More than 300 homologs were found in PanDaTox collection
for query gene Pmen_0546 on replicon NC_009439
Organism: Pseudomonas mendocina ymp



Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>   


Replicon accession
Locus tag
Product
% identity
Alignment on query gene
Alignment on homolog gene
Length
Bit score

E-value
Organism name
Kingdom
Plasmid clonability
Plasmid unclonability p-value
Fosmid clonability
Fosmid unclonability p-value
Coverage Plot
PanDaTox homologs
Experimental validation
NC_009656  PSPA7_5777  type 4 fimbrial biogenesis protein PilQ  75.28 
 
 		 714 aa  1052    Pseudomonas aeruginosa PA7  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_012560  Avin_45260  secretion system protein  75.5 
 
 		 717 aa  1050    Azotobacter vinelandii DJ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_004578  PSPTO_5128  type IV pilus biogenesis protein PilQ  69.6 
 
 		 718 aa  987    Pseudomonas syringae pv. tomato str. DC3000  Bacteria  normal  0.981082  n/a   
 
 
-
 
NC_007005  Psyr_0407  type II and III secretion system protein:NolW-like:NolW-like  70.31 
 
 		 718 aa  1003    Pseudomonas syringae pv. syringae B728a  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007492  Pfl01_0409  type II and III secretion system protein  70.34 
 
 		 692 aa  981    Pseudomonas fluorescens Pf0-1  Bacteria  hitchhiker  0.00714943  normal  0.127719 
 
 
-
 
NC_009439  Pmen_0546  type IV pilus secretin PilQ  100 
 
 		 706 aa  1409    Pseudomonas mendocina ymp  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007912  Sde_2687  peptidase M41, FtsH  51.28 
 
 		 727 aa  658    Saccharophagus degradans 2-40  Bacteria  hitchhiker  0.00137304  normal  0.0272245 
 
 
-
 
NC_008740  Maqu_0830  type IV pilus secretin PilQ  49.57 
 
 		 704 aa  646    Marinobacter aquaeolei VT8  Bacteria  normal  0.629158  n/a   
 
 
-
 
NC_008463  PA14_66620  type 4 fimbrial biogenesis outer membrane protein PilQ precursor  76.47 
 
 		 710 aa  1071    Pseudomonas aeruginosa UCBPP-PA14  Bacteria  normal  0.601921  normal  1 
 
 
-
 
NC_011901  Tgr7_3028  type IV pilus secretin PilQ  45.35 
 
 		 711 aa  583  1.0000000000000001e-165  Thioalkalivibrio sp. HL-EbGR7  Bacteria  normal  0.390023  n/a   
 
 
-
 
NC_007484  Noc_0251  fimbrial assembly protein pilQ precursor  47.73 
 
 		 699 aa  579  1e-164  Nitrosococcus oceani ATCC 19707  Bacteria  normal  0.215469  n/a   
 
 
-
 
NC_013889  TK90_0279  type IV pilus secretin PilQ  44.59 
 
 		 710 aa  563  1.0000000000000001e-159  Thioalkalivibrio sp. K90mix  Bacteria  normal  1  normal  0.881103 
 
 
-
 
NC_007947  Mfla_2457  type II and III secretion system protein  40.3 
 
 		 723 aa  531  1e-149  Methylobacillus flagellatus KT  Bacteria  normal  0.345302  normal  1 
 
 
-
 
NC_010322  PputGB1_5130  type IV pilus secretin PilQ  58.62 
 
 		 420 aa  507  9.999999999999999e-143  Pseudomonas putida GB-1  Bacteria  normal  0.916141  normal  1 
 
 
-
 
NC_010524  Lcho_3403  type IV pilus secretin PilQ  40.79 
 
 		 726 aa  503  1e-141  Leptothrix cholodnii SP-6  Bacteria  n/a    normal  0.613607 
 
 
-
 
NC_007908  Rfer_2923  type II and III secretion system protein  41.36 
 
 		 710 aa  502  1e-140  Rhodoferax ferrireducens T118  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007948  Bpro_0785  type II and III secretion system protein  42.17 
 
 		 717 aa  496  1e-139  Polaromonas sp. JS666  Bacteria  normal  0.113168  normal  1 
 
 
-
 
NC_008825  Mpe_A3109  fimbrial biogenesis protein  42.21 
 
 		 721 aa  497  1e-139  Methylibium petroleiphilum PM1  Bacteria  normal  1  normal  0.157698 
 
 
-
 
NC_002947  PP_5080  type IV pilus secretin PilQ  58.53 
 
 		 420 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida KT2440  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_002977  MCA0329  fimbrial assembly protein PilQ  42.5 
 
 		 729 aa  494  9.999999999999999e-139  Methylococcus capsulatus str. Bath  Bacteria  normal  0.863094  n/a   
 
 
-
 
NC_010501  PputW619_0386  type IV pilus secretin PilQ  58.09 
 
 		 422 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida W619  Bacteria  normal  0.591623  normal  1 
 
 
-
 
NC_013422  Hneap_1941  type IV pilus secretin PilQ  39.89 
 
 		 729 aa  495  9.999999999999999e-139  Halothiobacillus neapolitanus c2  Bacteria  normal  0.77071  n/a   
 
 
-
 
NC_009512  Pput_4953  type IV pilus secretin PilQ  58.76 
 
 		 420 aa  493  9.999999999999999e-139  Pseudomonas putida F1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007404  Tbd_0206  type IV pilus assembly protein PilQ  39.83 
 
 		 745 aa  482  1e-134  Thiobacillus denitrificans ATCC 25259  Bacteria  normal  0.292447  normal  0.225314 
 
 
-
 
NC_011992  Dtpsy_0703  type IV pilus secretin PilQ  39.28 
 
 		 696 aa  479  1e-133  Acidovorax ebreus TPSY  Bacteria  normal  0.853833  n/a   
 
 
-
 
NC_008782  Ajs_0734  type IV pilus secretin PilQ  39.28 
 
 		 696 aa  479  1e-133  Acidovorax sp. JS42  Bacteria  normal  0.0375525  normal  1 
 
 
-
 
NC_008340  Mlg_2759  type IV pilus secretin PilQ  39.51 
 
 		 694 aa  474  1e-132  Alkalilimnicola ehrlichii MLHE-1  Bacteria  normal  0.354322  normal  1 
 
 
-
 
NC_010002  Daci_5577  type IV pilus secretin PilQ  38.84 
 
 		 716 aa  470  1.0000000000000001e-131  Delftia acidovorans SPH-1  Bacteria  normal  1  normal  0.515424 
 
 
-
 
NC_003295  RSc2971  fimbrial type-4 assembly signal peptide protein  39.4 
 
 		 714 aa  468  9.999999999999999e-131  Ralstonia solanacearum GMI1000  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008781  Pnap_0676  type IV pilus secretin PilQ  39.94 
 
 		 712 aa  466  9.999999999999999e-131  Polaromonas naphthalenivorans CJ2  Bacteria  normal  1  normal  0.0513827 
 
 
-
 
NC_007963  Csal_0612  type II and III secretion system protein  40.27 
 
 		 668 aa  466  9.999999999999999e-131  Chromohalobacter salexigens DSM 3043  Bacteria  normal  0.0385351  n/a   
 
 
-
 
NC_007969  Pcryo_2169  type II and III secretion system protein  36.83 
 
 		 792 aa  467  9.999999999999999e-131  Psychrobacter cryohalolentis K5  Bacteria  normal  0.29218  normal  0.574377 
 
 
-
 
NC_012791  Vapar_1144  type IV pilus secretin PilQ  39.38 
 
 		 714 aa  468  9.999999999999999e-131  Variovorax paradoxus S110  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011662  Tmz1t_0838  type IV pilus secretin PilQ  39.7 
 
 		 711 aa  464  1e-129  Thauera sp. MZ1T  Bacteria  normal  0.673072  n/a   
 
 
-
 
NC_010682  Rpic_3249  type IV pilus secretin PilQ  40.69 
 
 		 721 aa  460  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12J  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012856  Rpic12D_2902  type IV pilus secretin PilQ  40.83 
 
 		 721 aa  461  9.999999999999999e-129  Ralstonia pickettii 12D  Bacteria  normal  1  normal  0.123013 
 
 
-
 
NC_006368  lpp0993  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  36.43 
 
 		 698 aa  459  1e-127  Legionella pneumophila str. Paris  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_006369  lpl0962  type IV pilus (Tfp) assembly protein PilQ  36.43 
 
 		 698 aa  458  1e-127  Legionella pneumophila str. Lens  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009092  Shew_0212  type IV pilus secretin PilQ  39.41 
 
 		 683 aa  456  1e-127  Shewanella loihica PV-4  Bacteria  hitchhiker  0.00466535  normal  0.0124909 
 
 
-
 
NC_007204  Psyc_1879  fimbrial assembly protein PilQ  36.14 
 
 		 756 aa  451  1e-125  Psychrobacter arcticus 273-4  Bacteria  decreased coverage  0.000275793  normal  1 
 
 
-
 
NC_007954  Sden_0260  type II and III secretion system protein  37.02 
 
 		 683 aa  449  1e-125  Shewanella denitrificans OS217  Bacteria  normal  0.0149994  n/a   
 
 
-
 
NC_007973  Rmet_3268  type II and III secretion system protein  38.65 
 
 		 710 aa  451  1e-125  Cupriavidus metallidurans CH34  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_009997  Sbal195_4203  type IV pilus secretin PilQ  36.45 
 
 		 683 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS195  Bacteria  normal  0.0392005  normal  1 
 
 
-
 
NC_011663  Sbal223_4004  type IV pilus secretin PilQ  36.45 
 
 		 683 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS223  Bacteria  normal  0.0761872  normal  1 
 
 
-
 
NC_009665  Shew185_4085  type IV pilus secretin PilQ  36.45 
 
 		 683 aa  446  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS185  Bacteria  hitchhiker  0.00000349051  n/a   
 
 
-
 
NC_007347  Reut_A3131  type II and III secretion system secretin  39.2 
 
 		 706 aa  448  1.0000000000000001e-124  Ralstonia eutropha JMP134  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009052  Sbal_4114  type IV pilus secretin PilQ  36.82 
 
 		 683 aa  447  1.0000000000000001e-124  Shewanella baltica OS155  Bacteria  decreased coverage  0.0000574817  n/a   
 
 
-
 
NC_010506  Swoo_0339  type IV pilus secretin PilQ  36.9 
 
 		 682 aa  444  1e-123  Shewanella woodyi ATCC 51908  Bacteria  normal  0.201727  normal  1 
 
 
-
 
NC_008752  Aave_1000  type IV pilus secretin PilQ  38.53 
 
 		 715 aa  445  1e-123  Acidovorax citrulli AAC00-1  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_008786  Veis_0018  type IV pilus secretin PilQ  38.91 
 
 		 712 aa  444  1e-123  Verminephrobacter eiseniae EF01-2  Bacteria  normal  1  normal  0.845155 
 
 
-
 
NC_008345  Sfri_0374  type IV pilus secretin PilQ  37.66 
 
 		 682 aa  442  1e-123  Shewanella frigidimarina NCIMB 400  Bacteria  normal  0.0344612  n/a   
 
 
-
 
NC_009831  Ssed_4266  type IV pilus secretin PilQ  37.59 
 
 		 682 aa  443  1e-123  Shewanella sediminis HAW-EB3  Bacteria  normal  0.225948  normal  0.314377 
 
 
-
 
NC_008321  Shewmr4_3699  type IV pilus secretin PilQ  37.41 
 
 		 684 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-4  Bacteria  normal  0.0929214  normal  1 
 
 
-
 
NC_008322  Shewmr7_0246  type IV pilus secretin PilQ  37.41 
 
 		 684 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. MR-7  Bacteria  normal  0.0240868  normal  0.818233 
 
 
-
 
NC_008577  Shewana3_3895  type IV pilus secretin PilQ  37.46 
 
 		 684 aa  441  9.999999999999999e-123  Shewanella sp. ANA-3  Bacteria  unclonable  0.0000037843  normal  0.221034 
 
 
-
 
NC_008700  Sama_3369  type IV pilus biogenesis protein PilQ  37.54 
 
 		 685 aa  439  9.999999999999999e-123  Shewanella amazonensis SB2B  Bacteria  decreased coverage  0.000110691  normal  1 
 
 
-
 
NC_004347  SO_0285  type IV pilus biogenesis protein PilQ  36.09 
 
 		 684 aa  437  1e-121  Shewanella oneidensis MR-1  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_009438  Sputcn32_3707  type IV pilus secretin PilQ  38.51 
 
 		 683 aa  436  1e-121  Shewanella putrefaciens CN-32  Bacteria  decreased coverage  0.00000259618  n/a   
 
 
-
 
NC_009901  Spea_0237  type IV pilus secretin PilQ  37.41 
 
 		 688 aa  427  1e-118  Shewanella pealeana ATCC 700345  Bacteria  hitchhiker  0.00361408  n/a   
 
 
-
 
NC_003910  CPS_0471  type IV pilus biogenesis protein PilQ  40.9 
 
 		 706 aa  423  1e-117  Colwellia psychrerythraea 34H  Bacteria  normal  0.986864  n/a   
 
 
-
 
NC_008709  Ping_0162  type IV pilus secretin PilQ  35.25 
 
 		 689 aa  412  1e-114  Psychromonas ingrahamii 37  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_007298  Daro_0214  type II and III secretion system secretin  36.59 
 
 		 715 aa  409  1.0000000000000001e-112  Dechloromonas aromatica RCB  Bacteria  decreased coverage  0.00866012  normal  1 
 
 
-
 
NC_011138  MADE_00511  putative type IV pilus biogenesis protein PilQ (cytoplasmic ATPase)  40.32 
 
 		 547 aa  384  1e-105  Alteromonas macleodii 'Deep ecotype'  Bacteria  normal  0.440225  n/a   
 
 
-
 
NC_008228  Patl_0667  type IV pilus secretin PilQ  39.12 
 
 		 580 aa  379  1e-103  Pseudoalteromonas atlantica T6c  Bacteria  hitchhiker  0.00540746  n/a   
 
 
-
 
NC_009457  VC0395_A2207  fimbrial assembly protein  38.12 
 
 		 578 aa  372  1e-101  Vibrio cholerae O395  Bacteria  hitchhiker  0.000000276691  n/a   
 
 
-
 
NC_010717  PXO_02351  fimbrial assembly protein  37.17 
 
 		 655 aa  364  3e-99  Xanthomonas oryzae pv. oryzae PXO99A  Bacteria  normal  0.733093  n/a   
 
 
-
 
NC_010513  Xfasm12_1856  fimbrial assembly protein  36.18 
 
 		 630 aa  355  2e-96  Xylella fastidiosa M12  Bacteria  normal  0.0231369  n/a   
 
 
-
 
NC_009783  VIBHAR_00029  type IV pilus secretin PilQ  39.49 
 
 		 583 aa  353  4e-96  Vibrio harveyi ATCC BAA-1116  Bacteria  n/a    n/a   
 
 
-
 
NC_011206  Lferr_0883  type IV pilus secretin PilQ  34.86 
 
 		 784 aa  353  7e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 53993  Bacteria  normal  0.126317  normal  1 
 
 
-
 
NC_011761  AFE_0735  fimbrial assembly protein PilQ, putative  34.86 
 
 		 784 aa  353  7e-96  Acidithiobacillus ferrooxidans ATCC 23270  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010577  XfasM23_1785  type IV pilus secretin PilQ  36.29 
 
 		 636 aa  352  1e-95  Xylella fastidiosa M23  Bacteria  normal  0.0622717  n/a   
 
 
-
 
NC_011071  Smal_3236  type IV pilus secretin PilQ  34.83 
 
 		 657 aa  345  2e-93  Stenotrophomonas maltophilia R551-3  Bacteria  normal  0.0831475  normal  1 
 
 
-
 
NC_009524  PsycPRwf_0399  type IV pilus secretin PilQ  34.39 
 
 		 642 aa  343  5e-93  Psychrobacter sp. PRwf-1  Bacteria  normal  1  hitchhiker  0.00359523 
 
 
-
 
NC_013456  VEA_002326  type IV pilus biogenesis protein PilQ  38.98 
 
 		 582 aa  331  3e-89  Vibrio sp. Ex25  Bacteria  hitchhiker  0.000116776  n/a   
 
 
-
 
NC_009483  Gura_1814  type IV pilus secretin PilQ  32.47 
 
 		 944 aa  318  3e-85  Geobacter uraniireducens Rf4  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010814  Glov_1644  type IV pilus secretin PilQ  31.94 
 
 		 891 aa  315  1.9999999999999998e-84  Geobacter lovleyi SZ  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_009675  Anae109_0690  type IV pilus secretin PilQ  39.63 
 
 		 893 aa  306  7e-82  Anaeromyxobacter sp. Fw109-5  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_012918  GM21_2665  type IV pilus secretin PilQ  39.53 
 
 		 926 aa  300  5e-80  Geobacter sp. M21  Bacteria  n/a    hitchhiker  0.000377004 
 
 
-
 
NC_011146  Gbem_1550  type IV pilus secretin PilQ  39.29 
 
 		 946 aa  294  4e-78  Geobacter bemidjiensis Bem  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007517  Gmet_0975  type II and III secretion system secretin  31.35 
 
 		 870 aa  292  2e-77  Geobacter metallireducens GS-15  Bacteria  normal  1  normal  0.338671 
 
 
-
 
NC_011145  AnaeK_0679  type IV pilus secretin PilQ  38.5 
 
 		 887 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter sp. K  Bacteria  normal  0.795233  n/a   
 
 
-
 
NC_007760  Adeh_0645  type II and III secretion system protein, secretin  39.04 
 
 		 882 aa  288  2e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-C  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_011891  A2cp1_0679  type IV pilus secretin PilQ  38.58 
 
 		 887 aa  288  2.9999999999999996e-76  Anaeromyxobacter dehalogenans 2CP-1  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_002939  GSU2028  type IV pilus biogenesis protein PilQ  32.58 
 
 		 894 aa  286  7e-76  Geobacter sulfurreducens PCA  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007498  Pcar_2134  type IV pilus biogenesis protein PilQ  30.32 
 
 		 874 aa  280  5e-74  Pelobacter carbinolicus DSM 2380  Bacteria  hitchhiker  0.00000140204  n/a   
 
 
-
 
NC_007951  Bxe_A0358  putative fimbrial type-4 assembly signal peptide, PilQ-like  37.26 
 
 		 567 aa  275  2.0000000000000002e-72  Burkholderia xenovorans LB400  Bacteria  normal  1  normal  0.0621067 
 
 
-
 
NC_010681  Bphyt_3599  type IV pilus secretin PilQ  37.03 
 
 		 591 aa  273  7e-72  Burkholderia phytofirmans PsJN  Bacteria  hitchhiker  0.00505018  hitchhiker  0.0000000614182 
 
 
-
 
NC_010622  Bphy_2795  type IV pilus secretin PilQ  36.53 
 
 		 523 aa  270  8e-71  Burkholderia phymatum STM815  Bacteria  normal  0.747994  normal  1 
 
 
-
 
NC_008609  Ppro_0996  type IV pilus secretin PilQ  29.85 
 
 		 864 aa  266  1e-69  Pelobacter propionicus DSM 2379  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_010508  Bcenmc03_0370  type IV pilus secretin PilQ  35.83 
 
 		 543 aa  258  2e-67  Burkholderia cenocepacia MC0-3  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010084  Bmul_0294  type IV pilus secretin PilQ  36.02 
 
 		 573 aa  257  4e-67  Burkholderia multivorans ATCC 17616  Bacteria  normal  1  normal  0.882341 
 
 
-
 
NC_008542  Bcen2424_0391  type IV pilus secretin PilQ  33.21 
 
 		 543 aa  257  4e-67  Burkholderia cenocepacia HI2424  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_008390  Bamb_0310  type IV pilus secretin PilQ  36.28 
 
 		 553 aa  257  6e-67  Burkholderia ambifaria AMMD  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007510  Bcep18194_A3488  type II and III secretion system protein  36.71 
 
 		 543 aa  256  8e-67  Burkholderia sp. 383  Bacteria  normal  1  normal  1 
 
 
-
 
NC_010551  BamMC406_0319  type IV pilus secretin PilQ  36.05 
 
 		 553 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia ambifaria MC40-6  Bacteria  normal  1  normal  0.935194 
 
 
-
 
NC_008836  BMA10229_A1756  type II/III secretion system protein  32.27 
 
 		 616 aa  255  2.0000000000000002e-66  Burkholderia mallei NCTC 10229  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_006348  BMA2748  type II/III secretion system protein  32.27 
 
 		 527 aa  254  3e-66  Burkholderia mallei ATCC 23344  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007651  BTH_I3025  type II/III secretion system protein  35.76 
 
 		 576 aa  254  3e-66  Burkholderia thailandensis E264  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
NC_007434  BURPS1710b_3730  type II/III secretion system protein  34.91 
 
 		 575 aa  254  4.0000000000000004e-66  Burkholderia pseudomallei 1710b  Bacteria  normal  0.605759  n/a   
 
 
-
 
NC_009080  BMA10247_2798  type II/III secretion system protein  34.91 
 
 		 462 aa  254  5.000000000000001e-66  Burkholderia mallei NCTC 10247  Bacteria  normal  1  n/a   
 
 
-
 
Page 1 of 3    << first  < prev  1  2  3    next >  last >>