.83 
 
 
619 aa  154  7e-36  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  0.0276407  n/a   
 
 
-
 
NC_011083  SeHA_C1528  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.68 
 
 
497 aa  149  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Heidelberg str. SL476  Bacteria  normal  0.633101  normal  0.0399661 
 
 
-
 
NC_011205  SeD_A1948  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.68 
 
 
497 aa  149  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Dublin str. CT_02021853  Bacteria  normal  normal  0.118723 
 
 
-
 
NC_011080  SNSL254_A1506  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.68 
 
 
497 aa  149  2.0000000000000003e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Newport str. SL254  Bacteria  normal  hitchhiker  0.000419155 
 
 
-
 
NC_011149  SeAg_B1778  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.68 
 
 
497 aa  148  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Agona str. SL483  Bacteria  normal  0.0371241  n/a   
 
 
-
 
NC_011094  SeSA_A1491  type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  26.68 
 
 
497 aa  148  3e-34  Salmonella enterica subsp. enterica serovar Schwarzengrund str. CVM19633  Bacteria  normal  normal  0.558162 
 
 
-
 
NC_007435  BURPS1710b_A0586  YscC/HrcC family type III secretion outer membrane protein  34.98 
 
 
339 aa  128  4.0000000000000003e-28  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  hitchhiker  0.0000694626  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  31.41 
 
 
422 aa  109  2e-22  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  27.93 
 
 
721 aa  103  9e-21  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  27.59 
 
 
714 aa  103  1e-20  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  27.93 
 
 
721 aa  103  1e-20  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  28.95 
 
 
420 aa  101  4e-20  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  26.18 
 
 
578 aa  100  1e-19  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  29.21 
 
 
420 aa  99.8  2e-19  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  29.21 
 
 
420 aa  99.4  2e-19  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal 
 
 
-
 
NC_010557  BamMC406_5651  NolW domain-containing protein  28.53 
 
 
446 aa  96.3  2e-18  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.0288442 
 
 
-
 
NC_008392  Bamb_5868  type II/III secretion system family protein  28.21 
 
 
475 aa  95.1  4e-18  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  0.231603  normal 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  26.14 
 
 
718 aa  94.7  5e-18  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  28.76 
 
 
704 aa  94  9e-18  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  25.43 
 
 
712 aa  93.2  1e-17  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  24.92 
 
 
692 aa  91.3  5e-17  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  27.27 
 
 
696 aa  91.3  6e-17  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  25.96 
 
 
706 aa  90.9  7e-17  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  26.45 
 
 
699 aa  90.9  7e-17  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  26.92 
 
 
696 aa  90.1  1e-16  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  25.08 
 
 
718 aa  90.5  1e-16  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  28.89 
 
 
689 aa  89.4  2e-16  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  27.24 
 
 
715 aa  89.4  2e-16  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  27.82 
 
 
668 aa  88.6  4e-16  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  25.17 
 
 
710 aa  88.2  4e-16  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  26.77 
 
 
756 aa  88.2  5e-16  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  24.05 
 
 
710 aa  88.2  5e-16  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  27.15 
 
 
682 aa  87  0.000000000000001  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  26.81 
 
 
714 aa  86.3  0.000000000000002  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  26.71 
 
 
523 aa  85.9  0.000000000000002  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  25.77 
 
 
688 aa  85.9  0.000000000000002  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  27.37 
 
 
576 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  26.02 
 
 
567 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  26.03 
 
 
630 aa  85.5  0.000000000000003  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_012912  Dd1591_3315  general secretion pathway protein D  23.5 
 
 
696 aa  85.5  0.000000000000003  Dickeya zeae Ech1591  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  26.9 
 
 
682 aa  85.5  0.000000000000003  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  27.37 
 
 
616 aa  85.5  0.000000000000003  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  27.37 
 
 
527 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  27.37 
 
 
575 aa  85.1  0.000000000000004  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_03393  HrpA type III secretion outer membrane pore, YscC/HrcC family  30.32 
 
 
591 aa  85.1  0.000000000000004  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  27.37 
 
 
465 aa  84.7  0.000000000000006  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  27.37 
 
 
462 aa  84.3  0.000000000000007  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  25.42 
 
 
698 aa  84.3  0.000000000000007  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  27.37 
 
 
462 aa  84.3  0.000000000000007  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>