More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Rpic_3249 on replicon NC_010682
Organism: Ralstonia pickettii 12J



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession

Locus tag

Product

% identity

Alignment on query gene

Alignment on homolog gene

Length

Bit score

E-value

Organism name

Kingdom

Plasmid clonability

Plasmid unclonability p-value

Fosmid clonability

Fosmid unclonability p-value

Coverage Plot

PanDaTox homologs

Experimental validation
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  88.9 
 
 
714 aa  1290    Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  99.58 
 
 
721 aa  1442    Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  55.77 
 
 
721 aa  727    Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  53.43 
 
 
726 aa  719    Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  100 
 
 
721 aa  1447    Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  71.47 
 
 
706 aa  959    Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  51.38 
 
 
716 aa  684    Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  51.66 
 
 
696 aa  692    Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  54.6 
 
 
710 aa  711    Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  54.33 
 
 
717 aa  732    Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  53.37 
 
 
714 aa  671    Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  51.66 
 
 
696 aa  693    Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  70.17 
 
 
710 aa  978    Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  49.2 
 
 
712 aa  643    Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  53.19 
 
 
712 aa  688    Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  51.66 
 
 
715 aa  663    Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  46.6 
 
 
723 aa  624  1e-177  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal 
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  46.79 
 
 
711 aa  565  1e-160  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0214  type II and III secretion system secretin  46.12 
 
 
715 aa  532  1e-150  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00866012  normal 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0206  type IV pilus assembly protein PilQ  43.79 
 
 
745 aa  526  1e-148  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.292447  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  41.33 
 
 
718 aa  500  1e-140  Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  40.79 
 
 
699 aa  498  1e-139  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  41.65 
 
 
711 aa  494  9.999999999999999e-139  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  40.27 
 
 
718 aa  482  1e-134  Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  39.03 
 
 
698 aa  470  1.0000000000000001e-131  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  39.03 
 
 
698 aa  470  1.0000000000000001e-131  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  40.53 
 
 
710 aa  467  9.999999999999999e-131  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  40.06 
 
 
692 aa  465  1e-129  Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  40.92 
 
 
710 aa  459  9.999999999999999e-129  Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal 
 
 
-
 
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  40.86 
 
 
714 aa  456  1e-127  Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  39.03 
 
 
729 aa  456  1e-127  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  40.86 
 
 
704 aa  453  1.0000000000000001e-126  Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_002977  MCA0329  fimbrial assembly protein PilQ  40.74 
 
 
729 aa  449  1e-125  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  39.5 
 
 
727 aa  450  1e-125  Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  40.72 
 
 
706 aa  442  9.999999999999999e-123  Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2759  type IV pilus secretin PilQ  36.15 
 
 
694 aa  432  1e-119  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354322  normal 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  40.36 
 
 
683 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal 
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  39.46 
 
 
717 aa  427  1e-118  Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  40.36 
 
 
683 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  40.36 
 
 
683 aa  426  1e-118  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  39.87 
 
 
684 aa  425  1e-117  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  37.82 
 
 
685 aa  421  1e-116  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal 
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  36.3 
 
 
683 aa  420  1e-116  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  40 
 
 
683 aa  421  1e-116  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  39.37 
 
 
683 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  40.23 
 
 
684 aa  419  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  40.07 
 
 
684 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  38.04 
 
 
688 aa  417  9.999999999999999e-116  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  40.07 
 
 
684 aa  418  9.999999999999999e-116  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  38.36 
 
 
682 aa  414  1e-114  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal 
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  51.79 
 
 
567 aa  414  1e-114  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  36.35 
 
 
668 aa  411  1e-113  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  38.54 
 
 
683 aa  410  1e-113  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  51.31 
 
 
591 aa  411  1e-113  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  35.47 
 
 
682 aa  405  1e-111  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  40.15 
 
 
689 aa  398  1e-109  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  40.58 
 
 
784 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal 
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  39.44 
 
 
682 aa  393  1e-108  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  40.58 
 
 
784 aa  394  1e-108  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  49.16 
 
 
527 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  49.16 
 
 
575 aa  390  1e-107  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  49.16 
 
 
616 aa  390  1e-107  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009076  BURPS1106A_3759  type IV pilus secretin PilQ  49.16 
 
 
465 aa  388  1e-106  Burkholderia pseudomallei 1106a  Bacteria  normal  0.180527  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  48.93 
 
 
576 aa  388  1e-106  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009074  BURPS668_3701  type IV pilus secretin PilQ  49.16 
 
 
462 aa  389  1e-106  Burkholderia pseudomallei 668  Bacteria  normal  0.0441702  n/a   
 
 
-
 
NC_008785  BMASAVP1_A3205  type II/III secretion system protein  49.16 
 
 
462 aa  389  1e-106  Burkholderia mallei SAVP1  Bacteria  normal  0.278596  n/a   
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  49.16 
 
 
523 aa  389  1e-106  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal 
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  49.16 
 
 
462 aa  389  1e-106  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  38.96 
 
 
706 aa  385  1e-105  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  47.54 
 
 
553 aa  383  1e-105  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  32.14 
 
 
792 aa  380  1e-104  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  47.42 
 
 
553 aa  381  1e-104  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0370  type IV pilus secretin PilQ  47.74 
 
 
543 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0391  type IV pilus secretin PilQ  47.39 
 
 
543 aa  378  1e-103  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3488  type II and III secretion system protein  48.33 
 
 
543 aa  373  1e-102  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  38.24 
 
 
636 aa  372  1e-102  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  39.23 
 
 
655 aa  374  1e-102  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  32.45 
 
 
756 aa  370  1e-101  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0294  type IV pilus secretin PilQ  46.79 
 
 
573 aa  370  1e-101  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  normal  0.882341 
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  39.09 
 
 
630 aa  369  1e-100  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  38.73 
 
 
657 aa  366  1e-100  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal 
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  37.22 
 
 
578 aa  358  1.9999999999999998e-97  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  39.36 
 
 
580 aa  350  4e-95  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  36.05 
 
 
547 aa  346  8e-94  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00029  type IV pilus secretin PilQ  36.15 
 
 
583 aa  328  2.0000000000000001e-88  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_008060  Bcen_2716  Type IV pilus secretin PilQ  48.2 
 
 
371 aa  327  4.0000000000000003e-88  Burkholderia cenocepacia AU 1054  Bacteria  decreased coverage  0.00921837  n/a   
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002326  type IV pilus biogenesis protein PilQ  37.22 
 
 
582 aa  315  1.9999999999999998e-84  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000116776  n/a   
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0399  type IV pilus secretin PilQ  33.05 
 
 
642 aa  310  5.9999999999999995e-83  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  hitchhiker  0.00359523 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  40.92 
 
 
420 aa  304  4.0000000000000003e-81  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal 
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  40.63 
 
 
422 aa  303  6.000000000000001e-81  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal 
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  41.15 
 
 
420 aa  297  5e-79  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  40.69 
 
 
420 aa  293  9e-78  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  31.72 
 
 
894 aa  291  3e-77  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  29.14 
 
 
944 aa  287  5e-76  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  31.21 
 
 
874 aa  283  9e-75  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  30.45 
 
 
870 aa  280  7e-74  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  32.91 
 
 
926 aa  278  3e-73  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  31.93 
 
 
893 aa  273  1e-71  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  normal 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  32.79 
 
 
946 aa  271  2e-71  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  35.51 
 
 
891 aa  268  2e-70  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>