More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene PP_5080 on replicon NC_002947
Organism: Pseudomonas putida KT2440



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  100 
 
 		 420 aa  840    Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  93.1 
 
 		 420 aa  786    Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal  1 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  98.33 
 
 		 420 aa  822    Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  81.75 
 
 		 422 aa  667    Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  63.68 
 
 		 692 aa  532  1e-150  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  63.18 
 
 		 718 aa  523  1e-147  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  63.27 
 
 		 718 aa  522  1e-147  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  59.12 
 
 		 710 aa  496  1e-139  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal  1 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  58.53 
 
 		 706 aa  492  9.999999999999999e-139  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  60.09 
 
 		 717 aa  490  1e-137  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  59.63 
 
 		 714 aa  489  1e-137  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  49.41 
 
 		 704 aa  382  1e-105  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  45.41 
 
 		 756 aa  360  2e-98  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  46.08 
 
 		 711 aa  353  2.9999999999999997e-96  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  42.15 
 
 		 792 aa  348  1e-94  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  43.78 
 
 		 727 aa  347  2e-94  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  46.73 
 
 		 710 aa  347  3e-94  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  43.03 
 
 		 698 aa  344  1e-93  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  43.03 
 
 		 698 aa  344  1e-93  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  46.63 
 
 		 668 aa  341  2e-92  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  42.89 
 
 		 729 aa  340  2e-92  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  47.38 
 
 		 699 aa  336  3.9999999999999995e-91  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  44.7 
 
 		 689 aa  330  3e-89  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  40.85 
 
 		 723 aa  328  8e-89  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal  1 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  43.58 
 
 		 682 aa  326  6e-88  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  43.27 
 
 		 683 aa  324  2e-87  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  42.65 
 
 		 683 aa  322  9.000000000000001e-87  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  42.41 
 
 		 683 aa  321  9.999999999999999e-87  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  42.89 
 
 		 683 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  42.41 
 
 		 683 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  42.38 
 
 		 547 aa  321  1.9999999999999998e-86  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  42.41 
 
 		 683 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  43.68 
 
 		 683 aa  321  1.9999999999999998e-86  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  42.51 
 
 		 682 aa  320  3e-86  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  42.65 
 
 		 684 aa  319  6e-86  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  43.13 
 
 		 684 aa  319  7e-86  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0329  fimbrial assembly protein PilQ  42.73 
 
 		 729 aa  318  9e-86  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  42.55 
 
 		 685 aa  318  1e-85  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  42.65 
 
 		 684 aa  318  2e-85  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  42.65 
 
 		 684 aa  318  2e-85  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  40.05 
 
 		 706 aa  316  4e-85  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  42.86 
 
 		 717 aa  315  9e-85  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0399  type IV pilus secretin PilQ  38.27 
 
 		 642 aa  314  9.999999999999999e-85  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00359523 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  42.11 
 
 		 682 aa  315  9.999999999999999e-85  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  41.71 
 
 		 712 aa  313  1.9999999999999998e-84  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2759  type IV pilus secretin PilQ  44.66 
 
 		 694 aa  313  3.9999999999999997e-84  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354322  normal  1 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  42.75 
 
 		 688 aa  312  5.999999999999999e-84  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  41.78 
 
 		 710 aa  310  5e-83  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  42.21 
 
 		 578 aa  309  8e-83  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  41.49 
 
 		 580 aa  307  2.0000000000000002e-82  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  42.09 
 
 		 714 aa  306  3e-82  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  40.82 
 
 		 710 aa  307  3e-82  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  41.1 
 
 		 706 aa  305  1.0000000000000001e-81  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  40.69 
 
 		 721 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  40.69 
 
 		 721 aa  301  1e-80  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  38.89 
 
 		 714 aa  301  1e-80  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  39.82 
 
 		 721 aa  297  2e-79  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  39.86 
 
 		 696 aa  291  1e-77  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal  1 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  39.63 
 
 		 696 aa  291  2e-77  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  39.16 
 
 		 726 aa  289  6e-77  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  38.81 
 
 		 712 aa  286  5e-76  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  38.99 
 
 		 715 aa  286  5e-76  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00029  type IV pilus secretin PilQ  40.27 
 
 		 583 aa  283  4.0000000000000003e-75  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  39.95 
 
 		 711 aa  280  3e-74  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  38.86 
 
 		 716 aa  279  5e-74  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002326  type IV pilus biogenesis protein PilQ  39.36 
 
 		 582 aa  278  1e-73  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000116776  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  39.09 
 
 		 636 aa  275  1.0000000000000001e-72  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0206  type IV pilus assembly protein PilQ  37.45 
 
 		 745 aa  272  9e-72  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.292447  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  38.64 
 
 		 630 aa  271  2e-71  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  36.4 
 
 		 655 aa  267  2.9999999999999995e-70  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  35.52 
 
 		 657 aa  265  8e-70  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  40.68 
 
 		 523 aa  265  2e-69  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_009832  Spro_4606  putative outer membrane porin HofQ  38.9 
 
 		 413 aa  262  8.999999999999999e-69  Serratia proteamaculans 568  Bacteria  hitchhiker  0.00000951162  normal  1 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  34.53 
 
 		 784 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  34.53 
 
 		 784 aa  259  5.0000000000000005e-68  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  39.55 
 
 		 591 aa  259  8e-68  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  38.72 
 
 		 567 aa  257  3e-67  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  35.35 
 
 		 893 aa  254  2.0000000000000002e-66  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  38.85 
 
 		 462 aa  253  3e-66  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  36.62 
 
 		 887 aa  253  3e-66  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  38.85 
 
 		 465 aa  254  3e-66  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  38.85 
 
 		 462 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  38.85 
 
 		 462 aa  253  3e-66  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  39.35 
 
 		 527 aa  253  6e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  36.24 
 
 		 887 aa  252  8.000000000000001e-66  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  39.35 
 
 		 575 aa  252  8.000000000000001e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  39.35 
 
 		 616 aa  252  1e-65  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  36.21 
 
 		 874 aa  251  2e-65  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0294  type IV pilus secretin PilQ  39.05 
 
 		 573 aa  251  2e-65  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.882341 
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  36 
 
 		 882 aa  249  5e-65  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  33.65 
 
 		 891 aa  249  5e-65  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  35.4 
 
 		 926 aa  249  7e-65  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  37.59 
 
 		 553 aa  248  1e-64  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0391  type IV pilus secretin PilQ  38.1 
 
 		 543 aa  248  1e-64  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0370  type IV pilus secretin PilQ  37.72 
 
 		 543 aa  248  2e-64  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  38.44 
 
 		 576 aa  247  3e-64  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3488  type II and III secretion system protein  38.85 
 
 		 543 aa  245  9.999999999999999e-64  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  34.32 
 
 		 944 aa  245  9.999999999999999e-64  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  37.22 
 
 		 553 aa  244  1.9999999999999999e-63  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  34.65 
 
 		 946 aa  244  3e-63  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>